Kaimas Anykščių seniūnijoje už 9 kilometrų į pietus nuo Anykščių. Ribojasi su Bimbų, Bliuvonių, Kubiliškių, Šlavėnų, Pavajų, Paulinavos, Dirvonų ir Eglių kaimais, Papilėnų viensėdžiu. Šiauriniu kaimo pakraščiu teka upelis Vaja – Virintos dešinysis intakas.

Yra 13 sodybų – 36 gyventojai (2001 m.), 32 gyventojai (2011 m.). Priklauso Šlavėnų seniūnaitijai (nuo 2009 m.).

XIX a. dokumentuose Kirkiliškiai minimi kaip bajorkaimis (okolica) – bajorų Jablonskių ir Kapčių gyvenamoji vieta.

1923 m. kaime buvo 9 sodybos – 38 gyventojai. 1923 m. taip pat minimas Kirkiliškių viensėdis – 1 sodyba, 10 gyventojų. Populiariausios pavardės kaime buvo Žarnauskai, Kapčiai ir Juknevičiai. 1934 m. kaimas buvo išskirstytas į vienkiemius, turėjo apie 80 hektarų žemės. Kaime gyveno žinomas muzikantas Adolfas Mačionis.

1922–1923 m. ėmė veikti Kirkiliškių pradinė mokykla, mokytoja dirbo Elena Sapkauskienė. 1925–1926 m. mokykloje veikė II–IV skyriai, mokėsi 38 vaikai, mokytoju dirbo Alfonsas Sabaliauskas. 1927 m. mokykla buvo perkelta į Kurklelių kaimą.

Po Antrojo pasaulinio karo iš Kirkiliškių buvo ištremti į Sibirą 5 asmenys – Baltranų ir Juknevičių šeimos.

1949 m. kaimas buvo įjungtas į Kalinino vardo kolūkį, 1957–1974 m. priklausė "Auksinės varpos", 1974–1992 m. – Puntuko kolūkiams, kol 1992 m. ūkis iširo. Nuo 1957 m. gruodžio 20 d. iki 1974 m. kovo 1 d. Kirkiliškiai buvo "Auksinės varpos" kolūkio centrinė gyvenvietė. Kaimo žemė XX a. 7–8 dešimtm. buvo melioruota.

Priklauso Kurklių parapijai. Senosios kaimo kapinės neveikiančios, laidojimo ženklų nelikę.