Tėvai: Motiejus Janukėnas (1865–1918) ir Pranciška Rudokaitė-Janukėnienė (1873–1959) – valstiečiai žemdirbiai. Broliai ir sesuo: Karolis Janukėnas (1895 – iki 1918) – mirė vaikystėje, Boleslovas Janukėnas (1896 – po 1959), Mykolas Janukėnas (1898 – po 1959), Jonas Janukėnas (1903–1907) – mirė vaikystėje, Ona Janukėnaitė-Lapienienė (1905 – po 1959), Juozapas Janukėnas (1908 – po 1959), Julijonas Janukėnas (1911–1981) ir Jonas Janukėnas (1913 – po 1959).

1901 m. balandžio 2 d. Anykščių bažnyčioje jį pakrikštijo vikaras Kazimieras Grinkevičius.

Baigė du kursus mokytojų seminarijoje.

1921–1922 m. A. Janukėnas dirbo Žvirblėnų (Anykščių r.) pradžios mokykloje mokytoju su trim skyriais.

Paskirtas 1922 m. sausio 15 d., jis kelis mėnesius buvo Rūtėnų (Molėtų r.) pradžios mokyklos vedėjas.

1922–1929 m. A. Janukėnas dirbo Balninkų (Molėtų r.) pradžios mokykloje mokytoju. 1927 m. spalį išlaikęs egzaminus, jis įgijo pradžios mokyklų mokytojo cenzą, nuo 1928 m. pradžios buvo VII kategorijos valstybės tarnautojas. Dirbdamas jis vasaromis baigė lietuvių kalbos, pedagoginių darbų, karinio rengimo, muzikavimo ir kūno kultūros kursus.

Perkeltas 1929 m. spalio 1 d., 1929–1930 m. A. Janukėnas dirbo Vaišviliškių (Anykščių r.) pradžios mokyklos vedėju, po mokyklos pertvarkymo 1930–1937 m. buvo Zaviesiškio (Anykščių r.) pradžios mokyklos vedėjas. Nuo 1930 m. išaugusi iki dviejų komplektų, ši mokykla tuo metu veikė nuomojamose patalpose Dvarelių kaime, 1931–1939 m. ji buvo perkelta į Zaviesiškio kaimą, paskui vėl grąžinta į Dvarelius.

Nepriklausomoje Lietuvoje A. Janukėnas buvo šaulys, Lietuvos šaulių sąjungos Kavarsko būrio valdybos narys. 1933 m. liepą–rugpjūtį jis dalyvavo "Sporūtos" (Kūno kultūros rūmų sporto talkos) stovykloje Juodkrantėje, ten įgijo "Sporūtos" instruktoriaus vardą ir teises.

Perkeltas 1937 m. vasarą, nuo 1937 m. kiek laiko A. Janukėnas dirbo Užugirio Prezidento Antano Smetonos pradžios mokyklos vedėju.

Antrojo pasaulinio karo metais apie 1942 m. jis minimas kaip Surdegio (Anykščių r.) pradinės mokyklos mokytojas.

Paskirtas iki 1947 m., A. Janukėnas keliolika metų dirbo Niūronių pradžios mokyklos mokytoju ir vedėju, kol 1961 m. vasarą pasitraukė iš pedagoginės veiklos ir išėjo į pensiją.

1955 m. jis buvo apdovanotas kažkokiu valstybiniu apdovanojimu.

Laisvalaikiu fotografuodavo, grodavo smuiku, domėjosi daržininkyste.

Šeimos nesukūrė.

Mirė 1975 m. Niūronyse (Anykščių r.). Palaidotas Anykščių senosiose kapinėse Rudokų giminės kape. Kapą ženklina dviejų šlifuoto akmens dekoruotų stelų kompozicija, dešiniojoje iškaltas įrašas: "Antanas / Janukėnas / 1901–1975 / Kęstutis / Rudokas / 1972–2000", kairiojoje – "Rudokai / Algirdas 1937–1993 / Jolita 1979–1996 / Nijolė 1938–1996".