Tėvai: Jonas Vildžiūnas (?–1969) – tarnautojas ir Pranciška Šaučiūnaitė-Vildžiūnienė (1894–1981). Seserys Bronė Vildžiūnaitė (1920–2022) – pedagogė, istorijos mokytoja, ir Gražina Vildžiūnaitė (1932–2017).

Tėvams apie 1926 m. persikėlus į Kauną, užaugo mieste, baigė pradžios mokyklą, toliau mokėsi Kauno miesto 3-ojoje gimnazijoje, kur kaip tik buvo atidaryta ir lietuviška klasė šalia lenkiškų, baigė Kauno darbo jaunimo gimnaziją. 1946–1949 m. studijavo Kauno universiteto Istorijos-filologijos fakultete lietuvių kalbą ir literatūrą.

Studijuodamas J. Vildžiūnas dirbo Kauno miesto 2-ojoje gimnazijoje, Kauno radiofone.

1949 m. birželį uždarius Kauno universiteto Istorijos-filologijos fakultetą, 1949–1951 m. jis tęsė studijas Vilniaus universiteto Istorijos ir filologijos fakultete, įgijo filologinį lituanisto išsilavinimą.

Nuo 1951 m. iki gyvenimo pabaigos J. Vildžiūnas gyveno Kaune, 1951–1983 m. dirbo Valstybinėje pedagoginės literatūros leidykloje (nuo 1964 m. – leidykla "Šviesa"), kol išėjo į pensiją.
 
1951–1954 m. jis buvo šios leidyklos redaktorius, redagavo svarbiausius šios leidyklos leidinius: lietuvių kalbos gramatikas, pradinių klasių skaitinių knygas, dėl įgimtos kalbos nuojautos buvo laikomas geriausiu gimtosios kalbos mokovu.

1954–1983 m. J. Vildžiūnas buvo Valstybinės pedagoginės literatūros leidyklos (nuo 1964 m. – "Šviesos" leidyklos) Lietuvių kalbos ir literatūros leidinių skyriaus vedėjas. Jo vadovaujamas skyrius parengė ir išleido vadovėlių mokykloms ir įvairios mokomosios literatūros.

Apie 1952 m. jis tapo lietuvių kalbos taisymo ir gryninimo akcijos iniciatoriumi Kaune, buvo konsultuojantis kalbininkas, taisant įstaigų ar prekių pavadinimus.

J. Vildžiūnas sudarė privalomų mokiniams perskaityti lietuvių rašytojų kūrinių rinkinius ir lietuvių literatūros chrestomatijas, iš rusų kalbos vertė pedagoginę literatūrą.

J. Vildžiūno vertimai iš rusų kalbos:

1961 m. – Leonido Timofejevo ir Natano Vengrovo "Literatūros mokslo terminų žodynėlis" (pagalbinė priemonė mokiniams).

1963 m. – Nikolajaus Pečerskio "Keša ir gudrus dievas" (apysaka jaunimui).

1981 m. – Vladislavo Bondarevskio "Pokalbiai apie saviauklą" (publicistika).

1986 m. – Tamaros Adolf ir kitų autorių "Draustiniais takais" (knyga mokiniams).

1992 m. – Marijos Jevgenjevos "Jekaterinos meilužiai" (apysaka).

J. Vildžiūnas taip pat išvertė Veros Korčaginos vadovėlį "Botanika" 5–6 klasei (su Jadvyga Baltušnikiene, iki 1989 m. išėjo 9 leidimai).

Jis buvo Lietuvos žurnalistų sąjungos narys, seniausias Kauno apskrites skyriaus narys, žurnalistikos senjorų klubo "Mes" narys.

Laisvalaikiu senatvėje rašė prisiminimus, paliko artimiesiems skirtą daugiau kaip 200 p. jų ciklą "Atsiminimų epizodai" (2003 m.).

Buvo vedęs, žmona Danutė Vildžiūnienė.

Mirė 2009 m. spalio 29 d. Kaune. Urna su palaikais palaidota Kauno Petrašiūnų kapinėse (20 kvartalas, 4 eilė, 10 kapas). Kapą ženklina pilko šlifuoto akmens paminklinė stela su iškaltu koplytstulpio siluetu ir įrašu: "Vildžiūnai / Jonas 1969.I.12 / Pranė 1981.III.29 / Jonas 2009.X.29 / Gražina 2017.V.16 / Bronė 2022.II.10".

J. Vildžiūno atsiminimų kopija saugoma ir A. Baranausko ir A. Vienuolio-Žukausko memorialiniame muziejuje.