Tėvai: Ignotas Labanauskas ir Uršulė Budreckaitė-Labanauskienė – bajoriškos kilmės žemdirbiai, stambūs ūkininkai.

Mokėsi Šiaulių gimnazijoje, Kauno Žemaičių kunigų seminarijoje, už gerą mokymąsi gavo siuntimą testi studijas Sankt Peterburgo (Rusija) dvasinėje akademijoje ir ją baigė 1908 m. teologijos magistro laipsniu. 1908 m. gegužės 18 d. jis buvo įšventintas subdiakonu.

1908 m. spalio 26 d. Kaune Žemaičių vyskupijos valdytojas Gasparas Cirtautas įšventino I. Labanauską kunigu.

1909–1910 m. jis tarnavo kapelionu Panevėžio realinėje mokykloje, keturklasėje miesto mokykloje ir parapijos mokykloje. Panevėžyje jis buvo išrinktas Šv. Juozapo darbininkų draugijos pirmininku, kol 1910 m. pats atsisakė šių pareigų.

1910–1911 m. I. Labanauskas buvo Panevėžio gimnazijos kapelionas, 1911–1915 m. – Šiaulių mokyklų kapelionas. Pirmojo pasaulinio karo metais jis pasitraukė į Rytus ir 1915–1918 m. gyveno Smolenske (Rusija). 1918 m. grįžęs į Lietuvą, 1918–1919 m. jis buvo Šiaulių gimnazijos kapelionas.

1919–1934 m. I. Labanauskas buvo Rokiškio Šv. apaštalo evangelisto Mato parapijos klebonas, nuo 1921 m. – Obelių dekanas, paskui – Rokiškio dekanas. 1925 m. jis pašventino naują Lukštų (Rokiškio r.) Šv. apaštalo Jono bažnyčią.

1929 m. jis buvo altarijų steigimo Panevėžio vyskupijoje iniciatorius, apie naujų altarijų būtinybę skaitė pranešimą 1929 m. liepos 2 d. vykusioje vyskupijos dekanų konferencijoje, kur buvo nuspręst steigti 9 naujas altarijas. 1934 m. jo rūpesčiu ir Rokiškyje buvo įsteigta altarija – prieglauda pasenusiems kunigams. I. Labanauskas globojo Rokiškio skautų tuntą, suteikdavo patalpas jiems veikti, 1925–1930 m. buvo Lietuvos Skautams Remti Draugijos Rokiškio skyriaus pirmininkas. Jam pritarus, Rokiškyje buvo įsteigtas Vyskupo Motiejaus Valančiaus liaudies universitetas.

Rokiškyje jo iniciatyva buvo įkurtas Ūkininkų sąjungos bankas, dvasininkas tapo jo valdytoju. Banko direktoriui su pinigai pabėgus į Ameriką, I. Labanauskas sulaukė nemalonumų dėl per didelio pasitikėjimo žmonėmis. Jis subūrė bažnyčios remonto komitetą, bet šių darbų organizuoti nesugebėjo, maldos namai ir parapijos ūkis buvo apleisti. Po viešų nesutarimų su vikaru Kazimieru Rankele jis turėjo palikti Rokiškį, o parapija buvo nubausta interdiktu – laikinai uždraustos visos iškilmės.

1935–1945 m. jis buvo Ramygalos (Panevėžio r.) Šv. Jono Krikštytojo parapijos klebonas ir Panevėžio dekanato dekanas. Jo iniciatyva Vokietijoje buvo nupirktas ir bažnyčios bokšte sumontuotas bokšto laikrodis. 1945 m. partizanams nušovus eksvikarą Joną Stajušaitį (1914–1945), jau pasitraukusį iš dvasininkų luomo, I. Labanauskas liko kaltas jo neprižiūrėjęs ir laiku nepranešęs vyskupui, todėl turėjo palikti parapiją.

1945–1946 m., iki gyvenimo pabaigos, I. Labanauskas buvo Troškūnų (Anykščių r.) Švč. Trejybės parapijos klebonas, spėjo pasižymėti kaip geras pamokslininkas.

Steigiant naują Panevėžio vyskupiją, 1926 m. I. Labanauskas buvo paskirtas sinodiniu teisėju ir sinodiniu egzaminatoriumi, Panevėžio katedros statymo tarybos nariu.

Nuo 1927 m. iki gyvenimo pabaigos jis buvo pirmosios Panevėžio vyskupijos katedros kapitulos prelatas-saugotojas, 1932 m. paskirtas Panevėžio vyskupijos pirmojo sinodo, numatyto 1936 m., pirmininku.

Amžininkų prisiminimuose dvasininkas pasižymėjo aristokratišku orumu ir aštriu, kartais kandžiu sąmoju, išsiskyrė dideliais gabumais ir atmintimi, galėdavo tiksliai atpasakoti bet kokius istorinius įvykius ar tiesiog pasakoti anekdotus. Mokėjo rusų, lenkų, lotynų, vokiečių ir prancūzų kalbas. Garsėjo kaip itin stiprios kavos mėgėjas.

Mirė 1946 m. liepos 31 d. Troškūnuose. Palaidotas Troškūnų bažnyčios šventoriuje. Kapą ženklina akmeninis paminklas-stela su iškaltu kryžiumi, kapas buvo aptvertas žema metaline tvorele, apie 2017 m. jį pertvarkius, kapavietę dabar dengia pilko šlifuoto akmens plokštė. Paminkle yra portretinė nuotrauka ir iškaltas įrašas "Kun. Prel. / Labanauskas I. / 1885.X.29–1946.VII.31. / Tikiu į amžinąjį gyvenimą".

Panevėžio Kristaus Karaliaus katedros interjere įtaisytoje marmurinėje lentoje, skirtoje šios katedros geradariams atminti, aukso raidėmis įrašyta ir prelato Igno Labanausko pavardė.