Tėvai: Jurgis Dagilis-Dagelis ir Marijona Bernatonytė-Dagelienė – valstiečiai žemdirbiai. Brolis Juozapas Dagelis (1901–1901) – mirė kūdikystėje, seserys: Ona Dagelytė-? (1902–?), Elena Dagelytė (1905–?), Marijona Dagelytė (1907–1921) – mirė jaunystėje, Veronika Dagelytė-Valatkienė (1911–1956) – dainininkė solistė.

Iki 1913 m. gyveno gimtinėje. 1913–1915 m. mokėsi Utenoje, Pirmojo pasaulinio karo metais – Voroneže (Rusija), vėliau Panevėžyje. 1921 m. baigė Kauno gimnaziją. Mokykliniais metais aktyviai bendradarbiavo moksleivių laikraštėliuose, daugintuose šapirografu.

1921–1923 m. mokėsi Dotnuvos (Kėdainių r.) žemės ūkio technikumo Miškininkystės skyriuje, bet pagal įgytą miškininko specialybę nedirbo.

1923 m. J. Dagelis dalyvavo sukilime Klaipėdoje.

1924–1926 m. jis išklausė Kauno Vytauto Didžiojo universiteto Teologijos-filosofijos fakulteto filosofijos kursą, o 1931–1934 m. ten pat studijavo Teisės fakultete teisę. Studijuodamas jis sportavo, atstovavo Lietuvos studentams Baltijos studentų olimpiadose SELL (Suomija–Estija–Latvija–Lietuva) 1924 m. Rygoje (Latvija) ir 1926 m. Helsinkyje (Suomija).

1925 m. J. Dagelis pradėjo dirbti mėnesinio žurnalo "Ūkininkas" redakcijoje žurnalistu, ilgą laiką buvo šio žurnalo redakcinės kolegijos narys, 1928–1933 m. – ir šio žurnalo redaktorius, 1937–1939 m. buvo savaitraščio "Ūkininkas – Vyrų žygiai" redakcinės kolegijos narys.

J. Dagelis bendradarbiavo ir kituose leidiniuose: jo straipsnius jau nuo 1923 m. publikavo "Laisvė", "Rytas", vėliau – "XX amžius", "Mūsų laikraštis" ir kiti periodiniai leidiniai. Savo rašinius jis pasirašinėjo slapyvardžiais J. D., Jonelis, Šermukšnis.

Nuo 1913 m. J. Dagelis dalyvavo Ateitininkų sąjungos veikloje, buvo įvairių šios sąjungos organizacijų narys, Voronežo, Panevėžio, Dotnuvos ir Kauno ateitininkų organizacijų pirmininkas, 1934–1939 m. – Ateitininkų sąjungos valdybos Kaune narys. Jis buvo ir Lietuvių katalikų vyrų sąjungos organizatorius (1939 m.), ateitininkų "Vytauto" klubo narys (iki 1940 m.).

J. Dagelis buvo Ūkininkų sąjungos narys, Ūkininkų sąjungos valdybos narys (1925 m.), Centro valdybos narys (nuo 1930 m.).

1926–1927 m. kaip Ūkininkų sąjungos atstovas Utenos rinkimų apygardoje jis buvo išrinktas III Lietuvos Seimo nariu, buvo Krikščionių demokratų bloko Ūkininkų sąjungos frakcijos narys, kol 1927 m. balandžio 12 d. šis Seimas buvo paleistas. Jis buvo deleguotas į Seimo rinkimų patikrinimo komisiją, priklausė Darbo ir socialinės apsaugos komisijos narys bei Skundų ir peticijų komisijos narys.

Paleidus Seimą, J. Dagelis kritikavo tokį prezidento A. Smetonos sprendimą, viešai reikalavo grąžinti Lietuvą į demokratijos  kelią, todėl 1928 m. balandį Kauno komendanto 4-iems mėnesiams buvo išsiųstas į provinciją. Ir grįžęs į Kauną jis toliau buvo Valstybės saugumo stebimas.

Nuo 1937 m. J. Dagelis ūkininkavo nuosavame ūkyje. 1940–1941 m. pirmosios sovietinės okupacijos laikotarpiu jis dirbo Raudondvario (Kauno r.) cheminių gaminių kooperatinės gamybinės artelės "Gulbė" valdybos  sekretoriumi.

1941 m. birželio 14 d. J. Dagelis Kaune buvo suimtas, kalintas Lietuvoje, o prasidėjus Vokietijos-Sovietų Sąjungos karui, išvežtas į Sevurallago lagerį (Garių r., Sverdlovsko sr., Rusija). Ten 1942 m. birželio 17 d. Ypatingasis pasitarimas nuteisė J. Dagelį 10 metų kalėti lageriuose, jis buvo perkeltas į Temlagą Mordvijoje (Rusija). Dėl silpnos sveikatos nuo fizinių darbų atleistas, jis budėjo lagerio ligoninėje, vadovavo vaistinei.

1951 m. birželį atlikęs kalinimo bausmę, 1951 m. birželio 15 d. iš lagerio jis buvo ištremtas į Akčiatau (Četės r., Karagandos sr., Kazachija).

1956 m. atgavęs laisvę, į Lietuvą jis nebegrįžo, pasiliko tremties vietoje.

Susituokė apie 1951 m. Kazachstane, žmona Aleksandra Kudirkaitė-Dagelienė (1909–1988).

Mirė 1956 m. lapkritį Akčiatau (Karagandos sr., Kazachija). Palaidotas vietinėse kapinėse.

1989 m. rugpjūčio 8 d. SSRS Aukščiausiosios tarybos įsaku J. Dagelis buvo reabilituotas kaip patyręs neteisėtas represijas.

J. Dagelio gyvenimas, profesinė ir politinė veikla pristatyta biografinio žinyno "Lietuvos miškininkai" 1-ajame tome (sudarė Gediminas Isokas, 1997 m.), "Didžiojo Lietuvos parlamentarų biografinio žodyno" tome "Lietuvos Respublikos Seimų I (1922–1923), II (1923–1926), III (1926–1927), IV (1936–1940) narių biografinis žodynas" (2007 m.).

Kauno miesto muziejus pristatė virtualią parodą apie Jono Dagelio paskutinį gyvenimo dešimtmetį.