Tėvas Dominykas Mikšys.

Mokėsi Mintaujos (dabar – Jelgava, Latvija) gimnazijoje. 1893–1897 m. studijavo Kauno Žemaičių kunigų seminarijoje, 1897–1898 m. tęsė studijas Friburgo ir Breisgau universitetuose Vokietijoje.

1898 m. gegužės 30 d. D. Mikšys buvo įšventintas kunigu.

1898–1901 m. jis buvo vikaras Upninkuose-Vepriuose (Ukmergės r.), ten apie 1899–1901 m. laikinai ėjo ir klebono pareigas. Vepriuose jis buvo lietuvybės žadintojas, parapijoje buvusius lenkiškus giedojimus pakeitė lietuviškais.

1901–1910 m. jis tarnavo vikaru Baisogaloje (Radviliškio r.). 1904 m. pavasarį D. Mikšys išėjo savanoriu į carinės Rusijos kariuomenę, kad padėtų ten tarnaujantiems lietuviams tikintiesiems ir 1904–1906 m. tarnavo vyriausiuoju karo kapelionu Rusijos–Japonijos karo fronte Mandžūrijoje. Ten jis savo pamokslais kėlė kovinę dvasią, teikė paskutinį patepimą sužeistiesiems ir laidojo žuvusiuosius. Savo įspūdžius fronte jis aprašė publikacijose, kurias skelbė to meto spauda – "Lietuvių laikraštis".

Pasibaigus karui, jis ilgą laiką praleido Vakarų Europoje, už nuopelnus fronte gavęs teisę pasigydyti. 1907–1908 m. jis tęsė studijas Vakarų Europos universitetuose kaip laisvasis klausytojas.

Paskirtas 1909 m. pabaigoje ir atvykęs 1910 m. sausį, 1910–1914 m. D. Mikšys buvo Debeikių (Anykščių r.) Šv. Jono Krikštytojo parapijos klebonas. Debeikiuose jis ugdė vikarus: 1910 m. – Mykolą Paškevičių, 1911 m. – Joną Alekną, 1914 m. – Klemensą Šovį. 1910 m. jis perėmė klebono Povilo Šimkevičiaus 1906 m. pradėtą naujos mūrinės dviejų bokštų bažnyčios statybą ir 1913 m. ją baigė, taip pat 1912–1913 m. pastatė naują kleboniją.

Prasidėjus Pirmajam pasauliniam karui, 1914–1919 m. jis vėl buvo karo kapelionas Priamūrės srityje (Rusija). Apie įvykius karo fronte jis rašė laikraščiui "Vienybė".

1919–1921 m. D. Mikšys gyveno JAV, buvo Čikagos Šv. Kryžiaus parapijos klebono asistentas, rinko aukas Šv. Kazimiero seserų vienuolynui Amerikoje.

Grįžęs į Lietuvą, 1921–1938 m. jis gyveno Kaune, nuo 1921 m. rugsėjo 17 d. buvo Lietuvos kariuomenės 8-ojo Kunigaikščio Vaidoto pulko kapelionas, 1922 m. vasarą mėnesį ėjo 1-ojo atskirojo lazareto Šančiuose kapeliono pareigas, 1930–1934 m. buvo Kauno sunkiųjų darbų kalėjimo kapelionas, 1931–1934 m. – ir Kauno Raudonojo Kryžiaus ligoninės kapelionas.

1934–1936 m. D. Mikšys kaip vyskupo Teofiliaus Matulionio piligriminių kelionių palydovas keliavo po Jungtines Amerikos Valstijas, kur aplankė lietuvių parapijas, grįždamas aplankė Egiptą ir Jeruzalę, susitiko su popiežiumi Pijumi XI.

1939 m. birželį D. Mikšys Anelės Šukienės kvietimu atvyko į Inkūnus (Anykščių r.) ir, gavęs Panevėžio vyskupo Kazimiero Paltaroko pritarimą, jos namuose įsteigė Inkūnų koplyčią bei sudarė bažnyčios statybos komitetą. Jis pats nupirko ir paaukojo pamaldoms būtiną Inkūnų koplyčios inventorių. 1939 m. birželio–rugpjūčio mėnesiais jis gyveno ir laikė pamaldas Inkūnuose, bet dėl nesutarimų ir pablogėjusios sveikatos išvyko, nebaigęs įgyvendinti sumanymo pastatyti bažnyčią.

Perkeltas 1939 m. rugpjūčio 30 d., 1939–1952 m., iki gyvenimo pabaigos, D. Mikšys gyveno ir tarnavo Kulautuvoje (Kauno r.), 1939–1948 m. buvo Kulautuvos bažnyčios rektorius, nuo 1948 m. rugpjūčio 19 d. – Kulautuvos parapijos klebonas.

Jo iniciatyva Kulautuvos Šv. Petro Išvadavimo koplyčia 1940 m. gavo naują titulą ir nuo to laiko iki šiol yra Švč. Mergelės Marijos vardo parapija. Išplėtęs koplyčią, D. Mikšys joje įrengė bažnyčią ir iki gilios senatvės išsaugojo žvalumą ir jaunatvišką dvasią.

1939 m. D. Mikšys paaukojo 1000 litų Panevėžio mažosios klierikų seminarijos rūmams statyti, buvo vienas didžiausių šios statybos mecenatų.

Mirė 1952 m. rugsėjo 24 d. Kulautuvoje (Kauno r.). Palaidotas Kulautuvos kapinėse. Kapą ženklina balto papilkėjusio marmuro kryžius ant iškilaus skulptūrinio akmeninio postamento, kuriame iškaltas įrašas: "A+A / Kun. / Dominykas Mikšys / 1872.XII.12–1952.IX.24 / Viešpats mano ramstis, / mano prieglauda ir / mano gelbėtojas. / Ps. 17", kapavietę dengia juodo akmens plokštė su iškaltu įrašu: "Kun. D. Mikšys / Mirė 1952 m.".