Tėvai: Jonas Banėnas – verslininkas matininkas, hidroenergetikas, ir Julija Vaitiekūnaitė-Banėnienė (1905–1962). Augo trijų vaikų šeimoje su dviem seserimis Ona ir Regina. Dėdė (motinos brolis) Bronius Vaitiekūnas (1902–1986) – mokslininkas leidėjas, visuomenininkas, dėdė (tėvo brolis) Antanas Banėnas (1897–1979) – kariškis, inžinierius energetikas.

Tėvams persikėlus, užaugo Anykščiuose, 1958 m. baigė Anykščių Jono Biliūno vidurinę mokyklą 15-oje abiturientų laidoje.

1958–1959 m. J. Banėnas dirbo Anykščių statybos valdyboje iš pradžių statybininku, paskui buhalteriu.

1959–1964 m. jis studijavo Vilniaus universiteto Gamtos mokslų fakultete, įgijo inžinieriaus geologo, hidrogeologo išsilavinimą.

1965–1968 m. J. Banėnas dirbo Vakarų Lietuvos hidrogeologijos ekspedijoje Kauno hidrogeologinėje partijoje techniku, techniniu vadovu. 1969–1972 m. jis buvo Kauno hidrogeologijos ekspedicijos vyriausiasis inžinierius, 1972–1992 m. – jos viršininkas.

Privatizavus valstybinę įmonę Kauno hidrogeologijos ekspediciją, 1993–2007 m. J. Banėnas dirbo bendrovės "Kauno hidrogeologija" generaliniu direktoriumi, kol išėjo į pensiją. Nuo 2007 m. iki šiol jis yra bendrovės "Kauno hidrogeologija" valdybos pirmininkas.

J. Banėno vadovaujami darbuotojai išgręžė daugiau nei 5000 artezinių gręžinių geriamajam vandeniui tiekti. Jo vadovaujam bendrovė įsisavino naujas vokiečių, danų, švedų ir amerikiečių įrangas bei šiuolaikines technologijas, pirmoji Lietuvoje pradėjo įrenginėti gręžinius su vokiška gręžimo technika ir šiuo metu dirba visoje Lietuvoje ir užsienyje. 1996 m. bendrovė "Kauno hidrogeologija" vienintelė iš panašaus profilio Lietuvos įmonių buvo priimta tikrąja GEOTEC (Swedish Water Well Drillers Association) nare, o 2002 m. jai suteiktas "GEOTEC" darbų sertifikatas.

2001 m. Gabrėluose (Anykščių r.), ant Nevėžos upelės kranto, J. Banėnas atkūrė jo tėvo statytą 50 kW galios hidroelektrinę ir ją eksploatuoja.

Laisvalaikį praleidžia gamtoje, kaime arba keliaudamas, domisi astronomija.