Augo šešių vaikų šeimoje, buvo vyriausias. Sesuo Emilija Liubonaitė – brolio kunigo Petro šeimininkė.

Mokėsi Medikonių (Pakruojo r.) pradžios mokykloje, Kėdainių gimnazijoje. 1940 m. baigė studijas Kauno tarpdiecezinėje kunigų seminarijoje. Gabumais pasižymėjęs jaunuolis buvo ruošiamas tolesnėms studijoms Romoje (Italija), bet dėl sovietinės okupacijos ten išvykti nebegalėjo.

1941 m. sausio 26 d. vyskupas Vincentas Brizgys Kauno Šv. Gertrūdos bažnyčioje ankstų rytą ir be iškilmių, slapta nuo sovietinės valdžios, įšventino P. Liuboną kunigu. Kartu buvo įšventinti dar 8 kunigai, tarp jų – Steponas Galvydis, Vladas Kremenskas ir Klemensas Gutauskas.

Nuo 1941 m. P. Liubonas tarnavo Šiaulių Šv. Petro ir Povilo bažnyčioje vikaru, buvo gimnazijos kapelionas. Apie 1943 m. perkeltas į Kėdainius, jis buvo Šv. Jurgio bažnyčios vikaras, paskui apie 1947–1948 m. tarnavo Josvainių (Kėdainių r.) Visų Šventųjų parapijoje vikaru.

1948–1964 m. P. Liubonas buvo Surviliškio (Kėdainių r.) Nukryžiuotojo Jėzaus parapijos klebonas. Surviliškyje jis įtaisė kleboniją, sutvarkė bažnyčios vidų.

1964 m. jis buvo paskirtas Kėdainių Šv. Juozapo parapijos klebonu ir Kėdainių dekanu, aktyviai katechizavo vaikus, platino religinę literatūrą, todėl neįtiko vietinei valdžiai ir buvo skubiai iškeltas į nuošalesnę parapiją.

1964–1986 m. P. Liubonas buvo Kurklių (Anykščių r.) Šv. Jurgio parapijos klebonas. Kurkliuose jis suremontavo bažnyčios vidų, pastatė naują kleboniją.

Pablogėjus sveikatai, jis pasitraukė iš klebono pareigų, gydėsi Kauno klinikose, paskui 1986–1987 m. gyveno Ukmergėje kaip altarista.

1987–1996 m., iki gyvenimo pabaigos, P. Liubonas buvo Šeduvos (Radviliškio r.) Šv. Kryžiaus Atradimo parapijos altarista. 1991 m. Šeduvoje paminėjęs savo kunigystės 50-metį, senatvėje jis buvo kunigas jubiliatas.

Amžininkų prisiminimuose dvasininkas liko įsimintinas gyvenimiškais ir suprantamais pamokslais, nemėgęs tuščiažodžiavimo ir sentimentalumo, pasitikėjęs žmonėmis.

Mirė 1996 m. vasario 6 d. Šeduvoje (Radviliškio r.). Palaidotas gimtosios Stačiūnų (Pakruojo r.) parapijos bažnyčios šventoriuje.