Gimimo data pateikiama pagal antkapinį įrašą. Kitur minimas kaip gimęs 1841 m.

1872–1877 m. studijavo Kauno Žemaičių kunigų seminarijoje, kur jo moralinės teologijos ir homiletikos dėstytojas buvo Antanas Baranauskas.

1877 m. M. Šaikūnas buvo įšventintas kunigu.

1877–1883 m. jis buvo Švėkšnos (Šilutės r.) vikaras, 1883–1885 m. tarnavo vikaru Saločiuose (Pasvalio r.), 1885–1888 m. – Tauragnuose (Utenos r.). Šioje parapijoje jis iš pradžių buvo vikaras, o kai už lietuvybės platinimą į vienuolyną buvo ištremtas Tauragnų klebonas Feliksas Mazulevičius, laikinai ėjo klebono pareigas.

M. Šaikūnas, dar Švėkšnoje užmezgęs pažintis su knygnešiais, Tauragnuose organizavo slaptą vaikų mokymą, lietuviškos spaudos platinimą, subūrė šios veiklos entuziastus, tarp jų į knygnešystę įtraukė ir Motiejų Balčiūną-Medinį (apie 1855 – apie 1928). Tauragnuose jis buvo paskirtas ir rusiškos valdinės pradžios mokyklos tikybos mokytoju, bet pamokas joje rengė nereguliariai, už tai 1887 m. buvo iš tikybos mokytojo pareigų atleistas, nuolat jautė carinės administracijos atstovų persekiojimą.

1888–1898 m. jis tarnavo Pajūrio (Šilalės r.) bažnyčios kuratu, buvo Tauragės parapijos kunigas filialistas. Jo rūpesčiu iki 1898 m. bažnyčia, statyta 1830 m., buvo restauruota, atnaujinti jos altoriai.

Kartu su kunigu iš Tauragnų į Pajūrį persikėlę jo globojami knygnešiai Dominykas Stundžia bei Domicelė ir Liudvika Balčiūnaitės – žymaus knygnešio Motiejaus Balčiūno-Medinio seserys. Jie gabendavo draudžiamą lietuvišką spaudą, daugiausia religinius leidinius, iš Mažosios Lietuvos, ją slėpdavo ir platindavo, perduodavo iš Aukštaitijos atvykstantiems knygnešiams. Įtarus nelegalią bažnyčios tarnų veiklą, 1893 m. M. Šaikūnas buvo nubaustas 50 rublių pinigine bauda už draudžiamos spaudos laikymą.

Tarnaudamas Pajūryje, 1888–1890 m. M. Šaikūnas rūpinosi naujų maldos namų statyba, paruošė medžiagas ir prašė valdžios leidimo ją pradėti, bet už tokį aktyvumą 1889 m. buvo nubaustas 100 rublių bauda. 1891–1895 m. jis bandė gauti leidimą remontuoti senąją bažnyčią, ketindamas ją perstatyti, bet ir tai daryti Rusijos caras ir jo vietininkai Lietuvoje neleido, buvo siūloma bažnyčią Pajūryje išvis uždaryti. Tik 1895 m. spalį gavęs leidimą remontui, 1896–1897 m. M. Šaikūnas, juo pasinaudodamas, pastatė iš esmės naują medinę bažnyčią, kuri buvo naudojama iki Pirmojo pasaulinio karo, kol buvo sugriauta.

1899–1900 m. jis tarnavo Gadūnavo (Telšių r.) Švč. Jėzaus Širdies parapijos klebonu, ten pradėjo rūpintis naujos bažnyčios statyba.

Paskirtas 1900 m. rugsėjį, 1900–1901 m. jis buvo Traupio (Anykščių r.) Šv. Onos parapijos klebonas, 1901–1902 m. – Skaudvilės (Tauragės r.) Šv. Kryžiaus parapijos klebonas. Visur jis buvo žinomas kaip lietuviškos spaudos platintojas, palaikęs ryšius su vietiniais knygnešiais, dėl to vis būdavo keliamas į kitą parapiją. 1902 m. Skaudvilėje jis dar kartą buvo nubaustas didele pinigine bauda ir pažemintas į vikarus.

1902–1910 m. M. Šaikūnas tarnavo vikaru Notėnuose (Skuodo r.). Vyskupas 1905 m. jį siūlė į kitas pareigas – besikuriančios Mažeikių koplyčios kapelionu, bet paskyrimui carinė valdžia nepritarė dėl ankstesnės veiklos ir nusikaltimų, valdininkai jį apibūdino kaip užsispyrusį, kategorišką ir nepatikimą.

1911–1919 m. jis buvo pirmasis naujos, 1912 m. pastatytos bažnyčios kuratas – Luokės parapijos Viekšnalių (Telšių r.) Švč. Mergelės Marijos Globos filijos kunigas filialistas.

1919–1920 m. M. Šaikūnas buvo Naujųjų Varnių (Telšių r.) altarista, bet nuo 1920 m. jis vėl grįžo į pastoracinę veiklą, buvo statomos Kaunatavos (Telšių r.) bažnyčios rektoriumi, kol 1924 m. gegužės 5 d. buvo atleistas iš šių pareigų ir paliktas Kaunatavoje kaip altarista.

Mirė 1924 m. birželio 21 d. Kaunatavoje (Telšių r.). Palaidotas Kaunatavos bažnyčios šventoriuje. Bažnyčios galinio fasado sienoje įrengta antkapinė marmuro plokštė su iškaltu įrašu: "A. + A. / Kun. Mykolas  Šaikūnas / 1847–1924.VI.21 / Šios Bažnyčios įkurejas / Requiem aeternam dona ei Domine.–".

Toje pačioje Kaunatavos bažnyčios galinio fasado sienoje, po antkapine plokšte, statybos metu išmūrytoje specialioje sienos nišoje įrengta bažnyčios statybos memorialinė lenta. Juodo šlifuoto akmens plokštėje iškaltas įrašas: "1922 / Auka kun. / Mikolo / Šaikuno / Kaunatavos / ir parakvijonų".

Įamžinant kunigo knygnešio M. Šaikūno atminimą, Viekšnaliuose (Telšių r.) pastatytas koplytstulpis (2002 m.).