Tėvai – neturtingi valstiečiai.

Mokėsi Telšių miesto vidurinėje mokykloje ir Šiaulių gimnazijoje, 1885 m. išlaikė keturių klasių baigimo egzaminus. 1885–1890 m. studijavo Kauno Žemaičių kunigų seminarijoje.

1889 m. gruodžio 23 d. jis buvo įšventintas kunigu.

1890–1892 m. N. Butkevičius buvo Kauno Švč. Trejybės bažnyčios vikaras, 1892–1898 m. –  Panevėžio Šv. Petro ir Povilo parapijos vikaras. 1898–1901 m. jis buvo kunigas filialistas Kėdainiuose, 1901–1906 m. – Pikelių (Mažeikių r.) Švč. Trejybės parapijos klebonas. 1906 m. nuo gegužės iki lapkričio jis tarnavo Grinkiškio (Radviliškio r.) Švč. Mergelės Marijos Apsilankymo parapijos klebonu.

Paskirtas 1906 m. lapkritį, 1906–1913 m. N. Butkevičius buvo Joniškio Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų bažnyčios klebonas. Čia jis išgarsėjo kaip aršus doros ir katalikybės gynėjas. Parapijos namuose Joniškyje jis buvo priglaudęs pirmąjį knygynėlį, kuriame buvo galima paskaityti religinio turinio knygų ir periodikos. Tuo pačiu jis aktyviai priešinosi pasaulietinės literatūros lietuvių kalba platinimui, 1908 m. išvarė iš parapijos namų knygynėlio savininką Stasį Ripskį už pasaulietinės periodikos platinimą. 1912 m. jis nurodinėjo tikintiesiems neskaityti "bedieviškos" literatūros, o Joniškio knygyno savininką K. Petrauską viešai ragino išmesti ją iš skaityklų ir parduotuvės.

1913–1922 m. N. Butkevičius buvo Laukuvos (Šilalės r.) Šv. Kryžiaus Atradimo bažnyčios klebonas. 1918 m. gruodžio 11 d. Laukuvoje jis įsteigė Katalikiškojo jaunimo sąjungos "Pavasaris" kuopą, iki 1920 m. buvo jos valdybos pirmininkas, skatino jaunimą burtis į chorą ir orkestrą, organizuoti vaidinimus, sportuoti, atidarė biblioteką. Dėl amžiaus jis turėjo pasitraukti iš pavasarininkų veiklos organizatorių.

N. Butkevičius visur steigė Švč. Jėzaus Širdies bažnytines brolijas ir lietuvių katalikų Blaivybės draugijos skyrius (Joniškyje – 1908 m., skyrius veikė iki 1914 m.), pats jiems vadovavo. Jis buvo šaulys, Lietuvos šaulių sąjungos narys, kol pasitraukė iš pasaulietiškos veiklos.

1922 m. rudenį apsisprendęs stoti į Mažųjų Brolių vienuolyną, jis buvo atleistas iš pastoracinio darbo parapijoje ir pasiruošęs 1922 m. gruodį įstojo į Kretingos pranciškonų vienuolyną, nuo to laiko – tėvas Antanas. 1923 m. sausio 25 d. Gross-Borecke (Vokietija) jis priėmė vienuolio abitą,  ten atliko noviciato metus ir 1924 m. sausio 26 d. davė paprastuosius vienuolio įžadus, paskui grįžo į Kretingos vienuolyną.

Paskirtas 1924 m. gegužės 14 d., 1924–1928 m. jis buvo Kretingos Viešpaties Apreiškimo Švč. Mergelei Marijai parapijos klebonas, o tų metų pabaigoje įsteigė labdara besirūpinančios Šv. Vincento Pauliečio draugijos Kretingos skyrių.

Silezijoje (Vokietija) atlikęs noviciatą, N. Butkevičius 1927 m. davė amžinuosius įžadus ir grįžo į Kretingą, buvo Kretingos parapijos klebonas, vadovavo Kretingos priešalkoholiniam biurui, aktyviai dalyvavo Šv. Vincento Pauliečio draugijos veikloje, buvo paskelbtas jos Garbės nariu.

1928 m. N. Butkevičius buvo paskirtas Kretingoje atidaryto pranciškonų noviciato magistru (naujokų auklėtoju).

1930 m. naujokyną perkėlus į Troškūnuose (Anykščių r.) atgaivintą vienuolyną, 1930–1937 m. jis buvo šio vienuolyno viršininkas, 1935–1937 m. – ir Troškūnų parapijos klebonas. Troškūnuose jis vadovavo tretininkams, buvo Šv. Pranciškaus Tretininkų kongregacijos Troškūnų tretininkų direktorius.

1937–1939 m. N. Butkevičius buvo Kretingos konvento gvardijonas ir Mažesniųjų brolių (pranciškonų) ordino Lietuvos Šv. Kazimiero provincijos provincijolo patarėjas, Trečiojo ordino vizitatorius.

1939 m. jis buvo paskirtas Pajūrio (Šilalės r.) konvento gvardijonu ir Pajūrio vienuolyne liko iki gyvenimo pabaigos. 1940–1941 m., kai visas Pajūrio vienuolyno turtas buvo nacionalizuotas, N. Butkevičius buvo priverstas slapstytis.

N. Butkevičius buvo uolus abstinentas ir blaivybės skleidėjas. Jis išleido brošiūrą "Pirmasai visos Rusijos veikėjų kovai su girtybe klausimu suvažiavimas" (1910 m.).

Mirė 1944 m. gegužės 22 d. Pajūrio vienuolyne (Šilalės r.). Palaidotas Pajūrio kapinėse.