Tėvas Jonas Blažaitis.

1919 m. kovo 18 d. J. Blažaitis įstojo savanoriu į kuriamą Lietuvos kariuomenę ir tarnavo iki 1920 m. balandžio 17 d., kol buvo paleistas kaip vienerius metus ištarnavęs savanoris ir grįžo į gimtinę.

1923–1925 m. J. Blažaitis Veiveriuose (Prienų r.) baigė dvejų metų mokytojų kursus, įgijo pradinių klasių mokytojo specialybę.

Paskirtas 1925 m. spalio 1 d., 1925–1926 m. jis dirbo Motiejūnų (Viesos, Širvintų r.) pradžios mokykloje mokytoju, buvo šios mokyklos vedėjas.

1927 m. sausio 1 d. perkeltas į steigiamą naują mokyklą, 1927–1940 m. jis buvo Keižionių (Širvintų r.) pradžios mokyklos mokytojas ir šios mokyklos vedėjas. Jam vadovaujant mokyklai, nuo jos įsteigimo buvo rašoma mokyklos kronika, nuo 1928 m. buvo įsteigta darbo klasė, vaikai mokomi įvairių amatų ir kūrybos, renkamos augalų kolekcijos. Mokykloje buvo plėtojama kultūrinė veikla, organizuojami švenčių minėjimai ir vaidinimai, pats mokyklos vedėjas organizavo parodas.

Gyvendamas Keižionių dvare, kur buvo įrengta mokykla, 1929 m. pradžioje jis kreipėsi su prašymu pripažinti jį savanoriu, šis prašymas netrukus buvo patenkintas. 1929 m. birželio 26 d. jam buvo išduotas Savanorio-kūrėjo liudijimas Nr. 2997.

J. Blažaitis dalyvavo Lietuvos kariuomenės kūrėjų savanorių sąjungos veikloje, buvo šios sąjungos Ukmergės skyriaus narys. 1938 m. jis minimas ir kaip Gelvonų (Širvintų r.) skulkaus kredito draugijos valdybos narys.

Persikėlęs nuo 1940 m. rugsėjo 1 d., 1940–1944 m. J. Blažaitis dirbo Kavarsko (Anykščių r.) pradinėje mokyklos vedėju, 1944 m. spalį–gruodį buvo Kavarsko progimnazijos mokytojas, kol 1944 m. gruodžio 5 d. buvo atleistas iš darbo kaip dingęs.

Pokario metais jis gyveno ir dirbo Gruzdžiuose (Šiaulių r.).

Nepriklausomoje Lietuvoje J. Blažaitis buvo apdovanotas Lietuvos nepriklausomybės medaliu (1928 m.) ir Kariuomenės kūrėjo-savanorio medaliu (1929 m.).

Vedė 1930 m. birželio 22 d., žmona Liuda Milvydaitė-Blažaitienė (1904–1935) – pedagogė pradinių klasių mokytoja. Liko našlys. Augino dukterį.

Vėl vedė, žmona Bronė Blažaitienė – pedagogė.

Mirė (?)