Tėvai: Donatas Kernagis – jūrininkas, vėliau pašto tarnautojas, vyriausiasis paštininkas, ir Emilija Kernagienė. Augo trijų vaikų šeimoje, buvo vyriausias. Brolis Enrikas Kernagis, sesuo Elena Kernagytė-?. Tėvui anksti mirus, vaikus užaugino motina.

Tėvams persikėlus, vaikystę praleido Kėdainiuose. Baigė Kėdainių pradžios mokyklą ir Kėdainių gimnaziją, mokykliniais metais dirbo pašte. 1930–1933 m. mokėsi Valstybės teatro Vaidybos mokykloje Boriso Dauguviečio kurse.

1938–1940 m. A. Kernagis neakivaizdžiai studijavo teisę Kauno Vytauto Didžiojo universitete, 1940–1942 m. – Vilniaus universitete.

1933–1934 m. A. Kernagis vaidino Kauno Jaunųjų teatre. 1934–1940 m. jis buvo Valstybės teatro aktorius.

1940–1941 m. A. Kernagis dirbo Vilniaus dramos teatre aktoriumi, 1941–1943 m. buvo "Vaidilos" teatro aktorius, režisierius ir meno vadovas.

Nuo 1943 m. iki gyvenimo pabaigos A. Kernagis buvo Vilniaus valstybinio akademinio dramos teatro aktorius ir režisierius. Jo vaidyba racionali, ryškūs charakteriniai vaidmenys. Aktorius vienodai atsakingai kūrė ir pagrindinius, ir antraeilius, epizodinius vaidmenis.

A. Kernagis taip pat vadovavo Vilniaus dramos teatro studijai, kuri ruošė jaunus aktorius, ugdė aktorius Vilniaus kultūros-švietimo technikume.

Aktoriaus Aleksandro Kernagio vaidmenys teatre:

1934 m. – lenkų riteris Balio Sruogos istorijos kronikoje "Milžino paunksmė", Andrius Kazio Inčiūros pjesėje "Vincas Kudirka" (režisierius Antanas Sutkus).

1936 m. – Bronys Kazio Inčiūros pjesėje "Gimtoji žemė" (režisierius Antanas Sutkus), Čigonas Petro Vaičiūno komedijoje "Prisikėlimas" (režisierius Kazys Juršys).

1937 m. – Žilvinas Kazio Jurašiūno spektaklyje "Eglė žalčių karalienė", Trofimovas Antono Čechovo komedijoje "Vyšnių sodas" (režisierius Borisas Dauguvietis).

1940 m. – Brazdžius Kazio Binkio pjesėje "Atžalynas" (režisierius Borisas Dauguvietis), Dančis, Barendas (vaidino nuo 1944 m.) Hermano Heyermanso dramoje "Viltis" (režisierius Romualdas Juknevičius), Vytukas Valdemaro Zonbergo pjesėje "Jaunieji daržininkai" (režisierius Algirdas Jakševičius), Batleris Harriettos Beecher-Stove dramoje "Dėdės Tomo lūšnelė" (režisierius Andrius Oleka-Žilinskas), Andrius Kazio Inčiūros pjesėje "Vincas Kudirka" (režisierius R. Juknevičius), Furmanovas Aleksejaus Arbuzovo pjesėje "Tanė" (režisierius Juozas Monkevičius), jaunesnysis tarnas Gerharto Hauptmanno dramoje "Prieš saulėleidį" (režisierius R. Juknevičius), vienas iš auklėtinių Marcelio Pagnolio pjesėje "Topazas" (režisierius R. Juknevičius).

1941 m. – Paulius A. Domanto-Sakalausko komedijoje "Pūkio pinigai" (režisierius Balys Lukošius), Žiaunys Mykolo Venclausko pasakoje "Saulutė" (režisierius Kazys Jurašiūnas), antrasis žvejys ir masinių scenų dalyvis Vsevolodo Ivanovo pjesėje "Šarvuotis 14-69" (režisierius Romualdas Juknevičius).

1942 m. – Pakalnis Petro Vaičiūno pjesėje "Tėviškės pastogėj" (režisierius Balys Lukošius, vaidino nuo 1943 m.), tėvas Kazio Inčiūros pjesėje "Vincas Kudirka" (režisierius Romualdas Juknevičius, vaidino nuo 1943 m.).

1943 m. – Martynas Bachmanas J. Huto pjesėje "Keturios draugės" (režisierius Juozas Gustaitis).

1945 m. – P. S. Trofimovas Antono Čechovo komedijoje "Vyšnių sodas" (režisierius Borisas Dauguvietis), K. N. Chirinas Antono Čechovo vodeviliuose "Piršlybos. Meška. Jubiliejus" (režisierius Romualdas Juknevičius), Burba B. Dauguviečio pjesėje "Nauja vaga" (režisierius B. Dauguvietis), Iljinas Konstantino Simonovo pjesėje "Rusų žmonės" (režisierius Juozas Grybauskas).

1946 m. – Sincovas Maksimo Gorkio pjesėje "Priešai" (režisierius Borisas Dauguvietis).

1947 m. – P. S. Beresnas Aleksandro Korneičiuko pjesėje "Platonas Krečetas" (režisierius V. Bernsas), Romanas Nikolajaus Pogodino pjesėje "Kremliaus kurantai" (režisierius Audris Mečislovas Chadaravičius).

1948 m. – A. S. Bulanovas Aleksandro Ostrovskio komedijoje "Miškas" (režisierius Borisas Dauguvietis), Sakalauskas B. Dauguviečio komedijoje "Žaldokynė" (režisierė Kazimiera Kymantaitė), A. N. Ostrumovas B. Romašovo pjesėje "Didžioji jėga" (režisierius Balys Lukošius), vaidmuo Boriso Gorbatovo pjesėje "Tėvų jaunystė" (režisierė K. Kymantaitė).

1949 m. – Henris Mak-Hilas Nikolajaus Vitros dramoje "Pasmerktųjų sąmokslas" (režisierius A. Kernagis), Trufaldinas Carlo Goldonio komedijoje "Dviejų ponų tarnas" (režisierius A. Kernagis), Gaidys Samuilo Maršako pjesėje-pasakoje "Katės namai" (režisierė Monika Mironaitė).

1950 m. – J. K. Karandyševas Aleksandro Ostrovskio dramoje "Bekraitė" (režisierius A. Kernagis), S. P. Dikojus Aleksandro Ostrovskio dramoje "Audra" (režisierius S. Maliavinas).

1951 m. – Vadbolskis Vsevolodo Višnevskio pjesėje "Neužmirštamieji 1919-ieji" (režisieriai J. Cygankovas ir Juozas Grybauskas), Nikolajus Gluchovas K. Isajevo ir M. Makliarskio pjesėje "Visiškai slaptai" (režisierius Juozas Rudzinskas), Alonsas de Luna Pedro Calderono de la Barcos komedijoje "Meile nežaidžiama" (režisierė Kazimiera Kymantaitė), Kiudė L. Lenčo komedijoje-pamflete "Kortų namelis" (režisierius J. Rudzinskas).

1952 m. – Sincovas Maksimo Gorkio pjesės "Priešai" atnaujinime (režisierius Romualdas Juknevičius).

1953 m. – Ruso Honore de Balzaco pjesėje "Gėlininkė (Pamela Žiro)" (režisierius Alfonsas Radzevičius).

1954 m. – tarybinių ūkių grupės direktorius Boriso Dauguviečio komedijoje "Žaldokynė" (režisierius A. Kernagis), jūreivis ir vienas iš darbininkų B. Romašovo dramoje "Ugnies tiltas" (režisierius Juozas Rudzinskas).

1955 m. – Haberdas Jacko Londono pjesėje "Vagystė (Vilkiškos sielos)" (režisierius Juozas Rudzinskas), Grosmanas Levo Tolstojaus komedijoje "Švietimo vaisiai" (režisierius Romualdas Juknevičius), Romanas Nikolajaus Pogodino pjesės "Kremliaus kurantai" atnaujintame pastatyme (režisieriai J. Rudzinskas ir R. Juknevičius).

1956 m. – Jagminas Balio Sruogos dramoje "Apyaušrio dalia" (režisierius Romualdas Juknevičius), Barendas Hermano Heyermanso dramos "Vilties" žuvimas" atnaujinime (režisierius R. Juknevičius), kolūkio pirmininkas J. Čepurino dramoje "Pavasario srautas" (režisierius Juozas Rudzinskas).

1957 m. – Artiomas Maksimovičius Aleksandro Korneičiuko pjesėje "Eskadros žuvimas" (režisierius Romualdas Juknevičius).

1958 m. – Bajelis Gabrieliaus Landsbergio-Žemkalnio dramoje "Blinda" (režisierė Kazimiera Kymantaitė), kalėjimo viršininkas Aleksandro Gudaičio-Guzevičiaus dramoje "Nematomasis ginklas" (režisierius Juozas Rudzinskas), Kentas Friedricho Schillerio tragedijoje "Marija Stiuart" (režisierius Leonidas Lurjė).

1959 m. – Petras Iltelė Vlado Limanto dramoje "Vestuvių maršas" (režisierė Kazimiera Kymantaitė), Denfortas Arthuro Millerio dramoje "Salemo raganos" (režisierius Vladas Jurkūnas), Anselmas Carlo Goldonio komedijoje "Padūkėlė" (režisierė Stefa Nosevičiūtė), vienas iš didikų Williamo Shakespeare tragedijoje "Hamletas" (režisierius Juozas Rudzinskas).

1960 m. – tarnas Nazimo Hikmeto dramoje "Visų užmirštas" (režisierius Vytautas Čibiras), vienas iš ponterių ir lošėjų Michailo Lermontovo dramoje "Maskaradas" (režisierius Romualdas Juknevičius).

1961 m. – Bulkevičius Andrejaus Makajonoko komedijoje "Levonicha išeina į orbitą" (režisierius Juozas Rudzinskas), referentas Nikolajaus Pogodino pjesėje "Trečioji patetinė" (režisierius Romualdas Juknevičius).

1962 m. – Juokutis-Verkutis Vadimo Korostyliovo komedijoje-pasakoje "Karalius Pif-Pafas, bet ne tas svarbiausia" (režisierė Aurelija Ragauskaitė), Džekas Uileris Konstantino Simonovo dramoje "Ketvirtasis" (režisierius Vytautas Čibiras).

1963 m. – pirmasis vyras M. Kunderos dramoje "Raktų savininkai" (režisierius Vytautas Čibiras).

1964 m. – A. M. Kleščius Maksimo Gorkio dramoje "Dugne" (režisierius Juozas Rudzinskas), vienas iš vestuvių svečių Žemaitės apsakymų inscenizacijos "Marti" atnaujinime (režisierė Kazimiera Kymantaitė).

1965 m. – B. A. Storoževas Juliu Edlio pjesėje "Sidabrinis šilas" (režisierius A. Galinis), vedantysis Petro Cvirkos romano "Meisteris ir sūnūs" inscenizacijoje (režisierius Vladas Jurkūnas).

1966 m. – Henrikas Vinco Krėvės dramoje "Skirgaila" (režisierius Romualdas Juknevičius),  vienas iš svečių Leonido Leonovo pjesėje "Antpuolis" (režisierius Henrikas Vancevičius), Antrasis Friedricho Josefo Durrenmatto tragikomedijoje "Damos vizitas" (režisierius Vytautas Čibiras).

1967 m. – viršininkas Alfonso Bieliausko dramoje "Kauno romanas" (režisierius Henrikas Vancevičius).

1968 m. – Šarkėnas A. Kernagio ir Juliaus Būtėno dramos "Pamilau dangaus žydrumą" atnaujintame pastatyme (režisierius A. Kernagis), I. I. Špigelskis Ivano Turgenevo komedijos "Mėnuo kaime" naujame pastatyme (režisierė Stefa Nosevičiūtė).

1969 m. – vienas iš žemaičių pasiuntinių Justino Marcinkevičiaus dramoje-poemoje "Mindaugas" (režisierius Henrikas Vancevičius), Tibo ir liaudies scenų dalyvis Moljero "Daktaras per prievartą" (režisierius Algimantas Bubnelis).

1970 m. – Gaidys Samuilo Maršako pasakoje "Katės namai" (režisierė Monika Mironaitė), Mataušas Puplesis Jono Avyžiaus ir Henriko Vancevičiaus dramoje "Sūkuryje" (režisierius Henrikas Vancevičius), inkvizicijos kapitonas Dale Wassermano ir Joe Dariono miuzikle "Žmogus iš La Mančos" (režisierius Algirdas Lapėnas).

1971 m. – aukštas pareigūnas Justino Marcinkevičiaus dramoje "Katedra" (režisierius Henrikas Vancevičius), vienas iš Dulsinėjos garbintojų Aleksandro Volodino pjesėje "Dulsinėja iš Toboso" (režisierė Irena Bučienė), teisėjas Rudi Strahlo komedijoje "Adomas veda Ievą" (režisierius Algirdas Lapėnas).

1972 m. – Mileris Friedricho Schillerio tragedijoje "Klasta ir meilė" (režisierius Otto Langas).

1973 m. – kariuomenės vadas Antono Hanseno Tammsaarės pjesėje "Karaliui šalta" (režisierius I. Tamuras), Petersenas Henriko Ibseno dramoje "Laukinė antis" (režisierius Henrikas Vancevičius).

1974 m. – Mozė Richardo Sheridano komedijoje "Intrigų mokykla" (režisierius Algirdas Lapėnas).

1975 m. – A. M. Kleščius Maksimo Gorkio dramoje "Dugne" (režisierius Juozas Rudzinskas), Mataušas Puplesis Jono Avyžiaus romano "Sodybų tuštėjimo metas" inscenizacijoje (režisierius Henrikas Vancevičius), tarybinių ūkių grupės direktorius Boriso Dauguviečio komedijoje "Žaldokynė" (režisierė Kazimiera Kymantaitė).

1976 m. – sekretorius Prolovskis Aleksandro Gelmano pjesėje "Protokolas" (režisierė Irena Bučienė), Špigelskis Ivano Turgenevo komedijos "Mėnuo kaime" atnaujinime (režisierė Stefa Nosevičiūtė).

1977 m. – Šelou Williamo Shakespeare komedijoje "Vindzoro šmaikštuolės" (režisierius H. Vancevičius), Kurmius Regimanto Kaškausko pasakoje "Kai vėl atskris drugelis..." (režisierius Vytautas Matula), vienas iš Teilor svečių Alberto Laurinčiuko dramoje "Neapykantos spalva" (režisierius Henrikas Vancevičius), Juknis Vinco Krėvės dramoje "Žentas" (režisierė Algė Savickaitė).

1978 m. – Torlakas Jordano Radičkovo pjesėje "Viduržiemis" (režisierius Rimas Tuminas), stoties viršininkas Antono Čechovo komedijoje "Vyšnių sodas" (režisierė Irena Bučienė), tėvas Jono Drucės dramoje "Žemės ir saulės vardu" (režisierė Stefa Nosevičiūtė), Šeškutis Petro Cvirkos romano "Meisteris ir sūnūs" atnaujintoje inscenizacijoje (režisierė Kazimiera Kymantaitė), vienas iš artistų Justino Marcinkevičiaus draminėje giesmėje "Mažvydas" (režisierius Henrikas Vancevičius), vienas iš muzikantų Žemaitės apsakymų inscenizacijos "Marti" atnaujinime (režisierė K. Kymantaitė).

1979 m. – Jonas Tarnovskis Balio Sruogos istorijos kronikoje "Milžino paunksmė" (režisierė Kazimiera Kymantaitė), domininkonas ir vienas iš masinių scenų dalyvių B. Sruogos istorijos kronikoje "Kazimieras Sapiega" (režisierius Henrikas Vancevičius).

Jis taip pat sukūrė vaidmenį kine: duobkasys režisieriaus Marijono Giedrio filme "Svetimi" (Lietuvos kino studija, 1961 m.), televizijoje: teisėjas vaidybiniame telefilme "Dičiaus karjera" (1980 m.), vaidino radijo teatro pastatymuose.

A. Kernagis režisavo teatro spektaklius:

1944 m. – Richardo Billingerio pjesė "Gigantas" (režisieriaus Romualdo Juknevičiaus asistentas).

1946 m. – Maksimo Gorkio pjesė "Priešai" (režisieriaus Boriso Dauguviečio asistentas).

1948 m. – Juozo Baltušio pjesė "Gieda gaideliai".

1949 m. – Nikolajaus Vitros drama "Pasmerktųjų sąmokslas", Carlo Goldonio komedija "Dviejų ponų tarnas" (pastatymo autorius ir režisierius).

1950 m. – Aleksandro Ostrovskio drama "Bekraitė" (pastatymo autorius ir režisierius), Aleksandro Gudaičio-Guzevičiaus pjesė "Kalvio Ignoto teisybė" (kartu su Kazimiera Kymantaite).

1952 m. – Petro Cvirkos pjesė "Žemė maitintoja".

1954 m. – Boriso Dauguviečio komedijos "Žaldokynė" 1948 m. pastatymo atnaujinimas, Nikolazo Baratašvilio komedija "Žiogas".

1956 m. – Alfonso Bieliausko pjesė "Egzaminas".

1957 m. – A. Kernagio ir Juliaus Būtėno drama "Pamilau dangaus žydrumą".

1961 m. – Williamo Shakespeare komedija "Daug triukšmo dėl nieko".

1967 m. – A. Kernagio ir Juliaus Būtėno dokumentinė drama "Kad ir šimtą gyvenimų...".

1968 m. – A. Kernagio ir Juliaus Būtėno dramos "Pamilau dangaus žydrumą" atnaujintas pastatymas.

A. Kernagiui buvo suteiktas Lietuvos SSR nusipelniusio artisto garbės vardas (1954 m.).

Buvo vedęs, žmona Gražina Blynaitė-Kernagienė (1918–2013) – aktorė. Vaikai: Rasa Kernagytė (g. 1942 m.), Vytautas Kernagis (1951–2008) – aktorius, režisierius ir dainininkas.

Mirė 1980 m. gegužės 12 d. Kaune, vaidindamas gastrolėse spektaklyje B. Sruogos "Milžino paunksmė". Palaidotas Vilniaus Antakalnio kapinėse šeimos kape (18 sektorius). Kapavietę dengia melsvai rausvo akmens plokštės, kapą ženklina rausvo akmens paminklas-stela su iškaltais įrašais: "Gražina / Blynaitė-Kernagienė / Aktorė / 1918–2013" ir "Aleksandras Kernagis / Aktorius / 1911–1980".