Tėvai: Antanas Pliupelis (1888–1986) – pedagogas, švietėjas, ir Cecilija Vanagaitė-Pliupelienė (1890–?) iš Kapčiuškių. Augo šešių vaikų šeimoje, buvo trečioji. Broliai ir seserys: Eduardas Pliupelis-Pilis (1918–1978) – inžinierius statybininkas, emigrantas JAV, 1949–1957 m. politinis kalinys Magadane, Genovaitė Pliupelytė-Vanagienė (1919–2012) – gydytoja odontologė, Leonas Pliupelis (1924–1997) – inžinierius mechanikas, Vitalija Pliupelytė-Tamulevičienė (g. 1930 m.) – pedagogė pradinių klasių mokytoja ir Aldona Janina Pliupelytė-Murmienė (g. 1933 m.) – pedagogė lietuvių kalbos mokytoja, kraštotyrininkė.

1927–1928 m. pirmąją klasę baigė Kunigiškių pradžios mokykloje. Šeimai persikėlus, nuo 1928 m. augo Butėnuose (Anykščių r.), 1928–1931 m. baigė Butėnų pradžios mokyklą. Toliau mokėsi Užpalių (Utenos r.) progimnazijoje, 1940 m. baigė Utenos gimnaziją. 1940–1948 m. studijavo Vilniaus universiteto Chemijos fakultete, įgijo chemikės išsilavinimą.

Studijuodama 1944–1948 m. E. Pliupelytė dirbo prof. J. Matulio vadovaujamoje Fizinės chemijos laboratorijoje vyriausiąja laborante. Čia ji parengė ir apsigynė diplominį darbą, kurio vadovas buvo Lietuvos mokslų akademijos prezidentas J. Matulis.

1948–1950 m. ji dirbo Lietuvos mokslų akademijos Fizinės chemijos sektoriuje moksline bendradarbe.

Po Antrojo pasaulinio karo E. Pliupelytė buvo laisvės gynėja, pagrindinė Prisikėlimo apygardos štabo ryšininkė, veikė Zitos slapyvardžiu.

Už pogrindinę veiklą 1950 m. liepos 23 d. Vilniuje ji buvo suimta, kalinta Kaune ir Vilniuje. Karo tribunolas 1950 m. gruodžio 16 d. nuteisė ją 25 metus kalėti lageryje, paskui dar 5 metams tremties. 1950–1951 m. ji buvo kalinta Kolymos (Rusija), o nuo 1951 m. rugsėjo 10 d. – Berlago (Magadano sritis, Rusija) lageriuose, kur dirbo sunkius  fizinius darbus. Komisijai peržiūrėjus E. Pliupelytės  bylą, 1956 m. gegužės 26 d. jos teistumas buvo panaikintas, ji buvo išleista į laisvę ir tą pačią vasarą grįžo į Lietuvą.

1956 m. ji įsikūrė ir iki gyvenimo pabaigos pasiliko Kaune.

Nuo 1956 m. E. Pliupelytė dirbo Respublikinėje agrochemijos laboratorijoje, buvo Analitinio skyriaus viršininkė, vėliau vyresnioji metodininkė. Po įstaigos pertvarkymo iki 1991 m. ji buvo Lietuvos žemės ūkio akademijos Biochemijos ir fiziologijos laboratorijos mokslinė bendradarbė.

Jos mokslinės veiklos sritis – fosforo apytakos sistemoje "trąšos-dirvožemis-augalas" tyrimai.

1974 m. Lietuvos žemės ūkio akademijoje ji parengė ir apsigynė disertaciją "Augalams prieinamo fosforo ir kalio kiekio įvairiuose Lietuvos dirvožemiuose tinkamiausio metodo parinkimas ir jo įvertinimas", buvo žemės ūkio mokslų kandidatė, 1993 m. nostrifikuota biomedicinos mokslų, agronomijos daktarė.

E. Pliupelytė parengė ir išleido mokslinį leidinį "Žieminių javų tręšimo azotu diagnostika" (su kitais autoriais, 1990 m.), paskelbė publikacijų moksliniuose leidiniuose apie žemės ūkio kultūrų tręšimą azotinėmis ir fosforo trąšomis. Rinkiniuose ji publikavo prisiminimų apie pokario kovotojus, paskelbė publicistinių straipsnių patriotine tematika.

Lietuvos Atgimimo laikotarpiu E. Pliupelytė dalyvavo Sąjūdžio veikloje. Ji buvo Vilnijos draugijos narė, lankė Šalčininkų ir kitų Rytų Lietuvos rajonų mokyklas. 1990–2010 m. ji buvo "Kolymos" politinių kalinių bendrijos tarybos narė, viena iš šios bendrijos kūrėjų, kol iš visuomeninės veiklos  pasitraukė, pablogėjus sveikatai.

E. Pliupelytei buvo suteiktas laisvės kovų dalyvės statusas. Kauno miesto savivaldybės meras ją apdovanojo Kauno miesto burmistro Jono Vileišio žalvariniu medaliu (2011 m.).

Jos gyvenimas ir veikla pristatyta biografijų ir prisiminimų knygoje "Butėnų kaimo šviesuoliai" (2012 m.).

Mirė 2016 m. sausio 14 d. Kaune. Palaidota Kauno Karmėlavos kapinėse (33 kvartalas, 20 eilė 14 kapas) prie anksčiau mirusio brolio. Kapą ženklina pilko šlifuoto akmens dekoratyvinė paminklinė stela su iškaltu įrašu: "Pliupeliai / Leonas 1924–1997 / Elvyra 1921–2016".

E. Pliupelytės nekrologas. Voruta, 2016 m. sausio 31 d.