Augo Panevėžyje.

1968–1969 m. mokėsi Panevėžio 4-ojoje vidurinėje mokykloje, 1969–1970 m. – 2-ojoje vidurinėje mokykloje, 1970–1979 m. mokėsi ir baigė Panevėžio 8-ąją vidurinę mokyklą. 1982–1988 m. studijavo Vilniaus universiteto Teisės fakultete, įgijo teisininko išsilavinimą.

1981–1994 m. S. Bagdonavičius buvo Panevėžio miesto Vidaus reikalų skyriaus darbuotojas, 1994–1995 m. – akcinės bendrovės banko "Hermis" Panevėžio filialo apsaugos tarnybos viršininko pavaduotojas.

1995–2000 m. S. Bagdonavičius dirbo Panevėžio miesto apylinkės teismo teisėju, Hipotekos skyriaus vadovu. 2000–2004 m. jis buvo Panevėžio apygardos administracinio teismo teisėjas.

Paskirtas 2004 m. kovą, 2004–2026 m. jis buvo Panevėžio apygardos teismo Baudžiamųjų bylų skyriaus teisėjas, kol 2026 m. sausį buvo išleistas į pensiją.

Paskirtas 2013 m. lapkritį, 2013–2023 m. jis dirbo šio teimo Baudžiamųjų bylų skyriaus pirmininku.

Nuo 2005 m., kai buvo įdiegta teismų informacinė sistema, S. Bagdonavičius išnagrinėjo 2.235 bylas.

Laisvalaikiu keliauja, medžioja, žvejoja.

Vedęs, žmona Vitalija Mikonienė – valstybės tarnautoja.