Tėvas Juozas Žilys. Broliai: Aloyzas Žilys-Žirnis (1920 ar 1924 – 1949) – laisvės gynėjas, Algimanto apygardos partizanas, žuvęs kovoje 1949 m. lapkričio 1 d., Rapolas Žilys.

Pokario metais A. Žilys išėjo partizanauti, buvo Žalgirio būrio partizanas.

1948 m. vasarą žuvus būrio vadui Povilui Baronui-Briedžiui, nuo 1948 m. rugpjūčio iki gyvenimo pabaigos jis buvo Vytauto apygardos Liūto rinktinės, vėliau – Algimanto apygardos Šarūno rinktinės Plechavičiaus kuopos Žalgirio būrio vadas.

Žuvo 1949 m. lapkričio 2 d. bunkeryje Šimonių girioje netoli Sliepšiškio kaimo – buvo nukautas per MGB vidaus kariuomenės surengtą apsuptį kartu su dar 4 partizanais. Palaikai buvo užkasti žuvimo vietoje, 1989 m. perlaidoti Sliepšiškio kaimo (Anykščių r.) kapinėse.

Jo ir kitų partizanų žūties vietoje pastatytas tipinis atminimo ženklas – trisienis kryžius (autoriai – skulptorius Jonas Jagėla ir dizaineris Romas Navickas, 1999 m.) su iškaltomis žuvusiųjų pavardėmis ir tekstu: "Šioje vietoje / buvusiame Kęstučio / bunkeryje 1949 11 02 / žuvo 5 partizanai". Laikino jo ir kitų žuvusiųjų palaidojimo vietą šalia sunaikinto bunkerio ženklina medinis kryžius.

A. Žiliui suteiktas kario savanorio statusas (po mirties, 2011 m.).