Tėvai: Alfonsas Kvieska (g. 1941 m.) – žemdirbys ir Galina Ramanovaitė-Kvieskienė (1944–1978) – pašto tarnautoja. Brolis Ričardas Kvieska (1964–2016) – vairuotojas, seserys Irena Kvieskaitė-Katkauskienė (g. 1959 m.) – gydytoja ir Edita Kvieskaitė-Kiškienė (g. 1974 m.) – siuvėja.

1976–1982 m. mokėsi Vidiškių (Ukmergės r.) vidurinėje mokykloje, 1982–1987 m. baigė Kavarsko (Anykščių r.) vidurinę mokyklą. 1987–1990 m. studijavo Lietuvos konservatorijos Klaipėdos fakultetuose režisūrą.

Nuo 1990 m. iki šiol J. Pupkienė gyvena ir dirba Troškūnuose (Anykščių r.).

1990–1992 m. ji buvo Troškūnų kultūros namų metodininkė darbui su vaikais. Nuo 1992 m. iki šiol ji dirba Anykščių kultūros centro Troškūnų skyriaus direktore, renginių organizatore.

1992–1994 m. ji neakivaizdžiai tęsė studijas Lietuvos konservatorijos Klaipėdos fakultetuose ir 1994 m., baigusi jau Lietuvos muzikos akademiją, įgijo liaudies teatro režisierės išsilavinimą.

Nuo 1994 m. iki šiol J. Pupkienė taip pat dirba Troškūnų vidurinėje mokykloje (nuo 1999 m. – Troškūnų Kazio Inčiūros vidurinėje mokykloje, nuo 2014 m. – Troškūnų Kazio Inčiūros gimnazijoje) vyresniąja teatro mokytoja.

Ji yra Troškūnų bendruomenės pirmininkė, Anykščių rajono kaimo kultūros bendrijos "Suspara" narė, Troškūnų seniūnaitijos seniūnaitė.

2015–2019 m. ir nuo 2019 m. ji yra Anykščių rajono savivaldybės Kultūros tarybos narė.

Ji subūrė Troškūnuose vaikų teatro studiją "Mes" (1990 m.) ir jaunimo teatro studiją (1993 m.), joms vadovauja ir kasmet pateikia 2-3 naujus pastatymus.

J. Pupkienė Troškūnuose kasmet organizuoja tradicinius kultūros renginius: vaikų ir jaunimo meno terapijos stovyklą "Troškimai" (nuo 2000 m.), vaikų ir jaunimo edukacinę Advento programą "Šviesos ratas" (nuo 2000 m.), jaunimo keistojo folkloro festivalį-kūrybinę stovyklą "Folk-virus" (nuo 2006 m.). Ji taip pat surengė pirmąjį romų dainų ir šokių festivalį "Romai kelyje" (2004 m.), tęsia šią tradiciją edukacinių projektų kryptimi. Ji yra tarptautinio šokio festivalio "Pėdos" idėjos autorė ir meno vadovė (2018 m.).

Jos vadovaujamas Anykščių kultūros centro Troškūnų skyrius Kultūros ministerijos konkurse buvo pripažintas geriausiu Lietuvos kaimo kultūros skyriumi ir apdovanotas premija (2008 m.).

J. Pupkienė apdovanota Utenos apskrities viršininko padėkos raštu "Už nuopelnus krašto kultūrai" (2001 m.), pelnė Utenos apskrities premiją "Geriausias vaikų teatro vadovas" (2007 m.). Ji apdovanota Teresės Mikeliūnaitės Anykščių kultūros premija (2008 m.), Lietuvos Respublikos kultūros ministerijos premijomis už geriausiai parengtus ir vykdytus vaikų ir jaunimo kultūrinės edukacijos projektus (2009 m.) bei už aktyvią, kūrybingą veiklą kultūros centruose (2014 m.).

Jai įteikta "Aukso paukštė" – Lietuvos liaudies kultūros centro ir Pasaulio lietuvių dainų šventės fondo aukščiausias apdovanojimas, skirtas geriausio 2015 m. Lietuvos vaikų ir jaunimo mėgėjų teatro vadovei (2016 m.). Ji pelnė Lietuvos nacionalinio kultūros centro nominaciją "Ryškiausias 2017 m. sezono vaikų, jaunimo teatro režisierius" už spektaklius pagal Justino Marcinkevičiaus eiliuotą pasaką "Grybų karas" ir "Kaip boba vaikus išbezdėjo" pagal Jono Basanavičiaus pasaką (2018 m.).

Lietuvos Respublikos 100-mečio proga ji apdovanota Anykščių rajono savivaldybės "Šimtmečio anykštėno" atminimo ženklu (2018 m.). Anykščių rajono turizmo lyderių rinkimuose ji pelnė "Turizmo gilę" nominacijoje "Už kultūrinį ir įtraukiantį vyksmą" (2020 m.). Už filantropinę veiklą, jaunų žmonių saviraiškos skatinimą ir rėmimą ji apdovanota Lietuvos Respublikos Seimo įsteigtu Gabrielės Petkevičaitės-Bitės atminimo medaliu "Tarnaukite Lietuvai" (2022 m.).

"Anykštos" žiniasklaidos grupės pirmą kartą surengtuose įtakingiausių anykštėnų rinkimuose ji pripažinta įtakingiausia Anykščių rajono kultūrininke (2022 m.).

Laisvalaikiu lankosi teatruose, dainuoja folkloro ansamblyje "Malmaža", prižiūri sodybą ir kaupia etnografinius eksponatus.

Ištekėjo 1990 m., vyras Artūras Pupkis (g. 1968 m.) – pedagogas technologijos mokytojas. Duktė Aistė Pupkytė (g. 1990 m.).