Tėvai: Juozas Bulotas (1890–1953) ir Rozalija Matulevičiūtė-Bulotienė (1893–1988) iš Kalvelių – žemdirbiai. Buvo antrasis keturių vaikų šeimoje. Broliai Jonas Bulotas (1922–1979) ir Povilas Bulotas (1925–1980), sesuo Ona Bulotaitė (1929–1974).

1923 m. rugsėjo 23 d. Anykščių bažnyčioje jį pakrikštijo vikaras Boleslovas Beinoravičius, krikštatėviais buvo Zigmantas Bagdonas ir Antanina Augustinaitė.

Mokėsi Kiaušų (Anykščių r.) pradžios mokykloje. 1938–1944 m. baigė Anykščių gimnaziją 1-ojoje laidoje.

1944 m. pavasarį jis įstojo į P. Plechavičiaus vietinę rinktinę kovoti prieš bolševikus. Vokiečiams ją išvaikius, J. Bulotas paspruko nuo persekiojimo, išvengė priverstinių darbų, studijavo Lietuvos žemės ūkio akademijoje ir ją 1950 m. baigė, įgijo agronomo išsilavinimą.

Nuo 1950 m. J. Bulotas dirbo Lietuvos žemės ūkio instituto, nuo 1952 m. – Žemdirbystės ir dirvožemio instituto, nuo 1956 m. – Lietuvos žemdirbystės instituto Trakų Vokės filiale moksliniu bendradarbiu, 1958–1961 m. studijavo šio instituto aspirantūroje.

1961 m. Lietuvos žemės ūkio akademijoje jis parengė ir apsigynė disertaciją "Pietvakarių Lietuvos limnoglacialinės lygumos dirvožemiai ir jų agrocheminė charakteristika", buvo žemės ūkio mokslų kandidatas, 1993 m. nostrifikuotas biomedicinos mokslų, agronomijos daktaras.

1967–1989 m. J. Bulotas buvo Lietuvos žemdirbystės instituto Dirvožemio skyriaus vedėjas, nuo 1972 m. – vyriausiasis mokslinis bendradarbis, kol 1989 m. išėjo į pensiją.

J. Bulotas parašė knygas: "Dirvožemio tyrimo medžiagos panaudojimas gamyboje" (1963 m.), "Žemėtvarkos planų ir dirvožemio tyrimo duomenų panaudojimas" (su kitais autoriais, 1964 m.), monografijas "Lietuvos dirvožemiai" (1965 m.) ir "Lietuvos velėniniai dirvožemiai" (su kitais autoriais, 1978 m.), vadovėlį "Agronomijos pagrindai" (1967 m.).

Kartu su Antanu Mejeriu ir Jonu Vaitiekūnu J. Bulotas sudarė Lietuvos dirvožemių žemėlapį (1961 ir 1971 m.).

Už reikšmingus darbus agronomijos srityje J. Bulotas buvo apdovanotas Lietuvos SSR valstybine premija (su kitais, 1967 m.).

J. Bulotui buvo suteiktas Lietuvos kario savanorio statusas (2000 m.), jis buvo apdovanotas Lietuvos kariuomenės kūrėjų savanorių medaliu (2001 m.).

Buvo vedęs, žmona Danutė Bulotienė (1931–2002). Užaugino dukterį.

Mirė 2001 m. spalio 5 d. Vilniuje. Palaidotas Vilniaus Rokantiškių kapinėse šeimos kape (11 sektorius, 13 eilė, 10 kapas). Kapą ženklina du rausvo akmens paminklai-stelos su iškaltais nykstančiais įrašais, kairiajame paminkle įtaisytas J. Buloto portretinis atvaizdas ir tekstas: "Juozas Bulotas / 1923–2001 / Ona Bulotaitė / 1929–1974 / Rozalija Bulotienė / 1893–1988", dešiniajame paminkle iškaltas tekstas: "Danutė Bulotienė / 1931–2002 / Kazimiera Lemežytė / 1911–2007".