Tėvai: Antanas Paulauskas (?–1922) ir Monika Gedgaudaitė-Paulauskienė (?–1915) – žemdirbiai valstiečiai, turėjo 4–7 hektarus žemės. Buvo vienturtis vaikas šeimoje.

1891 m. rugpjūčio 18 d. buvo pakrikštytas Platelių bažnyčioje, krikštijo Platelių klebonas Juozapas Simaška.

Baigė Platelių (Plungės r.) valdinę pradinę mokyklą. 1904–1908 m. mokėsi Palangos gimnazijoje. 1908–1910 m. savarankiškai pasirengęs, 1910–1917 m. studijavo Kauno Žemaičių kunigų seminarijoje, 1914–1915 m. – Vašuokėnų dvare (Anykščių r.), kur Pirmojo pasaulinio karo pradžioje buvo perkelta ši seminarija. 1915 m. gegužės 16 d. Vašuokėnuose jis buvo įšventintas subdiakonu. 1915 m. rudenį iškėlus seminariją į Smolenską (Rusija), ten jis baigė teologijos studijas. 

1917 m. kovo 23 d. J. Paulauskas buvo įšventintas kunigu.

1917–1918 m. jis tarnavo vikaru Šiaulėnuose (Radviliškio r.), 1918–1919 m. – Skaistgiryje (Joniškio r.), 1919–1920 m. kelis mėnesius buvo Babtų (Kauno r.) vikaras, paskui 1920 m. vėl trumpai tarnavo Skaistgirio vikaru, vėliau trumpai buvo vikaras Sedoje (Mažeikių r.).

Paskirtas 1920 m. rudenį, 1920–1924 m. J. Paulauskas buvo Kavarsko (Anykščių r.) Šv. Jono Krikštytojo parapijos vikaras, talkino klebonui Leonui Špakevičiui, kol 1924 m. spalio 30 d. iš Kavarsko buvo iškeltas. Tarnaudamas Kavarske, jis pirmąkart pamatė, kaip kuriami vitražo langai, pasimokęs iš meistrų, pats 1921–1924 m. sukūrė vitražus Kavarsko bažnyčios šoniniams langams.

1925–1930 m. jis tarnavo vikaru Plungėje, 1930–1931 m. buvo vikaras Nemakščiuose (Raseinių r.), 1931–1932 m. – Šaukėnuose (Kelmės r.), 1932–1939 m. – Kuršėnuose (Šiaulių r.).

1940–1942 m. J. Paulauskas tarnavo Varlaukio (Jurbarko r.) Švč. Trejybės parapijos klebonu. Paskirtas 1942 m. sausio 4 d., 1942–1945 m. jis buvo Senųjų Varnių (Telšių r.) Šv. Aleksandro parapijos klebonas. Antrojo pasaulinio karo metu Varniuose jis gelbėjo žydus, juos slėpdamas pas patikimus žmones, kuriam laikui priimdamas juos ir parapijos pastogėje. Varniuose jis paslėpė Faktorių šeimą, paskui ją išgabeno į saugesnę vietą pas ūkininkus, priglaudė ir išgelbėjo Gitą Belkintienę, Sarą Braudienę ir Diną Glikmanaitę.

Paskirtas 1945 m. lapkričio 26 d., 1945–1947 m. jis buvo Platelių (Plungės r.) Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus parapijos klebonas.

1947–1949 m. J. Paulauskas buvo Lieplaukės (Telšių r.) Šv. Jurgio parapijos klebonas. Po Antrojo pasaulinio karo jis rėmė rezistencinę veiklą, atvirai pasisakė prieš bažnytinių komitetų sudarymą ir parapijų turto jiems perdavimą, prieš filijinių bažnyčių uždarymą. Dėl tokios pozicijos sovietinės valdžios jis buvo sekamas, o 1949 m. liepos 9 d. Lieplaukėje sulaikytas ir tardomas, rugpjūčio 19 d. – suimtas ir kalinamas Vilniuje. 1949 m. lapkričio 21 d. dvasininkas buvo apkaltintas ryšiais su rezistencija, materialiniu jos rėmimu, antisovietine agitacija, sovietinės tikrovės šmeižimu.  1950 m. sausio 25 d. Ypatingasis pasitarimas prie SSRS valstybės saugumo ministro Maskvoje (Rusija) nuteisė J. Paulauską 25 metus kalėti pataisos darbų lageryje, buvo konfiskuotas visas jo turtas. Nuo 1950 m. kovo 28 d. jis buvo kalinamas Mineralno lageryje Abezėje (Komija, Rusija).

1954 m. rugsėjo 24 d. dvasininkas buvo išleistas į laisvę kaip invalidas, grįžo į Lietuvą ir nuo 1954 m. spalio 21 d. paskirtas Alsėdžių (Plungės r.) Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo parapijos altarista.

Nuo jaunystės turėjęs meninių polinkių ir susidomėjęs vitražų kūrimo technika, J. Paulauskas kūrė vitražus Lietuvos bažnyčioms, dalį jų sukūrė ir senatvėje, būdamas Alsėdžių altarista ir vis silpniau matydamas. Jo darytų vitražų yra ne tik Kavarsko (Anykščių r., 1921–1924 m.), bet ir Salantų (Kretingos r., 1936 m.), Tirkšlių (Mažeikių r.), Plungės ir Tauragės bažnyčiose. Lėšas, gautas už vitražų kūrimą, dvasininkas skyrė neturtingų šeimų vaikams išmokslinti, kaip išvedė į gyvenimą apie 10 skurdžiose šeimose augusių vaikų.

Mirė 1972 m. rugpjūčio 13 d. Alsėdžiuose (Plungės r.). Palaidotas Alsėdžių kapinėse. Jo laidojimo apeigas atliko Telšių vyskupas Liudvikas Povilonis.