Tėvai: Juozapas Kekys ir Ona Kekienė – valstiečiai žemdirbiai. Užaugo aštuonių vaikų šeimoje. Broliai ir seserys: Juozapas Kekys (1898–?) – miškininkas, Ona Kekytė-Aluzienė – žemdirbė, Jonas Kekys, Pranciškus Kekys, Klemensas Kekys, Kazimieras Kekys ir Jadvyga Kekytė-Staigvilienė.

Mokėsi Kauno suaugusiųjų profesinėje gimnazijoje. Atliko privalomąją karinę tarnybą Lietuvos kariuomenėje, tarnavo husarų pulke. Apie 1942 m. baigė studijas Kauno tarpdiecezinėje kunigų seminarijoje.

1942 m. gruodžio 19 d. V. Kekys buvo įšventintas kunigu.

Nuo 1942 m. V. Kekys tarnavo vikaru Žagarėje (Joniškio r.), paskui iki 1947 m. buvo Ukmergės vikaras.

Paskirtas 1947 m. rugsėjo 18 d., 1947–1948 m. V. Kekys buvo Kavarsko (Anykščių r.) Šv. Jono Krikštytojo parapijos administratorius, paskui 1948–1975 m. – šios parapijos klebonas. Už parapijiečių aukas jis pastatė Kavarske naują mūrinę kleboniją, perdažė bažnyčią. Kavarske jis ugdė vikarus bei globojo altaristas: 1949–1950 m. – Vladislovą Michelevičių, 1956–1960 m. – Joną Albavičių, 1960–1966 m. – Aleksandrą Masaitį, 1966–1968 m. – Petrą Mačiūtą, 1970–1971 m. – Steponą Rupšį, 1971 m. – Zigmantą Grinevičių.

Dėl silpstančios sveikatos 1975 m. rugsėjį pasitraukęs iš klebono pareigų, 1975–1982 m., iki gyvenimo pabaigos, V. Kekys liko Kavarsko parapijoje altarista, talkino pastoracijoje studijų laikų draugui klebonui Albertui Perminui.

Mirė 1982 m. gegužės 9 d. Kavarske (Anykščių r.). Palaidotas Mosėdžio (Skuodo r.) kapinėse.

Kavarsko Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios šventoriuje ant tvoros įrengta šlifuoto akmens V. Kekio atminimo lenta su įrašu: "A+A / Kunigas / Valerijonas / Kekys / 1909–1942–1982 / Kavarske dirbo 1947–82 m. / Palaidotas Mosėdžio kap. / "Ar gyvename, ar mirštame / – mes esame Viešpaties" / (Rom. 14.8)".

Jo valia Erslos Šv. Aloyzo koplyčiai buvo perduota Švč. Mergelės Marijos statulėlė, kuri iki šiol saugoma šioje koplyčioje.