Gimimo data pagal naująjį kalendorių – 1906 m. rugpjūčio 10 d.

Tėvai: Juozapas Vaišnoras (1852–1919) iš Tauragnų parapijos ir Teklė Miškinytė-Vaišnorienė (apie 1873 – 1961) iš Salako parapijos – valstiečiai žemdirbiai. Šeimoje gimė 11 vaikų, bet 6 iš jų – keturi broliai ir dvi seserys – mirė kūdikystėje ar vaikystėje iki Pirmojo pasaulinio karo: Jonas Vaišnoras (1895–?), Ona Vaišnoraitė (1899–1899), Pranas Vaišnoras (1900–1902), Emilija Vaišnoraitė (1905–1905), Herbertas Vaišnoras (1911–1911) ir Juozapas Vaišnoras (1914–1914). Užaugo su dviem broliais ir dviem seserimis. Broliai ir seserys: Veronika Vaišnoraitė (1897–?), Kazimieras Vaišnoras (1902–1942) – policijos pareigūnas, vadovas, politinis kalinys, žuvęs lageryje, Jadvyga Vaišnoraitė (1903–1990), Albinas Vaišnoras (1909–1941) – laisvės gynėjas, 1941 m. birželio sukilimo dalyvis, žuvęs kovoje. Pusbrolis (tėvo brolio Antano sūnus) Jonas Vaišnoras (1892–1963) – kunigas.

Pradėjo mokytis Tauragnų (Utenos r.) valsčiaus pradžios mokykloje, bet Pirmojo pasaulinio karo metais vaikystę praleido Vilniaus Kūdikėlio Jėzaus prieglaudoje, toliau savarankiškai mokėsi ir baigė pradžios mokyklos kursą. 1919–1923 m. mokėsi Vilniaus Vytauto Didžiojo gimnazijoje, 1923–1926 m. baigė gimnazijos kursą Kauno kunigų seminarijoje, 1926–1930 m. studijavo Kauno Vytauto Didžiojo universiteto Teologijos-filosofijos fakultete, baigė teologijos studijas 4-ojoje Metropolijos kunigų laidoje. Studijų metais dėl poetinių gabumų pelnė ypatingą seminarijos rektoriaus poeto Jono Mačiulio-Maironio palankumą. 1929 m. kovo 16 d. buvo įšventintas subdiakonu.

1930 m. birželio 14 d. E. Vaišnoras buvo įšventintas kunigu.

1930–1931 m. pusmetį jis tarnavo vikaru Pumpėnų (Pasvalio r.) parapijoje, 1931–1933 m. buvo Joniškėlio (Pasvalio r.) parapijos vikaras ir Žemės ūkio mokyklos kapelionas, 1933–1936 m. – Zarasų parapijos vikaras.

Paskirtas 1936 m. balandžio 15 d. kuratu, 1936–1950 m. E. Vaišnoras buvo Baltriškių (Zarasų r.) Šv. Kazimiero bažnyčios kunigas filialistas, paskui pirmasis naujos parapijos klebonas. Jis baigė įrengti ir sutvarkė bažnyčią, įrengė sakyklą, supirko jai naują inventorių. Klebono rūpesčiu akmenine tvora buvo apjuostas šventorius.

Tarnaudamas Baltriškėse, jis rašė humoristinius eilėraščius, kuriuos publikavo "Pavasaryje", "Sargyboje", "Ryte" ir kitur, pasirašydamas slapyvardžiu Ed. Vencys, mėgo savo sąmojingus improvizacinius eilėraščius deklamuoti kunigams, aktyviai bendravo su jaunimu, kūrė ir stiprino katalikiškas organizacijas. 1941 m. jis atvirai pasisakė prieš žydų naikinimą, 1947 m. surinko ir parašė pirmąją Baltriškių parapijos istoriją. 1948 m. jis kiek laiko aptarnavo ir gretimą Antalieptės (Zarasų r.) parapiją.

1950 m. E. Vaišnoras buvo apkaltintas bendradarbiavęs su Lietuvos partizanais ir juos rėmęs, birželio 10 d. suimtas ir liepos pradžioje įkalintas Karagandos (Kazachija) lageryje, kur kalėjo 1950–1956 m.

Peržiūrėjus jo bylą, dvasininkas buvo paleistas ir 1956 m. balandžio 26 d. grįžo į Lietuvą. Paskirtas 1956 m. rugpjūčio 16 d., 1956–1966 m. jis buvo Inkūnų (Anykščių r.) Švč. Aušros Vartų Dievo Motinos parapijos administratorius, paskui klebonas.

Dėl nusilpusios sveikatos nuo 1966 m. kovo 21 d. iki gyvenimo pabaigos E. Vaišnoras buvo Kupiškio parapijos altarista, talkino pastoracijoje klebonui Klemensui Gutauskui. Senatvėje, nors ir būdamas paralyžiuotas, jis vis dar klausydavo išpažinčių, pagarsėjo kaip uolus nuodėmklausys.

Mirė 1982 m. balandžio 22 d. Kupiškyje. Palaidotas Kupiškio bažnyčios šventoriuje kunigų panteone. Kapą ženklina akmeninis paminklas – melsvo granito kryžius ant raudono granito postamento su ovalia portretine nuotrauka ir įrašu: "A+A / Kunigas / Eduardas / Vaišnoras / 1906–1982 / Requiescat in pace!".