Mokėsi Vyžuonose (Utenos r.) ir Utenoje. 1929 m. nuo sausio 10 d. iki gruodžio 20 d. lankė lakūnų puskarininkių kursus ir juos sėkmingai baigė, įgijo karo lakūno, piloto kvalifikaciją.

1929–1936 m. M. Garunkštis tarnavo Lietuvos karo aviacijos 4-ojoje oro eskadrilėje, iki 1931 m. dislokuotoje Kaune, nuo 1931 m. – Zokniuose (Šiaulių r.), buvo pilotas, viršila.

1936 m. gegužės 24 d. aviacijos šventėje jis skraidė lėktuvu ANBO-IV, pilotuodamas lėktuvą be oro žvalgo, demonstravo 4 eskadrilių skridimą rikiuotėje, eskadrilės karuselę ir kitus labai atsakingus, retus to meto sąlygomis oro pratimus.

Gabus ir pareigingas pilotas M. Garunkštis 1936–1940 m. dirbo Karo aviacijos mokyklos instruktoriumi.

Tarnaudamas Lietuvos karo aviacijoje, jis iš viso skraidė 1374 val. Jis buvo apdovanotas Garbės ženklu "Plieno sparnai" (1936 m.).

Pirmosios sovietinės okupacijos laikotarpiu 1940 m. spalio 12 d. jis buvo paskirtas į Raudonosios armijos 29-ojo šaulių teritorinio korpuso atskirąją eskadrilę jaunesniuoju lakūnu, buvo viršila. Tą patį spalio mėnesį likviduojant Lietuvos karo aviaciją, jis buvo išleistas į atsargą.

1942 m. M. Garunkštis tarnavo savisaugos daliniuose, vadovavo būriui.

Žuvo apie 1942 m. Rytų fronte prie Ilmenio ežero (Novgorodo sritis, Rusija).