Augo Panevėžyje.

1968–1969 m. mokėsi Panevėžio 4-ojoje vidurinėje mokykloje, 1969–1970 m. – 2-ojoje vidurinėje mokykloje, 1970–1979 m. mokėsi ir baigė Panevėžio 8-ąją vidurinę mokyklą. 1982–1988 m. studijavo Vilniaus universiteto Teisės fakultete, įgijo teisininko išsilavinimą.

1981–1994 m. S. Bagdonavičius buvo Panevėžio miesto Vidaus reikalų skyriaus darbuotojas, 1994–1995 m. – akcinės bendrovės banko "Hermis" Panevėžio filialo apsaugos tarnybos viršininko pavaduotojas.

1995–2000 m. S. Bagdonavičius dirbo Panevėžio miesto apylinkės teismo teisėju, Hipotekos skyriaus vadovu. 2000–2004 m. jis buvo Panevėžio apygardos administracinio teismo teisėjas.

Nuo 2004 m. kovo iki šiol jis yra Panevėžio apygardos teismo Baudžiamųjų bylų skyriaus teisėjas, nuo 2013 m. lapkričio – Baudžiamųjų bylų skyriaus pirmininkas.

Laisvalaikiu keliauja, medžioja, žvejoja.

Vedęs, žmona Vitalija Mikonienė – valstybės tarnautoja.