1953 m. baigė vidurinę mokyklą. 1953–1958 m. studijavo Maskvos (Rusija) V. Kuibyševo inžineriniame statybos institute, įgijo inžinieriaus hidrotechniko išsilavinimą.

1958–1964 m. R. Jakubonis gyveno Anykščiuose ir dirbo Energetikos statybos tresto Anykščių statybos montavimo valdyboje darbų vykdytoju. Jis vadovavo Gondingos hidroelektrinės (Plungės r.), Kavarsko siurblinės (Anykščių r.) statyboms.

1964–1966 m. jis buvo Energetikos statybos tresto Kapsuko (dabar – Marijampolė) statybos montavimo valdybos viršininkas, rūpinosi šios įmonės darbuotojų darbo sąlygomis. 1965 m. jo vadovaujama įmonė buvo pertvarkyta į Energetikos statybos tresto Kapsuko specializuotą kilnojamą mechanizuotą koloną.

1966–1978 m. R. Jakubonis dirbo to paties Energetikos statybos tresto Petrašiūnų statybos montavimo valdybos viršininku. Jam vadovaujant buvo sukurta moderni šios įmonės gamybos bazė Kaune.

1978–1982 m. R. Jakubonis buvo Energetikos statybos tresto valdytojo pavaduotojas statybai, 1982–1993 m., iki gyvenimo pabaigos, – šio tresto vyriausiasis inžinierius.

Jo iniciatyva Energetikos statybos trestas pradėjo statyti respublikinės reikšmės energetinius objektus – iki tol jie būdavo pavedami tik sąjunginio pavaldumo įmonėms. 1982–1985 m. jis organizavo Vilniaus TE-3 statybą. 1985 m. Energetikos statybos trestui perėmus Kruonio hidroakumuliacinės elektrinės statybą, jis buvo paskirtas šios elektrinės statybos valdybos viršininku.

Už nuopelnus Lietuvos energetikai jam buvo suteiktas Lietuvos SSR nusipelniusio inžinieriaus garbės vardas.

Amžininkų prisiminimuose išliko kaip sumanus vadovas, sugebėjęs nuoširdžiai bendrauti su bet kokio rango pavaldiniais ir nuteikti juos darbui.

Mirė 1994 m. kovo 13 d. Vilniuje. Palaidotas Vilniaus Rokantiškių kapinėse (64A sektorius, 3 eilė, 16 kapas). Kapą ženklina juodo šlifuoto akmens paminklinė kompozicija, kairiojoje steloje iškaltas įrašas: "Rimvydas / Jakubonis / 1935–1994".

R. Jakubonio biografija publikuojama Vytauto Gritėno sudarytame rinkinyje "Lietuvos elektrifikavimo istorija" (2006 m.).