Gimimo data nustatyta pagal Debeikių parapijos krikšto metrikų įrašą, kitur minima 1886 m. birželio 15 d., pagal JAV imigracijos tarnybos duomenis – 1877 m. birželio 15 d.

Tėvai: Feliksas Banys (1847–1925) ir Barbora Gogelytė-Banienė (1859 – po 1925) iš Peliuškų – žemdirbiai valstiečiai.  Broliai ir seserys: Juozapas Banys (1880–?), Mykolas Banys (1883–?), Karolina Banytė-Sprindienė (1888–?), Vincentas Banys (1892–1898) – mirė vaikystėje, Antanas Banys (1894–1974) – dainininkas solistas (baritonas) ir Veronika Banytė (1898–1898) – mirė kūdikystėje. Pusbrolis (motinos brolio Vincento sūnus) Vincas Gogelis (1901–1949) – kariškis kapitonas, politinis kalinys.

1886 m. birželio 22 d. Debeikių bažnyčioje jį pakrikštijo klebonas Aleksandras Radavičius, krikštatėviais buvo valstiečiai Karolis Banys ir Benedikta Gogelytė.

Augo muzikalioje šeimoje, vyriausiasis brolis Juozapas grojo citra.

Baigęs rusų pradžios mokyklą, savarankiškai išėjo gimnazijos kursą. Jaunystėje pasigamino smuiką ir pats išmoko juo griežti. Vienerius metus pas vargonininką J. Daugulį mokėsi vargonuoti, o vėliau studijavo vargonavimą pas Juozą Naujalį Kaune.

Nuo 1907 m. J. Banys dirbo vargonininku Utenoje, kur suorganizavo apie 100 dalyvių bažnytinį pasaulietinį mišrųjį chorą ir iki 1913 m. jam vadovavo. Jis surengė nemažai koncertų, populiarino lietuvių kompozitorių giesmes ir dainas, bendravo su Juozu Gruodžiu.

1914 m. J. Banys persikėlė gyventi į JAV ir ten praleido visą likusį gyvenimą, buvo žinomas kaip John Joseph Banys.

Jis dirbo vargonininku Patersono (Paterson, Naujojo Džersio valstija) Šv. Kazimiero parapijoje ir vadovavo parapijos chorui. Vėliau šis choras tapo Vyčių choru, o apie 1931 m. buvo pertvarkytas į Šv. Cecilijos draugijos chorą. J. Banys su šiuo choru surengė nemažai koncertų, pastatė septynias operetes.

Vėliau jis vargonininkavo ir vadovavo chorams Niujorko Švč. Marijos Apreiškimo parapijoje Brukline, Šv. Kazimiero parapijoje Providense (Providence, Rod Ailando valstija), Filadelfijoje (Philadelphia, Pensilvanijos valstija), Montelyje (Montello, Nevados valstija) ir kitur.

J. Banys mokėsi dainuoti Niujorke ir Filadelfijos konservatorijoje, dar tobulinosi Bostone (Masačusetso valstija).

Apie 15 metų jis dėstė muziką ir dainavimą Marianapolio koledže Tompsone (Thompson, Konektikuto valstija), vadovavo chorui ir orkestrui. J. Banys dirigavo jungtiniam chorui 1939 m. liepos 4 d. Tompsone, Marianapolio koledže, Lietuvių dienoje vykusiame vargonininkų parengtų chorų koncerte.

J. Banys mokėsi pas Juozą Žilevičių harmonijos ir kompozicijos. Jis sukūrė preliudų vargonams, dainų chorams ir solistams. Kai kurios dainos skelbtos žurnalo "Muzikos žinios" priede ir "Spindulių" priede ("Motušė mane barė", "Skaistūs Dievo angelai" ir kitos).

J. Banys buvo aktyvus Amerikos lietuvių Vargonininkų sąjungos narys.

Mirė 1970 m. kovo 30 d. Putname (Konektikuto valstija, JAV).

J. Banio biografija publikuojama Boleslovo Zubricko enciklopediniame žinyne "Pasaulio lietuvių chorvedžiai" (1999 m.).