Tėvai: Antanas Rudokas (1901–1983) – pedagogas, visuomenininkas šaulys, sodininkas, ir Ona Karvelytė-Rudokienė (1907–1993) – pedagogė, visuomenininkė. Augo keturių vaikų šeimoje, sesuo Birutė Rudokaitė (1939–1944) – mirė vaikystėje, broliai Mindaugas Rudokas (g. 1945 m.) – miškininkas, visuomenininkas, ir Rimgaudas Rudokas (1950–1994) – inžinierius technologas. Giminaitis (motinos pusbrolis) Jonas Karvelis (1901–1988) – verslininkas.

Tėvams persikėlus, 1941–1944 m. augo Vaikutėnuose (Utenos r.), vėliau – Utenoje. 1942–1944 m. mokėsi Vaikutėnų pradžios mokykloje, 1944–1946 m. baigė Utenos 1-ąją pradinę mokyklą, 1946–1949 m. toliau mokėsi Utenos gimnazijoje, 1949–1954 m. baigė Utenos vidurinę mokyklą sidabro medaliu. 1954–1959 m. studijavo Kauno politechnikos instituto Mechanikos fakultete, įgijo inžinieriaus išsilavinimą ir mašinų gamybos technologo kvalifikaciją.

1959–1962 m. J. Rudokas dirbo Šiaulių precizinių staklių gamykloje technologu, kartu dėstydamas ir Šiaulių politechnikume.

Nuo 1962 m. iki šiol jis gyvena ir dirba Vilniuje.

1962–1970 m. jis dirbo Vilniaus šlifavimo staklių gamykloje, 1962–1963 m. buvo technologas, 1963–1966 m. – Techninės kontrolės skyriaus viršininkas, 1966–1970 m. – Mechanizacijos-automatizacijos projektavimo-konstravimo biuro vyresnysis konstruktorius.

1970–1999 m. J. Rudokas buvo Vilniaus skaičiavimo mašinų gamyklos, po privatizavimo – akcinės bendrovės "Sigma" inžinierius, Mechaninio biuro viršininkas, paskui Technologinio biuro viršininkas, kol išėjo į pensiją. Dirbdamas jis įsitraukė į mokslinę veiklą, kryptingai domėjosi gamybos organizavimo teorija, savarankiškai studijuodamas Lietuvoje tuo metu neprieinamus šaltinius.

1984 m. Ekonomikos institute J. Rudokas parengė ir apsigynė kandidatinę disertaciją "Gamybos valdymo organizavimo tobulinimas brigadinio darbo organizavimo sąlygomis", 1993 m. nostrifikuotas socialinių mokslų, ekonomikos daktaras.

J. Rudokas parašė ir išleido knygas:

1974 m. – "Naujos techninio gamybos paruošimo organizavimo kryptys mašinų gamyboje : analitinė apžvalga".

1979 m. – "Gamybos paruošimas pramonės įmonėje".

1983 m. – "Naujo vadovo problemos ir kasdienybė".

1998 m. – "Gimė Čikagoje, dirbo Lietuvai, žuvo Sibire... : Vytautas Andrius Graičiūnas, 1898–1952" (memuarinio rinkinio sudarytojas).

2001 m. – "Prarastieji Lietuvos talentai" (biografinis rinkinys, garso įrašas – 2002 m.).

2002 m. – "Istorija, kuria galime didžiuotis. Lietuvos liaudies ūkio taryba 1957–1965 m.".

2005 m. – "Akademikas Juras Požela : gyvenimas, atiduotas mokslui" (biografinis rinkinys).

2007 m. – "Mes – kilmingi žmonės : protėvių pėdsakų ieškojimas" (memuarinė publicistika).

2010 m. – "Mūsų mokytojas Juozas Žiurlys" (biografinio rinkinio sudarytojas ir bendraautoris).

2011 m. – "Lietuvos istorijos legenda : akademikas Juozas Jurginis".

2014 m. – "Tas kelias į Vilnių... : kovų dėl mūsų sostinės metraštis" (istorinė publicistika).

Jis taip pat yra vienas iš biografinio-publicistinio leidinio "Sniečkaus fenomenas : prisiminimai ir pamąstymai" (2003 m.) bendraautorių.

Nuo 2002 m. iki šiol J. Rudokas yra nuolatinis žurnalo "Veidas" bendradarbis, rašantis jame Lietuvos istorijos temomis. Istorinės publicistikos straipsnius jis publikavo "Mokslo ir gyvenimo", "Naujosios Romuvos", "Gairių" žurnaluose, laikraštyje "Voruta" ir kituose periodiniuose leidiniuose.

J. Rudokas buvo apdovanotas Švietimo ir mokslo ministerijos premija (2009 m.).

Vedė 1974 m., žmona Danguolė Eismontaitė-Rudokienė (g. 1944 m.) iš Akmenių (Kelmės r.) – gydytoja odontologė. Vaikai: Kęstutis Rudokas (g. 1975 m.) – biologas ir Vidas Rudokas (g. 1977 m.) – teisininkas.