Tėvai: Antanas Nefas (1923–2004) – mokyklos tarnautojas ir Angelė Laurenčikaitė-Nefienė (1922–2014) – pedagogė, pradinių klasių mokytoja. Seserys: Gražina Nefaitė-Akelaitienė (g. 1956 m.) – mokslininkė kalbininkė, pedagogė, Birutė Nefaitė (g. 1964 m.) – ekonomistė.

1967–1978 m. mokėsi Taujėnų (Ukmergės r.) vidurinėje mokykloje. 1978–1983 m. studijavo Vilniaus pedagoginio instituto Istorijos-pedagogikos fakultete, įgijo istorijos mokytojo išsilavinimą.

Nuo 1983 m. S. Nefas gyvena Anykščiuose, nuo 2004 m. – ir Vilniuje.

1983–1988 m. S. Nefas dirbo Anykščių Antano Vienuolio ir Viešintų (Anykščių r.) vidurinėse mokyklose istorijos mokytoju, 1988–1990 m. buvo Anykščių Antano Vienuolio vidurinės mokyklos istorijos mokytojas.

Nuo 1985 m. S. Nefas buvo vyresnysis mokytojas, nuo 1993 m. – mokytojas metodininkas. 1985 m. Anykščių Antano Vienuolio vidurinėje mokykloje jis įrengė pirmąjį Lietuvos mokyklose Lietuvos istorijos kabinetą.

1990–1995 m. S. Nefas dirbo Anykščių Antano Vienuolio vidurinės mokyklos direktoriumi, jam buvo suteikta švietimo įstaigų vadovo antroji kvalifikacinė kategorija (1995 m.). 1992 m. jis buvo ir Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos – Atkuriamojo Seimo deputato Vidmanto Žiemelio padėjėjas-sekretorius.

Nuo 1993 m. iki šiol jis yra Tėvynės Sąjungos (Lietuvos konservatorių), Tėvynės Sąjungos – Lietuvos krikščionių demokratų narys.

1995–1997 ir 1997–2000 m. S. Nefas buvo Anykščių rajono tarybos narys, išrinktas šios partijos sąraše, ir dvi kadencijas iš eilės buvo išrinktas Anykščių rajono meru. Jis buvo pirmasis politikas, Anykščiuose užėmęs šias pareigas.

Vadovaudamas Anykščių rajono savivaldybei, jis pasiūlė naują savivaldos struktūrą, skatino bendruomenių plėtrą ir aktyvumą, pasisakė už patriotizmo ir pilietiškumo ugdymą, tarptautinio bendradarbiavimo skatinimą. Jo vadovaujama rajono taryba įgyvendino kelis stambius investicinius projektus: Anykščių miesto dujofikavimo, geriamojo vandens gerinimo įrenginių statybos, šilumos ūkio pertvarkymo ir modernizavimo.

S. Nefas taip pat buvo Lietuvos savivaldybių asociacijos viceprezidentas (1995–1997 m.) ir prezidentas (1997–1998 m.). Jis buvo Vietos ir regionų valdžių kongreso Strasbūre (Prancūzija) narys (1997–2000 m.), laikraščio "Savivaldybių žinios" redakcinės kolegijos narys (1995–2003 m.).

1997–2000 m. S. Nefas buvo Tėvynės sąjungos (Lietuvos konservatorių) struktūrinio padalinio – Tėvynės savivaldos sąjungos pirmininkas. 2000 m. jis buvo tarptautinis stebėtojas, vykstant rinkimams Kosove (tuo metu – Jugoslavija).

1997–2000 m. jis neakivaizdžiai studijavo Vilniaus pedagoginio universiteto sociologijos doktorantūroje. S. Nefo tyrimų tema – bendruomeniškumo plėtra Lietuvoje.

Baigęs antrąją mero kadenciją, 2000–2004 m. S. Nefas toliau dirbo Anykščių Antano Vienuolio gimnazijos direktoriumi.

2003 m. jis tapo Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministerijos nepriklausomu ekspertu istorijos vadovėliams ir mokymo programoms vertinti, 2004 m. – vidurinio ugdymo programos akreditavimo ekspertu.

2004 m. birželio 29 – lapkričio 14 d. S. Nefas buvo besibaigiančios kadencijos Seimo narys, Valstybės valdymo ir savivaldybių komiteto narys, Tėvynės Sąjungos – konservatorių frakcijos narys.

Nuo 2004 m. iki šiol jis dirba Lietuvos teisės universiteto (dabar – Mykolo Romerio universiteto) Viešojo administravimo fakulteto Viešojo administravimo katedroje, 2004–2009 m. buvo lektorius, 2009–2015 m. – docentas, nuo 2015 m. yra Viešojo valdymo ir verslo fakulteto Viešojo administravimo instituto profesorius.

Jis taip pat yra Jungtinių tautų organizacijos ir Pasaulio banko ekspertas, nuo 2005 m. su savivaldos ir demokratijos plėtros projektais dirbantis Vidurinės Azijos šalyse: Tadžikijoje, Kirgizijoje, Kazachijoje, Uzbekijoje. Jis yra Kauno technologijos universiteto Savivaldos mokymo centro ekspertas.

S. Nefas eksternu parengė ir 2007 m. Mykolo Romerio universitete apsigynė disertaciją "Funkcionali vietos bendruomenė Lietuvos kaimuose ir miesteliuose", yra socialinių mokslų, vadybos ir administravimo daktaras.

1988 m. S. Nefas įsitraukė į Lietuvos Sąjūdį, buvo jo iniciatyvinės grupės, vėliau – Sąjūdžio Anykščių rajono tarybos narys. 1991–1995 m. S. Nefas buvo Sąjūdžio Anykščių rajono tarybos pirmininkas, Sąjūdžio laikraščio "Žiburys" redakcinės kolegijos narys.

S. Nefas nuo 1994 m. yra šaulys. 2000–2004 m. jis buvo Lietuvos šaulių sąjungos Utenos apskrities šaulių 9-osios rinktinės Anykščių S. Dariaus ir S. Girėno 1-osios kuopos vadas, 2002–2010 m. – Lietuvos šaulių sąjungos Centro valdybos narys.

Jis parengė ir išleido mokymo priemonę "Istoriniai kryžiažodžiai, datažodžiai ir ratažodžiai" (1989 m.), sudarė ir išleido savo minčių, kalbų ir publikacijų rinkinį "Stabtelėjimas" (2001 m.), metodinį leidinį "Mokymo vadovas savivaldybių tarybų nariams" (su D. Kurtinaičiu, R. Armoniene, R. Kalvaičiu ir J. Šakėnu, 2004 m.), vadovėlį "Šiuolaikinio viešojo administravimo pagrindai" (su Alvydu Raipa, Vainiumi Smalskiu ir Vidmante Giedraityte, 2016 m.), sudarė kraštotyros monografiją "Taujėnų, Užugirio, Balelių, Laviškio, Paąžuolių, Šalnų, Radžiūnų, Mažeikių mokyklų istorija" (su Gražina Nefaite-Akelaitiene ir Birute Nefaite, 2019 m.).

S. Nefas apdovanotas Lietuvos šaulių sąjungos išeivijoje Šaulių Žvaigždės medaliu (2000 m.), Krašto apsaugos ministerijos Šaulių žvaigžde (2006 m.). Jam buvo įteiktas Parlamento gynėjo Garbės ženklas už pasižymėjimą ginant Lietuvos Nepriklausomybę 1991 m. sausio–rugpjūčio įvykiuose (1996 m.), Lietuvos šaulių sąjungos 90-mečio medalis "Už tarnystę Tėvynei" (2009 m.). Už tarptautinį bendradarbiavimą mokslo srityje jis apdovanotas Šiaurės Kazachijos Manašo Kozybajevo valstybinio universiteto (Petropavlovskas, Kazachija) medaliu (2018 m.).

Laisvalaikiu žaidžia krepšinį, kolekcionuoja pašto ženklus ir vokus, kuria medžio drožinius.

Vedęs, žmona Dangira Jackūnaitė-Nefienė (g. 1961 m.) – pedagogė lietuvių kalbos ir literatūros mokytoja ekspertė. Vaikai: Gintarė Nefaitė-Siniakovienė (g. 1986 m.) – geografė, tarnautoja, Mindaugas Nefas (g. 1987 m.) – mokslininkas istorikas, visuomenininkas, Gediminas Nefas (1989 m.) – vadybininkas, Rūta Nefaitė (g. 1991 m.) – socialinė pedagogė ir Eglė Nefaitė (g. 1996 m.) – filologė.