Tėvai: Algirdas Utkus (1935–1995) – valstybės tarnautojas ir Elena Adamonytė-Utkienė (1928–2021).

Augo ir mokėsi Panevėžyje. 1990 m. baigė studijas Vilniaus universiteto Medicinos fakultete, įgijo gydytojo pediatro išsilavinimą.

1989–1991 m. A. Utkus atliko rezidentūros praktiką Panevėžio respublikinėje ligoninėje, ten dirbo gydytoju genetiku. 1990 m. jis tris mėnesius studijavo Podiplominių studijų medicinos institute Maskvoje (Rusija), kur įgijo gydytojo genetiko profesinę kvalifikaciją.

Nuo 1991 m. iki šiol A. Utkus gyvena ir dirba Vilniuje.

1991–2001 m. jis dirbo Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto Žmogaus ir medicininės genetikos katedroje asistentu, 2001–2002 m. buvo šios katedros lektorius, 2002–2012 m. – docentas.

2001 m. Vilniaus universitete A. Utkus apsigynė disertaciją "Lietuvos vaikų įgimtų anomalijų etiologija, diagnostika, struktūra ir paplitimas" ir buvo biomedicinos mokslų, medicinos daktaras. 2009 m. jis atliko habilitacijos procedūrą, pateikęs mokslo darbus tema "Retosios ligos, jų fenomika ir genetinis konsultavimas", yra habilituotas biomedicinos mokslų, medicinos daktaras.

Jo mokslinių interesų sritis – biologinė asimetrija, klinikinių interesų sritys: sindromologija, genetinis konsultavimas, cistinės fibrozės genetinė  diagnostika; Hantingtono ligos genetinė diagnostika; galimas eratogenų  poveikis vaisiui.

Nuo 2012 m. A. Utkus yra ir Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto dekanas, Žmogaus ir medicininės genetikos katedros vedėjas, Medicinos fakulteto tarybos pirmininkas. Jis dėsto Vilniaus universiteto Medicinos ir Gamtos mokslų fakultetų studentams, bendrąją ir žmogaus genetiką bei klinikinę genetiką, yra profesorius.

Nuo 2012 m.  A. Utkus yra Vilniaus universiteto ligoninės Santariškių klinikų Medicininės genetikos centro direktorius. Jis konsultuoja  pacientus su įvairia paveldima ir įgimta patologija, domisi retomis paveldimomis nervų ir raumenų sistemų ligomis, teratogeniniais, chromosominiais sindromais.

Profesinę kvalifikaciją jis tobulino Marselio (Prancūzija) Medicininės genetikos departamente (1992 m.), Viskonsino universiteto (Madisonas, JAV) cistinės fibrozės centre ir Veismano centre (1994 m.), Solt Leik Sičio (JAV) universiteto ligoninės medicininės genetikos divizione (1999 m.), Lietuvoje vykusiuose tarptautiniuose renginiuose.

A. Utkus yra Lietuvos žmogaus genetikos draugijos pirmininkas, Europos žmogaus genetikos draugijos narys.

Laisvalaikiu sportuoja, žaidžia krepšinį.