Kaimas Debeikių seniūnijoje už 8 kilometrų į šiaurės vakarus nuo Debeikių. Ribojasi su Leliūnų, Antupių ir Pūstinkos kaimais, kitapus Šventosios – su Girelės kaimu ir Tiltynės viensėdžiu. Įsikūręs abipus krašto kelio Anykščiai–Rokiškis. Pietvakariniu pakraščiu glaudžiasi prie Mickūnų miško.

Yra 12 sodybų – 51 gyventojas (2000 m.), 43 gyventojai (2001 ir 2011 m.). Priklauso Leliūnų seniūnaitijai (nuo 2009 m.).

Mickūnai minimi 1686 m. Svėdasų dvaro inventoriuje. Dokumentas leidžia teigti, kad kaimo pavadinimas kilęs nuo čia gyvenusios turtingos Mickūnų giminės pavardės – minimas Kazimieras Mickūnas, privalantis mokėti mokesčius kaip bajoras. 1686 m. kaime buvo 6 dūmai (kiemai).

XVIII a. pradžioje Mickūnai buvo kunigaikščių Radvilų valda, o nuo to amžiaus antrosios pusės Mickūnų palivarkas priklausė Ukmergės maršalkai ir Sterkonių dvaro savininkui Juozui Kušeliauskui. Neturėdamas paveldėtojų, Mickūnus jis paliko sesers vyrui Mykolui Lopai. Lopų giminė, gyvenusi Sterkonyse, Mickūnus kaip savo palivarką valdė 1806–1913 m., kol pardavė. XIX a. viduryje Mickūnų palivarke šeimininkavo Leopoldas ir Anelė Dambrauskai, XIX a. pabaigoje – Mikėnų ir Šukių šeimos, kaimas priklausė Kauno gubernijos Ukmergės apskrities Debeikių valsčiui. 1894 m. Mickūnuose gyveno 95 žmonės.

Iki XX a. pradžios Mickūnuose gyveno apie 10 žydų šeimų, turtingiausias iš jų Berelis turėjo įrengęs sinagogą ir laikė karčemą, prekiavo degtine. Apie 1901 m. Mickūnų palivarko savininkas Lopas žydus iškeldino į Svėdasus.

Ties Mickūnais 1872 m. buvo pastatytas geležinis tiltas per Šventąją. Pirmojo pasaulinio karo metais vokiečių kariuomenė jį susprogdino, 1923 m. tiltas buvo rekonstruotas pagal inžinieriaus Pranciškaus Markūno projektą, uždengtas gelžbetoniniu paklotu.

1913 m. Mickūnų palivarką iš Lopų įsigijo Jonas Trečiokas (1857–1920), gydytojo Juozo Trečioko tėvas, bendras palivarko plotas iki 1940 m. buvo 123 ha. 1923 m. kaime buvo 17 sodybų – 72 gyventojai. 1923 m. taip pat minimas Mickūnų palivarkas – 6 sodybos, 9 gyventojai. 1938 m. Mickūnuose buvo 15 šeimų, kurioms priklausė 62,90 ha. Augustas Banys namuose turėjo krautuvę, kurioje prekiavo druska, cukrumi, žibalu bei kitomis būtiniausiomis prekėmis. Kaime dirbo savas siuvėjas Juozas Banys, puodžius Jonas Bublys, kuris buvo ir kaimo muzikantas. 1939 m. kaimas buvo  išskirstytas į vienkiemius, tuomet turėjo 79,94 ha žemės. 1940 m. Trečiokų palivarkui buvo palikta tik 30 ha, o po 1944 m. jis sunyko.

Mickūnų pradinė mokykla pradėjo veikti 1917 m. spalio 15 d. 1919–1920 m. mokytoju čia dirbo Jonas Banys, nuomojamose patalpose, Juozo Banio namuose, trijuose skyriuose mokėsi 79 vaikai. 1920–1921 m. mokykla kiek laiko neveikė, tik paskyrus mokytoją Juozą Malinauską ji vėl ėmė veikti. 1924–1925 m. Mickūnų pradžios mokykla įsikūrė Leliūnų kaime, mokytoja paskirta Jadvyga Žąsinaitė, nuo 1926 m. – Benediktas Miknevičius, nuo 1928 m. – Veronika Žukaitė. 1930–1931 m. Mickūnų vieno komplekto pradžios mokyklą pakeitė Leliūnų dviejų komplektų (Leliūnų ir Mičionių kaimuose) mokykla.

1952 m. rugsėjo 1 d. Mickūnuose, buvusio Trečiokų palivarko name, buvo atidaryta septynmetė mokykla, ilgiausiai, 1952–1959 m., jos direktoriumi dirbo Petras Šepetys, nuo 1963 m. mokyklai vadovavo Petras Bajorūnas (1920–1985). 1961–1973 m. veikė aštuonmetė mokykla, 1973–1975 m. Mickūnuose buvo likusi tik pradinė mokykla, joje dirbo mokytoja Julija Juodgalvienė. 1975 m. Mickūnų pradinė mokykla vėl persikėlė į Leliūnų kaimą, švietimo įstaigos kaime nebeliko. Buvusiuose mokyklos pastatuose  1980–1992 m. buvo rengiamos vaikų vasaros stovyklos, 1992 m. čia vyko tarptautinė ateitininkų stovykla.

Po Antrojo pasaulinio karo iš Mickūnų niekas nebuvo ištremtas į Sibirą.

1949 m. kovo 24 d. kaimas kartu su gretimais Antupiais buvo sujungtas į "Gegužės 1-osios" kolūkį. Stambinant ūkius, 1951–1954 m. jis priklausė "Auksinės varpos", o nuo 1954 m. – "Už taiką" kolūkiui, kol šis 1991 m. iširo.

1966–1967 m. kaime gyvenamuosius namus pastatė Anykščių miškų ūkis. 1970 m. buvo įkurta ir iki šiol čia dirba Mickūnų girininkijos administracija. Nuo 1975 m., prijungus Ramuldavos girininkiją, čia persikėlė ir šios buvusios girininkijos raštinė. Bendras girininkijos plotas – 5780,5 ha (1997 m.). Mickūnų girininkais dirbo: 1970–1977 m. – Rimantas Gylys, 1977–1978 m. – Stefanas Dulka, 1978–1981 m. – Stasys Mateika, 1982–1985 m. – Algis Bičiūnas, 1985–1987 m. – Alvidas Jackevičius, 1988–1989 m. – Benjaminas Rimkus, 1989–1991 m. – Ramūnas Naprys, nuo 1991 m. iki šiol – Benjaminas Rimkus.

Mickūnuose veikia Petro Bražiūno kaimo turizmo sodyba "Senoji sodyba".

2002 m. gegužę kaimo žmonės, buvusios mokyklos auklėtiniai, mokytojai susibūrė į Mickūniečių bendriją.

Iki XVIII a. pabaigos Mickūnai priklausė Svėdasų parapijai, vėliau ir iki šio priklauso Debeikių parapijai. Kapinių nebuvo.

Mickūnų kaime, Sklėrių sodyboje, yra vietinės reikšmės dailės paminklas – koplystulpis su Kristaus, nešančio kryžių, skulptūra, meistro Vincento Perevičiaus padarytas 1907 m. iš medžio, geležies ir stiklo. Jis buvo restauruotas 1969 m., bet ėmė nykti, todėl 2020 m. vėl restauruotas ir konservuotas (restauracijos autoriai Alfonsas Šiaulys ir Robertas Matiukas).

Išleista Gintaro Ražansko kraštotyros apybraiža "Mickūnai" (2003 m.).