Gimimo data kitų šaltinių duomenimis – 1939 m. vasario 2 d.

Tėvai: Povilas Misiukonis (1909–1941) – valstybės tarnautojas, žuvęs 1941 m. Birželio sukilimo metu, ir Eleonora Misiukonienė – žemdirbė. Tėvui žuvus, augo Raguvoje (Panevėžio r.) su motina dviejų vaikų šeimoje, brolis Bronius Misiukonis (g. 1935 m.).

1958 m. baigė Raguvos (Panevėžio r.) vidurinę mokyklą. 1958–1962 m. baigė Vilniaus universiteto Teisės fakultetą, įgijo teisininko išsilavinimą.

1962–1984 m. M. Misiukonis dirbo sovietinės Lietuvos Valstybės saugumo komiteto (KGB) sistemoje.

1962–1966 m. jis gyveno Anykščiuose ir buvo KGB Anykščių rajono poskyrio operatyvinis įgaliotinis, nuo 1963 m. balandžio 26 d. – jaunesnysis leitenantas, nuo 1965 m. liepos 17 d. – leitenantas. 1965 m. pradžioje jis buvo išsiųstas į KGB mokyklos Nr. 204 operatyvinių darbuotojų perkvalifikavimo kursus. 

Kaip KGB atstovas Anykščių poskyrio operatyvinis įgaliotinis M. Misiukonis dalyvavo karinėje operacijoje, kurios metu 1965 m. kovo 17 d. Papiškių kaime (Utenos r.) apsuptas nepasidavė gyvas ir nusišovė paskutinis Aukštaitijoje kovęsis laisvės gynėjas, partizanas Antanas Kraujelis-Siaubūnas (1928–1965). M. Misiukonis oficialiai atpažino žuvusį partizaną ir pasirašė jo atpažinimo aktą. Dėl dalyvavimo šioje tarnybinėje operacijoje jis buvo teisiamas genocido byloje, bet 2014 m. lapkritį išteisintas, nenustačius jo nusikalstamos veiklos. 

Nuo 1966 m. iki šiol M. Misiukonis gyvena Vilniuje. 1966–1970 m. jis buvo LSSR KGB 2-osios (kontržvalgybos) valdybos 4-ojo skyriaus operatyvinis įgaliotinis, nuo 1968 m. spalio 24 d. – vyresnysis leitenantas. 1970–1973 m. jis dirbo tame pačiame skyriuje vyresniuoju operatyviniu įgaliotiniu, nuo 1971 m. gruodžio 17 d. buvo kapitonas. 1973–1975 m. jis buvo 2-osios (kontržvalgybos) valdybos 4-ojo skyriaus viršininko pavaduotojas, nuo 1973 m. gruodžio 19 d. – majoras. Tuo laikotarpiu jis kontroliavo užsienio turizmą, Lietuvos ir užsienio jūreivius, stebėjo užsienio šalių žvalgybos ir išeivijos organizacijų veiklą, rūpinosi valstybės paslapčių apsauga.

1975–1979 m. jis dirbo 2-osios valdybos 2-ojo skyriaus viršininko pavaduotoju, nuo 1978 m. vasario 20 d. buvo papulkininkis. 1977 m. pradžioje jis buvo išsiųstas į Aukštuosius KGB kursus ir du mėnesius kėlė kvalifikaciją Minske (Baltarusija), įgijo aukštąjį čekistinį ir partinį parengimą. Kaip šios skyriaus vadovo pavaduotojas jis organizavo sovietinių turistų grupių stebėjimą, rinko duomenis apie mokslininkų, kultūros ir sporto atstovų bendravimą su užsienio partneriais, organizavo užkardas, trukdančias pabėgti iš SSRS, kovą su kontrabanda ir spekuliacija valiuta.

Saugumo karininko karjeros pabaigoje 1979–1982 m. M. Misiukonis buvo Lietuvos KGB 2-osios (kontržvalgybos) valdybos 3-ojo skyriaus viršininkas, organizavo kontržvalgybinę veiklą transporto sektoriuje, pramonėje ir mokslo įstaigose, laivyno darbuotojų sekimą, kontroliavo valstybės paslapčių apsaugą. 1982–1984 m. jis buvo naujai įsteigto atskiro Lietuvos KGB  6-ojo skyriaus, perėmusio ankstesnes 3-ojo skyriaus funkcijas, viršininkas, nuo 1983 m. spalio 9 d. – pulkininkas.

1984 m. vasarą iš KGB struktūros jis perėjo į tarnybą Lietuvos SSR vidaus reikalų ministerijoje. 1984–1987 m. M. Misiukonis buvo Lietuvos SSR vidaus reikalų ministro pavaduotojas, 1987–1989 m. – pirmasis pavaduotojas. Paskirtas 1989 m. liepą, 1989–1990 m. jis buvo Lietuvos SSR vidaus reikalų ministras.

1990 m. kovo 23 d. M. Misiukonis buvo paskirtas ir iki 1991 m. sausio mėnesio buvo pirmasis atkurtosios Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministras, generolas majoras. Jis dirbo pirmojoje ir antrojoje Lietuvos Vyriausybėje. Nuo 1991 m. sausio iki rugpjūčio 1 d. jis laikinai ėjo vidaus reikalų ministro pareigas trečiojoje Vyriausybėje, kol iš jų pasitraukė savo iniciatyva.

Dirbdamas vidaus reikalų ministru, M. Misiukonis apsaugojo vidaus reikalų struktūras nuo susikaldymo ir ginkluotos priešpriešos, nuosekliai įgyvendino koncepciją, kad milicija tarnauja tik įstatymui ir žmonėms, visiškai depolitizavo miliciją, panaikino joje komunistų partines organizacijas.

Šiomis ir kitomis priemonėmis M. Misiukonis pradėjo sovietinės milicijos pertvarkymo į Lietuvos policiją procesą, kūrė policijos komisariatus vietoj buvusių vidaus reikalų skyrių.

1991 m. sausį jis uždraudė išduoti ginklus milicijos pareigūnams ir apsaugojo nuo ginkluotų susirėmimų bei neapgalvotų veiksmų.

Nuo 1991 m. rugpjūčio M. Misiukonis dirbo privačiose verslo struktūrose, buvo Vilniaus banko (dabar – AB SEB bankas) Apsaugos departamento direktorius, kol išėjo į pensiją.

M. Misiukonis parašė ir išleido prisiminimų knygą "Lemtingi metai : VRM istoriniuose įvykiuose" (2018 m.).

Jis yra Lietuvos generalinio policijos komisaro sudarytos Visuomeninės policijos tarybos narys (nuo 2007 m.), Raguvos (Panevėžio r.) gimnazijos Garbės galerijos narys.

M. Misiukonis apdovanotas Lietuvos Didžiojo kunigaikščio Gedimino ordino Komandoro kryžiumi (2000 m.).