Tėvas Petras Masilionis.

Antrojo pasaulinio karo pradžioje J. Masilionis dalyvavo suimant sovietinės valdžios organizatorius ir rėmėjus, paskui dirbo Panevėžyje vokiečių okupacinės valdžios gestapo struktūrose.

1944 m. vasarą kartu su besitraukiančia vokiečių kariuomene J. Masilionis pasitraukė į Vakarus, kur buvo užverbuotas žvalgybininku, parengtas diversinei veiklai ir permestas per fronto liniją į sovietinės kariuomenės okupuotą Lietuvą.

1945–1946 m. J. Masilionis vadovavo partizanų būriui iš 10–12 narių, veikusiam Raguvėlės, Petkūnų ir Surdegio (Anykščių r.) apyllinkėse. Būrys priklausė Adolfo Bagdono-Beržo kuopai.

Žuvo 1946 m. rugpjūčio 26 d. Barsukynės miške.

J. Masilioniui suteiktas pasipriešinimo okupacijai (rezistencijos) kario savanorio statusas (po mirties, 2012 m.).