Mokėsi Kauno vidurinėje mokykloje, 1979 m. baigė Kauno silpnaregių mokyklą. 1979–1985 m. baigė Kauno kunigų seminariją.

1985 m. balandžio 14 d. Kauno arkikatedroje jis buvo įšventintas kunigu.

1987–1988 m. A. Simonaitis buvo Anykščių Šv. Mato parapijos vikaras, talkino klebonui Albertui Talačkai.

1988–2003 m. A. Simonaitis tarnavo Onuškio (Rokiškio r.) Šv. arkangelo Mykolo parapijos administratoriumi, iki 2003 m. kartu buvo ir Juodupės (Rokiškio r.) Švč. Aušros Vartų Dievo Motinos parapijos administratorius.

Pablogėjus sveikatai (regėjimui), nuo 2003 m. birželio 16 d. iki šiol A. Simonaitis reziduoja Troškūnų (Anykščių r.) Švč. Trejybės parapijoje, talkindamas pastoracijoje.

2010 m. Šiluvoje (Raseinių r.) jis paminėjo kunigystės 25-metį.