Tėvai: Antanas Misikonis (? – iki 1919) ir Uršulė Mikalajūnaitė-Misikonienė (1859–?) – žemdirbiai. Augo su broliu Jurgiu Misikoniu (1902–?).

Gyveno ir dirbo tėviškėje.

1919 m. gegužės 15 d. A. Misikonis įstojo savanoriu į Lietuvos kariuomenę ir buvo paskirtas į 1-ąjį pėstininkų pulką, į atsargos batalioną. Netrukus iš ten jis perkeltas į tarnybą 9-ojoje kuopoje, kuriai vadovavo Povilas Dundulis, su ja dalyvavo mūšiuose su bolševikais, bermontininkais ir lenkais.

1919 m. rugpjūčio 25 d. A. Misikonis pasižymėjo mūšyje ties Asavitų kaimu (Zarasų r.), kur būdamas žvalgyboje netikėtai užklupo priešus ir, pasinaudojęs netikėtumu, privertė juos bėgti.

1919 m. gruodį už kautynėse su bolševikais parodytą narsą jis buvo apdovanotas 1-ojo laipsnio Kryžiumi "Už Tėvynę" (Vyties Kryžiumi).

1920 m. kovą už stropumą tarnyboje A. Misikonis buvo pakeltas į jaunesniuosius puskarininkius, nuo 1921 m. sausio buvo vyresnysis puskarininkis, nuo 1922 m. kovo – viršila.

1923 m. lapkričio 7 d. jis baigė karinę tarnybą 1-ajame pėstininkų Didžiojo Lietuvos Kunigaikščio Gedimino pulke, būdamas viršila.

1928 m. A. Misikonis gyveno Ivanuvkos viensėdyje (dabar – Ivanavos k., Širvintų r.). Tuo metu jo prašymas pripažinti jį kūrėju-savanoriu buvo dukart svarstytas ir atmestas, pripažinus, kad jis įstojo į kariuomenę, būdamas šaukiamojo amžiaus.

Tolesnis likimas nežinomas.

Vyties Kryžiaus kavalieriaus A. Misikonio gyvenimas ir žygdarbiai įamžinti Viliaus Kavaliausko enciklopediniame žinyne "Lietuvos karžygiai : Vyties Kryžiaus kavalieriai (1918–1940)" 4-ajame tome (2012 m.).

Didžiakaimio Lietuvos Nepriklausomybės kovų memoriale įrengtoje atminimo lentoje šalia kitų Kurklių valsčiaus Vyties Kryžiaus kavalierių akmenyje iškalta ir A. Misikonio pavardė (2019 m.).