Gimimo data nustatyta pagal krikšto metrikų įrašą. Kituose šaltiniuose minima data – 1898 m. vasario 4 d.

Tėvai: Mykolas Butėnas (1865–1910) ir Elena Čepukaitė-Butėnienė (1870–1949) iš Gojaus – valstiečiai žemdirbiai. Buvo vyriausias vaikas šeimoje. Broliai: Jonas Butėnas (1902 – po 1949) ir Jurgis Butėnas (1909–?). Dar trys broliai Mykolas Butėnas (1900–1901), Dominykas Butėnas (1905–1905) ir Antanas Butėnas (1906–1908) mirė vaikystėje.

1898 m. sausio 25 d. Anykščių bažnyčioje jį pakrikštijo vikaras Juozapas Giedrikas, krikštatėviai buvo Jurgis Juozaponis ir Anastazija Čepukaitė.

1920 m. lapkričio 15 d. J. Butėnas buvo mobilizuotas į tarnybą Lietuvos kariuomenėje, mokėsi Karo mokykloje Kaune ir 1921 m. gruodžio 18 d. ją baigė 4-ojoje laidoje leitenanto kariniu laipsniu.

1921–1925 m. J. Butėnas tarnavo 3-ajame pėstininkų Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Vytauto pulke, dislokuotame palei rytinę Lietuvos sieną, kol 1925 m. balandžio 8 d. buvo paleistas į atsargą.

1928 m. rugpjūčio 20 d. jis vėl buvo priimtas į kariuomenę, tarnavo 1-ajame pėstininkų Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Gedimino pulke ūkio dalyje Ukmergėje, vėliau iki 1936 m. buvo pulko raštvedys. 1929 m. lapkričio 23 d. jam buvo suteiktas vyresniojo leitenanto karinis laipsnis.

1933 m. J. Butėnas eksternu baigė gimnaziją, išlaikė Aukštesniosios mokyklos baigimo egzaminus.

1936 m. gruodžio 22 d. jis buvo perkeltas į Kėdainių apskrities komendantūrą, kuopos vado teisėmis vadovavo Kėdainių šauliams. 1937 m. balandžio 22 d. jam buvo suteiktas kapitono karinis laipsnis.

1937 m. spalio 11 d. J. Butėnas perkeltas tarnauti į Raseinių apskrities komendantūrą, kur ėjo tas pačias karininko šaulių reikalams pareigas.

Pirmosios sovietinės okupacijos laikotarpiu 1940 m. pabaigoje jis paleistas į atsargą.

Antrojo pasaulinio karo metais 1941 m. birželio 28 d. J. Butėnas atėjo į tarnybą lietuvių savisaugos daliniuose Kaune ir liepos 3 d. buvo paskirtas į Tautinio darbo apsaugos batalioną raštvedžiu. 1941 m. rugpjūčio 25 d. jis buvo paskirtas 4-ojo savisaugos bataliono vado pavaduotoju, nuo 1943 m. pradžios buvo 8-ojo lietuvių policijos bataliono vado pavaduotojas, policijos kapitonas, vėliau –11-ojo bataliono vadas Ukrainoje, kol 1943 m. lapkritį tas batalionas prie Korostenio buvo sutriuškintas ir išformuotas.

1944 m. jis tęsė karinę tarnybą Vietinėje rinktinėje, buvo 306-ojo bataliono 3-osios kuopos vadas, kol šis dalinys 1944 m. gegužės 15 d. buvo išformuotas ir nuginkluotas.

1944 m. J. Butėnas pasitraukė į Vakarus, paskui emigravo į JAV, apsistojo Čikagoje (Ilinojaus valstija), kur liko iki gyvenimo pabaigos. Jis buvo Lietuvių karių veteranų sąjungos "Ramovė" Čikagos skyriaus narys.

Nepriklausomoje Lietuvoje J. Butėnas buvo apdovanotas Lietuvos nepriklausomybės medaliu (1928 m.).

Buvo vedęs, žmona Filomena Gribauskaitė-Butėnienė. Vaikai: Algė Julija Butėnaitė (g. 1927 m.), Liucija Vida Butėnaitė (g. 1930 m.) ir Zenonas Vytenis Butėnas (g. 1931 m.).

Mirė 1976 m. spalio 18 d. Čikagoje (JAV).

J. Butėno gyvenimas ir veikla pristatoma informacinio leidinio "Lietuvos kariuomenės karininkai 1918–1953" 2-ajame tome (2002 m.).