Tėvai: Konstantinas Vaidakavičius ir Michalina Motiejūnaitė-Vaidakavičienė.

1905 m. rugpjūčio 12 d. Kurklių bažnyčioje jį pakrikštijo vikaras Petras Šimanauskas, krikštatėviais buvo Jonas Repečka ir Julijona Kuktienė, Adomo Kuktos žmona.

1925 m. baigė Anykščių vidurinę mokyklą 3-ojoje jos abiturientų laidoje. 1925–1927 m. baigė dvimečius mokytojų kursus Ukmergėje, įgijo pradžios mokyklos mokytojo specialybę.

1927 m. lapkričio 6 d. P. Vaidakavičius buvo pašauktas atlikti karo tarnybos į Lietuvos kariuomenę ir paskirtas į 5-ąjį pėstininkų pulką. 1928 m. sausio 5 d. jis buvo pasiūstas į Karo mokyklą Kaune ir ją baigė 1929 m. vasario 19 d. III aspirantų laidoje. Gavęs pėstininkų atsargos leitenanto karinį laipsnį, jis buvo paleistas į pėstininkų karininkų atsargą. Pakeitus karinius laipsnius, nuo 1931 m. jis buvo atsargos jaunesnysis leitenantas, nuo 1940 m. – atsargos leitenantas. Du kartus jis buvo šaukiamas į karines pratybas.

1928–1931 m. P. Vaidakavičius dirbo Lebedžių (Rokiškio r.) pradžios mokykloje mokytoju. 1931–1940 m. jis buvo Kazliškio (Rokiškio r.) pradžios mokyklos mokytojas, ėjo šios mokyklos vedėjo pareigas.

Nepriklausomoje Lietuvoje jis buvo šaulys, Lietuvos šaulių sąjungos Kazliškio šaulių būrio, vėliau šaulių kuopos vadas.

Jis buvo apdovanotas Šaulių žvaigždės ordinu (1937 m.) ir Lietuvos nepriklausomybės medaliu (1928 m.).

Vedė 1932 m. gegužės 4 d., žmona Apolonija Marcinkevičiūtė-Vaidakavičienė (1908–1984) – pedagogė pradžios mokyklos mokytoja, tremtinė. Liko našlys. Vaikai: Rimgaudas Vaidakavičius (1933–?) ir Danguolis Vaidakavičius (1938–?) – tremtinys, miręs tremtyje.

1941 m. birželį P. Vaidakavičiaus šeima patyrė sovietines represijas – jo žmona su vaikais buvo ištremta į Novosiolovo rajoną (Krasnojarsko kr., Rusija), vėliau perkelta į Irkutsko sritį, kur tremties sąlygomis gyveno iki 1958 m. pavasario. Išleista į laisvę, jo žmona su sūnumi grįžo į Lietuvą tik 1965 m.

P. Vaidakavičius buvo suimtas 1952 m. ir keletą metų kalintas lageryje Komijoje (Rusija).

Mirė apie 2008 m. Panevėžyje. Palaidotas Panevėžio Šilaičių kapinėse (4 kvartalas, 16 eilė, 8 kapavietė). Kapą ženklina pilkai rausvo akmens paminklinė stela su iškaltu įrašu: "Vaidakavičienė Apolonija / Vaidakavičius Petras".

P. Vaidakavičiaus kariškoji veikla pristatoma enciklopedinio žinyno "Lietuvos kariuomenės karininkai 1918–1953" 8-ajame tome (2008 m.).