1904 m. jis išvyko į Rygą (Latvija), kur dirbo darbininku.

Pirmojo pasaulinio karo metais J. Mikėnas buvo mobilizuotas į carinės Rusijos kariuomenę. Po 1917 m. revoliucijos jis įsitraukė į komunistinę veiklą, nuo 1918 m. buvo komunistas.

1918–1935 m. jis tarnavo Rusijos Raudonojoje armijoje, buvo apskrities, gubernijos karo komisaras, ėjo kitas karines pareigas. 1935–1941 m. jis dirbo Sovietinės kontrolės komisijoje prie SSRS Liaudies komisarų tarybos, paskui SSRS Miškų ūkio liaudies komisariate.

1941 m. balandį jis grįžo į Lietuvą ir 1941 m. balandžio 3 d. buvo paskirtas Lietuvos Liaudies komisarų tarybos pirmininko pavaduotoju, šias pareigas ėjo ir Antrojo pasaulinio karo metais iki 1945 m. rugsėjo 10 d.

Porą mėnesių J. Mikėnas dirbo Kaune, o prasidėjus Vokietijos-Sovietų Sąjungos karui, 1941 m. birželį pasitraukė į Rytus. Būdamas išblaškytos Liaudies komisarų tarybos pirmininko pavaduotoju, 1941–1943 m. jis dirbo Liaudies komisarų tarybos ir Lietuvos komunistų partijos Centro komiteto įgaliotiniu evakuotųjų Lietuvos gyventojų reikalams, 1943–1945 m. buvo Lietuvos Liaudies komisarų tarybos nuolatinis atstovas prie SSRS Liaudies komisarų tarybos Maskvoje (Rusija).

Atleistas iš Liaudies komisarų tarybos pirmininko pavaduotojo pareigų, 1945–1953 m. jis liko Lietuvos Liaudies komisarų tarybos (nuo 1946 m. – Lietuvos Ministrų tarybos) nuolatinio atstovo prie SSRS Liaudies komisarų tarybos pavaduotojas, kol išėjo į pensiją.

Mirė 1964 m. lapkričio 21 d. Maskvoje (Rusija).