Mokėsi Telšių vyskupijos licėjuje, Telšių kunigų seminarijoje. 2004–2007 m. baigė Erfurto (Vokietija) universiteto Teologijos fakultetą teologijos magistro laipsniu.

2007 m. liepos 14 d. Panevėžio Kristaus Karaliaus katedroje Panevėžio vyskupas Jonas Kauneckas įšventino M. Šakinį kunigu. Kartu buvo įšventintas Justas Jasėnas ir kiti kunigai. Pirmąsias Šv. Mišias 2007 m. liepos 15 d. jis aukojo gimtosios parapijos Palangos bažnyčioje.

2007–2010 m. M. Šakinis tarnavo Biržų Šv. Jono Krikštytojo parapijoje vikaru, pasižymėjo kaip komunikabilus ir intelektualus dvasininkas.

Perkeltas 2010 m. rugpjūtį, 2010–2012 m. jis buvo Panevėžio Kristaus Karaliaus katedros vikaras. Jis buvo katalikiškos mokyklos kapelionas, organizavo jaunimo piligriminius žygius ir pats juose dalyvaudavo.

Paskirtas 2012 m. rugpjūtį, 2012–2014 m. M. Šakinis tarnavo Utenos Kristaus Žengimo į dangų parapijoje vikaru.

Perkeltas 2014 m. birželio 25 d., 2014–2017 m. jis buvo Rokiškio Šv. apaštalo evangelisto Mato parapijos vikaras.

Paskirtas 2017 m. liepos 4 d., 2017–2019 m. M. Šakinis tarnavo Anykščių Šv. apaštalo evangelisto Mato parapijos vikaru, talkino klebonui Petrui Baniuliui.

2019 m. liepą jis paskirtas Andrioniškio (Anykščių r.) Šv. apaštalų Petro ir Povilo parapijos klebonu ir Viešintų (Anykščių r.) Šv. arkangelo Mykolo bei Inkūnų (Anykščių r.) Švč. Aušros Vartų Dievo Motinos parapijų administratoriumi. Nuo 2022 m. jis taip pat administruoja ir Šimonių (Kupiškio r.) Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų parapiją.

Jis yra Panevėžio vyskupijos kunigų tarybos narys, konsultorius.

M. Šakinis yra ateitininkas.

Jis apdovanotas Utenos apskrities vyriausiojo policijos komisariato "Gėrio sergėtojo" statulėle už narsų poelgį dėl visuomenės saugumo – išgelbėtą skęstančią moterį (2019 m.).

Laisvalaikiu važinėja motociklu.