Apie 1570 m. tėvų buvo nuvežtas į Vilnių, kad galėtų mokytis stačiatikių mokykloje, išmoktų rusų kalbos bei rašto ir galėtų gauti valdininko tarnybą. Kiek pasimokęs, įstojo į Vilniuje besikuriantį Jėzuitų vienuolyną ir buvo vienas pirmųjų lietuvių vienuolių.

1571 m., Vilniuje kilus maro epidemijai, J. Lavinskis grįžo į tėviškę ir apie porą metų ten gyveno. Apie 1573 m. jis grįžo į Vilnių, kur 1573 m. birželio 1 d. davė amžinuosius vienuolio jėzuito įžadus, paskui tęsė mokslą Vilniaus kolegijoje ir pradėjo katalikišką veiklą lietuvių kalba Vilniuje ir jo apylinkėse.

1579 m. atidarius Vilniaus universiteto Teologijos fakultetą, J. Lavinskis ten iki 1583–1584 m. studijavo teologiją, dalyvaudavo apaštalinėse klierikų ir vienuolių misijose po parapijas. 

1583 m. jis, būdamas dar klierikas, kartu su vyresniu kunigu ar vienuoliu dalyvavo misijoje po Vidiškių, Žemaitkiemio (Ukmergės r.) ir Balninkų (Molėtų r.) apylinkes – pėsčiomis keliavo iš parapijos į parapiją, bendravo su žmonėmis, atlikdavo iškilmingas religines apeigas.

Tuo metu J. Lavinskis surinko ir lotynų kalba pateikė išskirtinę istorinę vertę turintį etnografinį lietuvių papročių aprašymą – misijos ataskaitą. Jis sukaupė autentiškų žinių apie XVI a. pabaigos lietuvių pagonybės apeigas, žemės deives, žalčių garbinimą, vėlių maitinimą ir kitus senojo tikėjimo elementus.

1583 m. J. Lavinskis savo laiške Lietuvos jėzuitų provinciolui Jonui Pauliui Kampanui (Compano) pirmasis paminėjo Dimstipatį – vyriausiąjį namų globėją, visų namų dvasių valdovą. Šis išlikęs jo laiškas yra laikomas vienu seniausių autentiškų baltų mitologijos šaltinių.

Kaip teigė J. Lavinskis, aukštaičiai "garbino namų dievą, vadinamą Dimstipačiu (Dimstipatim), kurį galima laikyti dūmų ir židinio viešpačiu. Jo garbinimo apeigos buvo tokios. Susiėję kaimynai, vien tik vyrai, aukodavo du mažus viščiukus, puotaudavo, nieko nepalikdami rytojui, o vandenį, kuriuo buvo plauti indai, išpildavo į židinį".

Apibūdindamas aukojimus kaip nusikaltimą katalikiškajam tikėjimui, J. Lavinskis vienas pirmųjų XVI a. pabaigoje atskyrė jiems vadovavusius asmenis – žynius (sortilegus) nuo šeimos kulto, kuriam vadovaudavo šeimos tėvas. Jis taip pat išskyrė bendruomeninį ar šeimos kultą ir magines praktikas, kurių atlikėją įvardijo burtininku.

Sekminių aukojimams, anot J. Lavinskio, vadovaudavo žynys ar koks vyresnis žmogus: šeimos iš javų pasidarydavo gėrimo, susirinkdavo, paaukodavo dievams aviną ar jautį, "susėsdavo prie stalo ir, davus ženklą žyniui (sortilegus) arba kokiam nors vyresniam žmogui", gerdavo, kviesdavo dievą ir prašydavo jį lietaus ir gero oro.

J. Lavinskis vienintelis iš pagonybės papročių stebėtojų įžvelgė ir aprašė lietuvių pagonių moteris žynes ("žiniuones"), kurios vadovaudavo išimtinai moteriškoms religinėms praktikoms: "Šis prietaras buvo susijęs su rudenį garbinama žemės deive (tellure dea), kuriai vienos moterys aukodavo ilgai penėtą kiaulę ir pačios ją, tinkamai paruošusios ir pasikvietusios žiniuonę, suvalgydavo; ir kai puotoje kuri nors gerdavo šiai deivei paaukotą alų, kitos šnypšdamos ją mediniais strypais ragindavo. Šiam aukojimui vadovauti skirdavo kokią nors naują nuotaką".

Pasak šio vienuolio jėzuito, lietuvės moterys turėjo daugelį ritualinių praktikų, kurioms pačios ir vadovavo.

Pasakodamas apie mirusiųjų vėlių maitinimo paprotį savo gimtajame krašte, J. Lavinskis rašė, kad mirties metinių proga aukštaičiai žemdirbiai rengdavo puotą "ir, kai viską ant stalo būdavo išdėstę, liedavo po stalu vandenį, į kiekvieną valgį įsmeigdavo šaukštą, uždegdavo žvakę, ir tada žynys (kuris visada vadovaudavo šitiems dalykams)" kreipdavosi į mirusiojo vėlę: "Štai, miręs broli, šis tavo draugas ir giminaitis duoda tau valgyti ir gerti, bet saugokis, kad nepaliestum ko nors iš mūsų galvijų ar žmonių".

Baigęs studijas, apie 1583 m. Kalėdas ar 1584 m. pavasarį J. Lavinskis buvo įšventintas kunigu.

Nuo 1584 m. iki gyvenimo pabaigos jis buvo teologijos dėstytojas ir pamokslininkas. J. Lavinskis trumpai dėstė Jaroslavo (Pšemyslio vaivadija, Lenkija) kolegijoje, paskui ilgiau buvo Vilniaus kolegijos, Vilniaus universiteto profesorius. Yra žinoma, kad daug dėmesio jis skyrė lietuvių kalbos populiarinimui.

Mirė 1598 m. balandžio 27 d. Vilniuje. Palaidotas Vilniaus Šv. Jonų bažnyčios rūsyje.

J. Lavinskio misionieriškoje veikloje kaimuose surinktomis tiksliomis žiniomis pagonybės tyrinėtojai remiasi nuo XVII a. iki šiol. Jo ataskaita buvo išspausdinta 1938 m.