Tėvai: Adomas Šapalas ir Karolina Šeždavičiūtė-Šapalienė – valstiečiai žemdirbiai.

1870 m. lapkričio 15 d. Liolių bažnyčioje jį pakrikštijo vikaras Sleževičius, krikštatėviais buvo valstiečiai Juozapas Šeždavičius ir Teklė Braziūtė.

Baigė Kauno Žemaičių kunigų seminariją.

1896 m. J. Šapalas buvo įšventintas kunigu.

1896–1901 m. jis tarnavo vikaru Vyžuonose (Utenos r.), Žeimiuose (Jonavos r.), Laukuvoje (Šilalės r.).

Atvykęs 1901 m. spalį, 1901–1904 m. J. Šapalas buvo vikaras Svėdasuose (Anykščių r.), talkino klebonui Antanui Lenkevičiui, kol 1904 m. rugpjūtį buvo iškeltas. Nuo 1904 m. jis tarnavo vikaru Smilgiuose (Panevėžio r.),  paskui iki 1908 m. – Vainute (Šilutės r.).

1908–1909 m. jis buvo Kurklių (Anykščių r.) parapijos vikaras, talkino klebonui Juozapui Remeikiui.

1909–1913 m. J. Šapalas buvo Palonų (Radviliškio r.) Dievo Apvaizdos bažnyčios kuratas, kunigas filialistas, 1913–1918 m. – Salamiečio (Kupiškio r.) Šv. Antano Paduviečio bažnyčios kuratas, kunigas filialistas.

1918 m. pavasarį J. Šapalas buvo skiriamas Andrioniškio (Anykščių r.) bažnyčios kuratu ir turėjo pasikeisti su Juozapu Kirna, bet po mėnesio sulaukė naujo paskyrimo ir Andrioniškyje įsikurti nespėjo.

1918–1931 m., iki gyvenimo pabaigos, J. Šapalas buvo Šaukoto (Radviliškio r.) Švč. Trejybės parapijos klebonas – pirmasis tokias pareigas ėjęs dvasininkas apie 1922 m. įsteigtoje Šaukoto parapijoje.

Mirė 1931 m. gegužės 9 d. Kaune ligoninėje. Palaidotas Šaukoto šventoriaus kapinėse. Kapavietę degia juodo šlifuoto akmens plokštė su iškaltu kryžiumi, kapą ženklina iškilus pilko šlifuoto akmens paminklas-kryžius su portretine nuotrauka, jo fasadinėse plokštumose iškalti įrašai: "A. + A. / Kunigas / Šapalas / Juozapas / Mirė 9 gegužės 1931 m. / 60 metų amž." ir "Prašome sukalbėti / Sveika Marija.". Postamento dešiniojo šono plokštumoje iškaltas įrašas: "Steigėja Sragytė B.".