Tėvai: Antanas Matulis (1908–?) – muzikantas, amatininkas armonikų meistras, ir Julija Matulienė (1917–?) – žemdirbė, 1948–1958 m. tremtinė Irkutsko srityje (Rusija). Broliai: Algimantas Matulis (g. 1942 m.) ir Juozas Matulis (g. 1945 m.) – 1948–1958 m. tremtiniai Irkutsko srityje.

Motiną ir brolius ištrėmus, nuo 1948 m. tėvo buvo slapstomas pas svetimus žmones. 1953 m. kartu su tėvu išvyko pas ištremtą šeimą, augo ir mokėsi tremtyje, kol 1958 m. grįžo į Lietuvą.

Po karinės tarnybos sovietinėje kariuomenėje 1972 m. baigė Panevėžio dailės mokyklą. Ruošėsi studijuoti dailės istoriją, bet kaip tremtinių vaikas negavo teisės siekti aukštojo mokslo. 

1972–1986 m. J. Matulis dirbo dailininku apipavidalintoju Panevėžio teritoriniame statybos treste, Raguvos (Panevėžio r.) "Minijos" suvenyrų įmonėje ir kitur.

Nuo 1972 m. J. Matulis kuria medžio skulptūras. Jis išdrožė ir pastatė per 60 kūrinių įvairiose Lietuvos vietose. Jo skulptūrų yra Daukniūnuose, Paįstryje, Tiltagaliuose, Stumbriškyje, Rabikiuose, Žaliojoje girioje ir kitose Panevėžio rajono vietovėse, daug jų pastatyta ant kapų ir privačiose sodybose.

Nuo 1986 m. J. Matulis gyvena ir kuria Stumbriškyje (Panevėžio r.), Žaliojoje girioje ant Pyvesos upės kranto. Savo sodyboje jis plečia medžio drožinių muziejinę ekspoziciją, siekdamas atgaivinti Lietuvos dievdirbių tradiciją.

J. Matulis yra Lietuvos tautodailės sąjungos narys, tačiau parodose nedalyvauja, kuria ąžuolines smedžio skulptūras pagal individualius užsakymus. 

Svarbiausi J. Matulio monumentalūs medžio drožiniai:

1989 m. – koplytstulpis inžinieriaus ir kariškio Alfonso Jurskio (1894–1966), pirmosios lietuviškos radijo stoties kūrėjo, tėviškėje Akmenytės viensėdyje (Panevėžio r.).

1990 m. – atkurtasis Stumbriškio kaimo (Panevėžio r.) kryžius.

1993 m. – stogastulpis 1863 m. sukilėlių Eliziejaus Liutkevičiaus būrio atminimui Stumbriškio kaime (Panevėžio r.) (5 metrų aukščio medžio skulptūra – vyro su dalgiu ir grandine figūra).

2000 m. – angelo skulptūra Karsakiškio (Panevėžio r.) bažnyčios šventoriuje, Rūpintojėlis Gelažių (Panevėžio r.) bažnyčios šventoriuje.

2005 m. – dekoratyvinis stulpas su drožtais politikų šaržais viešbutyje "Le Meridien Villon" (Vilniaus r.).

2007 m. – memorialas Medinių kaimo (Pasvalio r.) žmonėms (ąžuolinė skulptūra – valstietis, iškėlęs javų varpą).

2011 m. – kryžius Jono ir Elžbietos Viščių sodybvietėje Linonyse (Panevėžio r.).

J. Matulio gyvenimas ir veikla pristatoma biobibliografiniame žodyne "Anykščių tautodailininkai" (2024 m.).

Laisvalaikiu tapo paveikslus.

Buvo vedęs, turi dukterį Irmą.