Tėvai: Pranciškus Balčiūnas (1912–2003) iš Purvinų – agronomas bitininkas, visuomenininkas, 1946–1959 m. politinis kalinys ir tremtinys, ir Emilija Šimkūnaitė-Balčiūnienė (1910–1958) iš Puroniškio – žemdirbė ūkininkė, 1948–1957 m. tremtinė. Augo penkių vaikų šeimoje. Seserys ir brolis: Fausta Balčiūnaitė-Papievienė (g. 1935 m.) – 1948–1958 m. tremtinė medikė, Laimutė Eugenija Balčiūnaitė-Zubienė (g. 1938 m.) – 1948–1957 m. tremtinė, ekonomistė finansininkė, Vanda Balčiūnaitė-Gervytė-Jakubauskienė (1943–2010) – inžinierė konstruktorė, sportininkė irkluotoja, ir Juozas Balčiūnas (1944–2005) – 1948–1959 m. tremtinys, inžinierius konstruktorius, visuomenininkas.

Tėvą 1946 m. įkalinus, augo su motina. 1947–1948 m. lankė Piktagalio (Anykščių r.) pradinę mokyklą, kur baigė pirmąją klasę. Motiną, seseris ir brolį 1948 m. gegužės 22 d. ištrėmus į Sibirą, liko augti pas tetą (tėvo seserį) Kamilę Astrauskienė Mediniškiuose (Anykščių r.), kur buvo apgyvendinta, motinai nujaučiant tremties grėsmę.

1948 m. laikinai apsistojusi pas tetą (motinos seserį) Karoliną Gervienę, kur augo jos sesuo Vanda, 1948 m. rudenį pradėjo lankyti antrąją klasę Šimonių pradinėje mokykloje, bet netrukus likusi be pastogės, buvo priglausta kitų giminaičių ir tęsė mokslą Mikierių (Anykščių r.) pradinėje mokykloje, kol 1949 m. pavasarį vėl buvo perkraustyta į Mediniškius ir antrąją klasę baigė Gurskų (Anykščių r.) pradinėje mokykloje, o 1951 m. ten baigė ir 4 klases. 1951–1955 m. mokėsi Troškūnų (Anykščių r.) vidurinėje mokykloje.

1955 m. E. Balčiūnaitė išvyko į Sibirą pas tėvus ir 1955–1957 m. gyveno Kedrovyj Loge (Manos r., Krasnojarsko kraštas, Rusija), 1957–1958 m. – Pimijoje (Manos r.). 1955–1956 m. ji mokėsi Orešnojės vidurinėje mokykloje, 1956–1958 m. dirbo įvairius darbus miško pramonėje, buvo kilnojamos elektros stoties prižiūrėtoja, kad išlaikytų šeimą.

1958 m. rugpjūtį ji grįžo į Lietuvą, 1958–1962 m. mokėsi Vilniaus lengvosios pramonės technikume, įgijo apskaitos darbuotojos specialybę.

1962–1973 m. E. Balčiūnaitė dirbo siuvimo fabrike "Aušra". Dirbdama ji studijavo Kauno politechnikos instituto Vilniaus filialo Prietaisų gamybos fakulteto vakariniame skyriuje, po trijų kursų perėjo į to paties instituto Ekonomikos fakultetą ir 1970 m. jau Vilniaus inžineriniame statybos institute įgijo inžinierės-ekonomistės išsilavinimą.

1973–1980 m. ji dirbo siuvimo įmonių susivienijimo "Lelija" planavimo ir ekonomikos skyriaus viršininke, 1980–1999 m. buvo fabriko "Sparta" planavimo ir gamybos skyriaus viršininkė, marketingo skyriaus viršininkė. Ji organizavo lietuviškos lengvosios pramonės įmonių produkcijos pristatymą ir realizavimą Rusijos ir kitų buvusių sovietinių respublikų rinkoje.

Lietuvos Atgimimo metais ji dalyvavo Sąjūdžio veikloje. Nuo jaunystės E. Balčiūnaitė buvo choristė, dainavo moterų chore "Aidas", nuo 1970 m. – Vilniaus statybininkų kultūros rūmų moterų chore "Eglė", su juo gastroliavo Lietuvoje, Sovietų Sąjungoje ir Vakarų Europoje.

E. Balčiūnaitė sudarė ir išleido albumą "Pranciškus Balčiūnas ir jo šeima : prisiminimus rašo Pranciškaus Balčiūno šeimos nariai" (2012 m.).

Laisvalaikiu mėgsta keliauti, aplankė dešimtis šalių visuose žemynuose, kuria eiles ir dainas.