Tėvai: Jonas Kamarauskas ir Salomėja Imbrasaitė-Kamarauskienė – valstiečiai žemdirbiai.

1906 m. kovo 12 d. Taujėnų bažnyčioje jį pakrikštijo kunigas Valentinavičius, krikštatėviais buvo Juozapas Augustinas ir Salomėja Starkūnienė, Kazimiero Starkūno žmona.

1927 m. baigė Ukmergės gimnaziją. 1927–1934 m. studijavo Vytauto Didžiojo universiteto Medicinos fakulteto medicinos skyriuje, nuo 1932 m. spalio 1 d. buvo Krašto apsaugos ministerijos stipendininkas, įgijo gydytojo išsilavinimą. Studijuodamas jis įsitraukė į visuomeninę veiklą – buvo ateitininkas, "Vytauto" klubo narys, vėliau organizavo "Gajos" korporaciją iš buvo 4-asis jos pirmininkas.

1934 m. rudenį J. Kamarauskas iš karo sanitarijos valdybos buvo pašauktas į tarnybą Lietuvos kariuomenėje ir pasiųstas mokytis į Karo mokyklą Kaune. 1935 m. rugsėjo 15 d. ją baigęs X aspirantų laidoje, jis gavo sanitarijos atsargos jaunesniojo leitenanto karinį laipsnį ir buvo paleistas į sanitarijos karininkų atsargą, dirbo Karo ligoninėje Kaune.

1935 m. rugsėjo 28 d. jis vėl buvo priimtas į karo tarnybą ir paskirtas Karo ligoninės rentgeno skyriaus jaunesniuoju ordinatoriumi. 1936 m. lapkričio 23 d. jam buvo suteiktas leitenanto karinis laipsnis.

1938 m. balandžio 1 d. su Krašto apsaugos stipendija J. Kamarauskas buvo pasiųstas metams tobulintis rentgenologijos srityje į Vienos (Austrija) centrinį rentgenologijos institutą. 1939 m. liepos pabaigoje baigęs mokslus, jis pasiliko Antrojo pasaulinio karo jau apimtoje Europoje, nuspręsdamas į Lietuvą nebegrįžti, dirbo pavaduojančiuoju gydytoju rentgenologu Vokietijoje.

Pirmosios sovietinės okupacijos laikotarpiu likviduojant Lietuvos kariuomenę, 1940 m. spalio 3 d. J. Kamarauskas dokumentaliai buvo paskirtas Raudonosios armijos 29-ojo šaulių teritorinio korpuso atskirojo pionierių bataliono vyresniuoju gydytoju. 1940 m. lapkričio 15 d. jis buvo išbrauktas iš karininkų sąrašų kaip negrįžęs iš Vokietijos, įtrauktas į liaudies priešų sąrašus, Lietuvoje likęs jo turtas (asmeninė biblioteka) buvo konfiskuotas.

1940 m. rudenį J. Kamarauskas grįžo į Austriją, tęsė studijas Vienoje, kur parengė ir 1943 m. sausį apsigynė rentgenologijos srities medicinos daktaro disertaciją "Ueber die Haeufigkeit und Lokalisatio des Magen und Zwoelffingerdarmgesghwueres im Roentgen bilde" (vokiečių k., "Apie skrandžio ir dvylikapirštės žarnos opų dažnumą ir lokalizaciją rentgeno vaizde"), gavo medicinos daktaro mokslinį laipsnį.

1941–1945 m., iki Antrojo pasaulinio karo pabaigos, jis dirbo Vienos Neustadt klinikų Rentgeno institute vyresniuoju gydytoju. Kaip gydytojas rentgenologas jis tobulinosi Miunchene ir Berlyne (Vokietija).

1945 m. kovą pasitraukęs į karo pabėgėlių zoną, 1945–1946 m. J. Kamarauskas gyveno Bavarijoje ir dirbo Rosenheimo (Vokietija) karo pabėgėlių stovykloje gydytoju. Pakviestas 1946 m. gegužę, 1946–1948 m. jis buvo UNRRA ligoninės "Servatus Schifft" Augsburge (Vokietija) rentgeno skyriaus vedėju. Dirbdamas ligoninėse, jis buvo Lietuvos Raudonojo Kryžiaus valdybos narys.

1948 m. liepą jis su šeima išvyko į JAV, kiek laiko praleido Pitsburge (Pittsburgh, Pensilvanijos valstija) pas žmonos dėdę Imbrą, paskui įsikūrė ir iki gyvenimo pabaigos gyveno Čikagoje (Ilinojaus valstija).

Po stažuotės Čikagos Šv. Antano ligoninėje 1949–1950 m. J. Kamarauskas dirbo Lake Forest ligoninėje gydytoju rezidentu, vėliau iki gyvenimo pabaigos buvo Čikagos Šv. Bernardo ligoninės rentgeno skyriaus gydytojas rezidentas, intensyviai mokėsi anglų kalbos ir rengėsi įgyti JAV valstybinių ligoninių gydytojo cenzą. Po sunkaus darbo įtampos ir nesėkmių, laikant egzaminus, buvo palaužta jo sveikata.

Kaip ateitininkų "Gajos" korporacijos steigėjas ir vienas iš jos vadovų J. Kamarauskas nuo 1949 m. buvo šios korporacijos Garbės narys.

Amžininkų prisiminimuose jis išliko kaip aukštos kultūros, giliai religingas, tolerantiškas ir pedantiškai sąžiningas gydytojas.

Buvo vedęs, žmona Aniceta Lenkauskaitė-Kamarauskienė (1909–?) – lietuvių emigrantų palikuonė, gimusi ir iki ketverių metų augusi Čikagoje, valstybės tarnautoja. Vaikų nesulaukė.

Mirė 1950 m. gruodžio 31 d. Romėje (Rome City, Indianos valstija) – nusižudė gydydamasis Kendalvilio (Kendallville) poilsio namuose. Palaidotas Čikagos Šv. Kazimiero lietuvių kapinėse.

J. Kamarausko kariškoji veikla pristatoma enciklopedinio žinyno "Lietuvos kariuomenės karininkai : 1918–1953" 4-ajame tome (2004 m.).