Gimimo data pagal metrikų įrašą. Kitų asmens dokumentų ir šaltinių duomenimis – 1927 m. sausio 11 d.

Tėvai: Justinas Šakalys ir Ona Tomkevičiūtė-Šakalienė. Augo keturių vaikų šeimoje, buvo jauniausias. Seserys Apolonija ir Aldona, brolis Justinas Šakalys.

Baigė Kavarsko pradžios mokyklą, mokėsi Ukmergės gimnazijoje.

1944 m. J. Šakalys pasitraukė į Vakarus, toliau mokėsi Spakenbergo (Spackenberg, Vokietija) gimnazijoje. 1947 m. jis emigravo į Kanadą, kur kiek laiko dirbo miškuose.

1947 m. gruodžio 28 d. jis įstojo į Lietuvos pranciškonų kustodiją, 1948–1953 m. studijavo Kvebeko pranciškonų seminarijoje filosofiją, paskui Monrealio pranciškonų seminarijoje teologiją. 1952 m. sausio 1 d. jis davė amžinuosius įžadus, nuo to laiko buvo vienuolis pranciškonas brolis Rafaelis OFM.

1953 m. birželio 21 d. J. Šakalys buvo įšventintas kunigu.

1953-1954 m. jis dirbo laikraščio "Darbininkas" administracijoje Brukline (JAV). Perkeltas 1954 m. spalio 29 d., 1954–1956 m. jis tarnavo Toronto (Kanada) Prisikėlimo parapijoje vikaru. J. Šakalys daug dirbo su Kanados ir JAV lietuvių jaunimu, dėstė tikybą šeštadieninėje lietuvių mokykloje, organizavo ateitininkų stovyklas, 1954 m. subūrė vaikų ir jaunimo chorą.

1956–1957 m. jis studijavo Niujorko (JAV) Šv. Bonaventūros universitete anglų kalbą ir literatūrą bei pedagogiką, įgijo pedagoginį išsilavinimą.

1957–1958 m. J. Šakalys dirbo Kenebunko (Kennebunkport, Meino valstija, JAV) Šv. Antano gimnazijoje lietuvių kalbos, istorijos ir muzikos mokytoju, buvo bendrabučio vadovas.

Nuo 1958 m. grąžintas į Torontą (Kanada), 1958–1970 m. jis vėl buvo Prisikėlimo parapijos vikaras, toliau dirbo su jaunimu, organizavo ateitininkų stovyklas Wasagoje, buvo šeštadieninės Maironio vardo mokyklos mokytojas. Nuo 1958 m. jis leido neperiodinį moksleivių ateitininkų laikraštėlį "Pirmyn, jaunime", rašė jaunimo auklėjimo klausimais "Ateityje", "Šv. Pranciškaus Varpelyje".

1970–1974 m. J. Šakalys tarnavo Bruklino (Brooklyn, Niujorko valstija, JAV) pranciškonų vienuolyne, ėjo pranciškonų pašaukimų direktoriaus ir tretininkų vizitatoriaus pareigas.

Perkeltas 1974 m. rudenį, 1974–2008 m., iki gyvenimo pabaigos, J. Šakalys rezidavo Šv. Antano pranciškonų vienuolyne Kenebunke (Kennebunkport, Meino valstija, JAV), iš pradžių buvo šio vienuolyno vikaras, ekonomas, svečių namų administratorius. Vėliau šiame vienuolyne jis praleido senatvę.

Mirė 2008 m. spalio 18 d. Kenebunke (Meino valstija, JAV).