Baigė Bikūnų (Anykščių r.) pradžios mokyklą, mokėsi Anykščių gimnazijoje, 1949–1952 m. baigė Anykščių vidurinę mokyklą 9-ojoje jos abiturientų laidoje. 1952–1957 m. studijavo Kauno politechnikos institute pramonės įmonių elektrifikaciją, įgijo inžinieriaus elektromechaniko išsilavinimą.

Paskirtas 1962 m. rugsėjo 22 d., 1962–1967 m. M. Rutkauskas dirbo Energetikos statybos tresto Anykščių statybos montavimo aikštelėje inžinieriumi elektriku. Perkeltas 1967 m. sausio 31 d., 1967–1969 m. jis dirbo Vilniaus statybos kilnojamoje mechanizuotoje kolonoje.

1969–1972 m. M. Rutkauskas buvo Vyriausiosios energetikos ir elektrifikavimo valdybos Centrinės elektros tinklų ir pastočių tarnybos grupės vadovas. Nuo 1972 m. jis dirbo šios valdybos Elektros tinklų tarnybos viršininko pavaduotoju, paskui iki 1995 m. buvo viršininkas, kol išėjo į pensiją.

Jo veiklos sritis buvo žemės ūkio paskirstymo tinklai, jų kapitalinis remontas. M. Rutkauskas nagrinėjo elektros energijos tiekimo patikimumo didinimo žemės ūkio vartotojams problemas, transformatorinių pastočių apkrovas. Jis aktyviai dalyvavo, diegiant mechanizacijos priemones, buvo racionalizatorius.

1995–2000 m. M. Rutkauskas dar dirbo akcinės bendrovės "Lietuvos energija" Elektrotechnikos tarnyboje vadovaujančiuoju inžinieriumi. Jis atliko elektros perdavimo sistemos techninio audito pagal PHARE programą darbų analizę, teikė pastabas bei nagrinėjo elektros tinklų filialuose skirstomųjų tinklų remonto darbų kokybę.

M. Rutkauskas buvo Vilniaus anykštėnų sambūrio narys, pirmojo elmininkiečių kraštiečių sąskrydžio organizatorius (2007 m.).

Jis sudarė ir išleido kraštotyros rinkinį "Elmininkai ir elmininkiečiai" (2007 m.).

Buvo vedęs, žmona Elena Rutkauskienė (1935–2019).

Mirė 2014 m. lapkričio 25 d. Vilniuje. Palaidotas Vilniaus Karveliškių kapinėse (75 sektorius, 3 eilė, 17 kapavietė). Kapą ženklina rusvo šlifuoto akmens horizontali stačiakampė stela su iškaltu įrašu: "Mykolas Rutkauskas / 1932–2014 / Elena Rutkauskienė / 1935–2019".

M. Rutkausko gyvenimas ir veikla pristatoma monografijos "Lietuvos energetika" 4-ajame tome "Atsiminimai. Biografijos" (2006 m.), informacinio leidinio "Anykščių kraštotyrininkai. Biobibliografinis žodynas" pirmojoje dalyje "Biografijos" (2016 m.).