Kaimas Anykščių seniūnijoje už 5 kilometrų į vakarus nuo Anykščių. Įsikūręs abipus krašto kelio Anykščiai–Ukmergė. Per kaimą teka čia ištekėjęs upelis Startupis – Tėkmės dešinysis intakas. Ribojasi su Šeimyniškių, Pakarklių ir Ažuožerių kaimais.

Yra 4 sodybos – 34 gyventojai (2001 m.), 17 gyventojų (2011 m.). Priklauso Pagirių seniūnaitijai (nuo 2009 m.).

1921 m. kaime surašyti 19 gyventojų. 1923 m. kaime buvo 3 sodybos – 16 gyventojų. 1936 m. kaimas išskirstytas į vienkiemius, tuomet 81,24 ha žemės padalinta 6 savininkams.

1930 m. (kitais šaltiniais – 1933 m. spalio 16 d.) Šeimyniškių pradžios mokykla buvo perkelta į Jokūbavos kaimą. 1932–1933 m. pradinė mokykla liko 1 komplekto, su I–IV skyriais Jokūbavoje dirbo mokytoja Sofija Antanavičiūtė. Mokykla veikė samdomose patalpose. 1937 m. S. Antanavičiūtę-Laskauskienę pakeitė mokytoja Petronėlė Pajaujienė. 1939–1940 m. Ažuožerių pradinė mokykla veikė Jokūbavos vienkiemyje nuosavose patalpose, mokytoja dirbo Janina Jankauskaitė. Tuomet mokykloje mokėsi 86 moksleiviai.

1954–1997 m. Jokūbavoje veikė Ažuožerių septynmetė, vėliau aštuonmetė, devynmetė mokykla, nuo 1997 m. – pradinė. 2003 m. mokykla buvo panaikinta, uždaryti ir kartu buvę Ažuožerių vaikų globos namai. Jų patalpose 2003–2010 m. veikė Nijolės Tubienės vaikų šeimyna, nuo 2010 m. veikia vienintelė Anykščių rajone Jokūbavos vaikų šeimyna (tėvai-globėjai – Nerijus ir Simona Tubiai), joje nuolat auga apie 15 vaikų.

Po Antrojo pasaulinio karo iš Jokūbavos buvo ištremti į Sibirą 3 asmenys.

1949 m. vasarį kaimas buvo įjungtas į "Linksmakalnio" kolūkį, vėliau, stambinant ūkius, nuo 1949 m. balandžio priklausė "Tarybinės žemės" kolūkiuiu, nuo 1960 m. – Anykščių vaismedžių-vaiskrūmių ir žolių sėklininkystės medelynui (nuo 1961 m. – Anykščių vaismedžių medelynui), nuo 1976 m. – Anykščių sodininkystės tarybiniam ūkiui, nuo 1989 m. – Ažuožerių sodininkystės kolūkiui, kol šis 1991 m. iširo.

Priklauso Anykščių parapijai. Kapinių nebuvo.