Baigė kunigų seminariją, 1896 m. buvo įšventintas kunigu.

Paskirtas apie 1897 m., 1897–1899 m. J. Liubšys buvo Gruzdžių (Šiaulių r.) vikaras, 1899–1903 m. tarnavo vikaru Švėkšnoje (Šilutės r.). 1903–1905 m. jis buvo Kulvos (Jonavos r.) Švč. Mergelės Marijos bažnyčios kuratas, kunigas filialistas.

1905 m. rugpjūtį pakeistas vietomis su Juliumi Narkevičiumi, 1905–1915 m. J. Liubšys buvo Raguvėlės (Anykščių r.) Šv. Stepono bažnyčios kuratas, kunigas filialistas. Raguvėlėje iki Pirmojo pasaulinio karo jis įsteigė vartotojų draugiją.

Perkeltas 1915 m. balandį, 1915–1940 m. J. Liubšys tarnavo Joniškėlio (Pasvalio r.) Švč. Trejybės parapijos klebonu. Iki 1925 m. jis ėjo ir Joniškėlio žemesniosios ūkio mokyklos tikybos mokytojo pareigas.

1938 m. ėmęsis iniciatyvos ir nužiūrėjęs pastatus, jis gavo Panevėžio vyskupijos leidimą ir 1940 m. Joniškėlyje įsteigė altariją. 1940 m. birželio 27 m. atsisakęs klebono pareigų dėl silpstančios sveikatos, J. Liubšys pats joje apsigyveno kaip altarista. Jis sutvarkė altariją, įveisė sodą.

Vokiečių okupacijos metais altarijoje jis slėpė Panevėžio gimnazijos mokinę žydaitę Zlotaitę, aprūpintą fiktyviais dokumentais, taip pat slėpė gydytojo Lichtenšteino šeimą. Jis yra vienas iš 159 Lietuvos dvasininkų – žydų gelbėtojų.

1946 m. J. Liubšys šventė kunigystės 50-metį, nuo to laiko buvo kunigas jubiliatas.

Mirė po 1946 m. Joniškėlyje (Pasvalio r.).