Gimimo data – pagal asmeninį liudijimą. Oficialiuose dokumentuose buvo nurodoma kaip gimusi 1926 m. spalio 19 d.

Tėvai: Pranas Pakšys (1879–1968) – emigrantas JAV, grįžęs į gimtinę, žemdirbys ūkininkas, turėjęs 28 hektarus žemės, ir Antanina Binkytė-Pakšienė (1892–1983) iš Vaidlonių – žemdirbė. Augo keturių vaikų šeimoje su trim broliais, buvo jauniausia. Broliai: Pranciškus Pakšys (1918–1947), Vladas Pakšys (1921–2009) – žemdirbys ir Alfonsas Pakšys (1924–1982). Dar du vaikai – brolis Antanas Pakšys ir sesuo Emilija Pakšytė – mirė kūdikystėje.

1935–1939 m. mokėsi Rudžionių (Anykščių r.) pradžios mokykloje, 1939–1941 m. – Troškūnų progimnazijoje, 1941–1947 m. baigė Anykščių gimnaziją 4-ojoje jos laidoje. 1947–1954 m. su pertrauka studijavo Vilniaus universiteto Ekonomikos fakultete, įgijo ekonomistės išsilavinimą.

1950 m. dėl socialinės kilmės J. Pakšytė buvo pašalinta iš universiteto, dirbo Vilniaus ligoninėje buhaltere, bet 1952 m. buvo pakviesta tęsti studijas dėl sportinių laimėjimų. Studijuodama ji dainavo studentų chore, šoko tautinių šokių kolektyve, su kuriuo gastroliuodavo po Lietuvą.

Nuo 1954 m. iki gyvenimo pabaigos J. Pakšytė gyveno Kaune.

1954–1960 m. ji dirbo Kauno miesto Darbo žmonių deputatų tarybos Vykdomajame komitete, buvo Prekybos skyriaus vyresnioji inspektorė.

1960–1987 m. J. Pakšytė buvo Kauno "Maistprekybos" Planavimo skyriaus viršininkė, kol išėjo į pensiją.

Nuo jaunystės iki solidaus amžiaus J. Pakšytė aktyviai sportavo, buvo lengvaatletė. Studijuodama ji dalyvavo lengvosios atletikos kroso, vidutinių nuotolių (400 m ir 800 m) bėgimo, šuolių į tolį ir ieties metimo varžybose, vėliau mėtė ir diską.

1948–1964 m. ji buvo Lietuvos lengvosios atletikos rinktinės narė, ieties metikė. Šešis kartus ji tapo Lietuvos ieties metimo čempione (1949–1953 ir 1957 m.), tris kartus gerino Lietuvos ieties metimo rekordą: 40,25 m (1952 m.), 41,41 m (1953 m.) ir 41,58 m (1953 m.). Dalyvaudama SSRS studentų spartakiadoje, ieties metimo rungtyje ji pelnė II vietą (1953 m.). Geriausią asmeninį ieties metimo rezultatą ji pasiekė, laimėjusi Lietuvos ir Latvijos lengvaatlečių varžybas Kaune 1958 m., kur nusviedė ietį 49,85 m.

Po pertraukos J. Pakšytė dalyvavo ir sporto veteranų ieties metimo varžybose. Varžydamasi 6-ojoje (60–64 m.) moterų amžiaus grupėje, ji dukart laimėjo Europos čempionato aukso medalį, kaskart pasiekdama Europos rekordą:  32,34 m (Vengrija, 1990 m.) ir 33,76 m (Norvegija, 1992 m.). Ji dalyvavo pasaulio čemionatuose, laimėjo aukso medalį 6-ojoje amžiaus grupėje, nusviedusi ietį 32,24 m (Turku, Suomija, 1991 m.), ir sidabro medalį 7-ojoje (65–69 m.) amžiaus grupėje (29,62 m, Bufalas, JAV, 1995 m.).

Laisvalaikiu atstovaudavo darbo kolektyvui sporto šventėse ir varžybose.

Šeimos nesukūrė.

Mirė 2020 m. lapkričio 20 d. Kaune. Palaidota Troškūnų (Anykščių r.) kapinėse šeimos kapavietėje prie tėvų. Kapą ženklina juodo šlifuoto akmens paminklas su iškaltu įrašu "Pakšių šeima" bei 1941 m. jos tėvo seneliams statytas akmeninis kryžius.