Tėvai: Pranas Bernatonis (1889–?) ir Domicelė Bernatonienė (1896–?) – žemdirbiai ūkininkai, 1948–1957 m. tremtiniai Krasnojarsko krašte (Sibiras, Rusija). Brolis Pranas Bernatonis (g. 1925 m.) – žemdirbys, 1948–1957 m. tremtinys Krasnojarsko krašte.

Baigė Prunciškių pradžios mokyklą, 1946 m. – Kupiškio gimnaziją. 1946–1949 m. studijavo Vilniaus universiteto Istorijos-filologijos fakultete graikų filologiją.

1948 m. ištrėmus artimuosius, V. Bernatonis slapstėsi nuo tremties Vilniuje, kol 1949 m. kovo 25 d. trečiajame studijų kurse jis buvo suimtas ir ištremtas į Manos rajoną Krasnojarsko krašte (Sibiras, Rusija), kur 1949–1957 m. gyveno tremtyje.

1957 m. vasarą grįžęs į Lietuvą, V. Bernatonis Vilniaus universitete neberado  klasikinių kalbų filologijos kurso, todėl 1957–1961 m. tęsė germanų kalbų studijas ir įgijo vokiečių filologijos išsilavinimą. Dėl tremties jis negavo teisės likti ir dirbti universitete, turėjo rinkti pedagoginį darbą kaimo vietovėje.

Nuo 1961 m. iki gyvenimo pabaigos V. Bernatonis gyveno ir dirbo Kulautuvoje (Kauno r.). 1961–1972 m. jis buvo Kulautuvos vidurinės mokyklos vokiečių kalbos mokytojas, Kęstučio Rainio ir kitų 1972-ųjų laidos abiturientų klasės auklėtojas. 1972–1988 m. jis dirbo Kauno politechnikos instituto Užsienio kalbų katedroje dėstytoju valandininku, dėstydamas vokiečių kalbą.

Laisvu nuo pedagoginio darbo laiku V. Bernatonis buvo privatus statybininkas, Kulautuvoje garsėjo kaip nagingas meistras.

1988–1990 m. jis dalyvavo Lietuvos Atgimimo veikloje, buvo Sąjūdžio renginių dalyvis. 1990–1995 m. V. Bernatonis buvo išrinktas Kauno rajono tarybos deputatu.

Nuo 1986 m. V. Bernatonis pradėjo tapyti paveikslus, daugiausia kūrė peizažus, eksponavo juos Kauno rajono tautodailininkų parodose. Kartu su mokytoju Vladu Dambausku jis išdrožė kryžių Kulautuvos miško parkui, su buvusiu savo mokiniu Edvardu Pranaičiu medžio drožiniais papuošė Kulautuvos pėsčiųjų sveikatingumo taką.

V. Bernatonis rašė publicistinius tekstus periodikoje, prisiminimus.

Laisvalaikiu mėgdavo meistrauti, mokėjo 7 kalbas.

Buvo vedęs tremtyje, išsiskyrė. Augino du vaikus. Sūnus Leonardas Bernatonis (1954–2016) – gydytojas chirurgas, vadovas.

Vėl susituokė. Užaugino dukterį ir du sūnus.

Mirė 2000 m spalio 15 d. Kulautuvoje (Kauno r.). Palaidotas Kulautuvos kapinėse. Kapą ženklina ąžuolinis paminklas.

Po jo mirties buvo sudaryta ir išleista V. Bernatonio knyga "Iš prisiminimų" (2001 m.).

V. Bernatonio kūryba ir veikla pristatyta enciklopediniame žinyne "Knyga, spauda ir kultūra Kauno rajone" (2005 m.).