Tėvai: Vladislovas Maldeikis (1931–1984) – valstybės tarnautojas ir Janina Latvytė-Maldeikienė (g. 1932 m.) – pedagogė istorijos ir anglų kalbos mokytoja.

Vaikystėje augo Troškūnuose, kol 1963 m. tėvai persikėlė gyventi ir dirbti į Šiaulius.

1969–1975 m. mokėsi ir baigė Šiaulių 5-ąją vidurinę mokyklą (dabar – Didždvario gimnazija). 1976–1978 m. studijavo Vilniaus universiteto Pramonės ekonomikos fakultete pramonės planavimą, 1979–1982 m. – Maskvos (Rusija) valstybinio M. Lomonosovo universiteto Ekonomikos fakultete politinę ekonomiją, įgijo ekonomisto išsilavinimą.

1982–1984 m. E. Maldeikis dirbo Vilniaus universiteto Politinės ekonomikos padalinio profesoriaus asistentu.

1984–1987 m. jis studijavo Maskvos (Rusija) M. Lomonosovo universiteto aspirantūroje. 1987 m. ten jis apsigynė ekonomikos mokslų kandidato disertaciją "Prieštaravimo tarp prekinių ir tiesiogiai visuomeninių santykių sprendimo formos socialinio ekonominio spartinimo sąlygomis", 1993 m. nostrifikuotas socialinių mokslų, ekonomikos daktaras.

1988–1990 m. E. Maldeikis dirbo Lietuvos veterinarijos akademijoje politinės ekonomijos dėstytoju, 1990–1991 m. – Lietuvos Mokslų akademijos Ekonomikos institute moksliniu bendradarbiu.

1990–1992 m. jis buvo Ekonomikos ministerijos ekonominių reformų ir strategijos skyriaus vadovas. 1992–1996 m. buvo Ekonominių tyrimų centro direktorius. 1996–1999 m. dirbo akcinės bendrovės "Turto bankas" valdybos pirmininku ir administracijos vadovu. 1999–2000 m. buvo uždarosios akcinės bendrovės audito ir konsultacijų kompanijos "Deloitte and Touche Lietuva" valdybos pirmininkas.

1999 m. birželio–spalio mėnesiais E. Maldeikis buvo devintosios Lietuvos Respublikos Vyriausybės ūkio ministras. 

E. Maldeikis buvo Lietuvos liberalų sąjungos, paskui Liberalų demokratų partijos narys, 1999–2004 m. – Liberalų demokratų partijos pirmininko pavaduotojas, dabar yra nepartinis.

2000 m. kovo–lapkričio mėnesiais jis buvo Vilniaus miesto savivaldybės tarybos narys.

2001–2004 m. E. Maldeikis buvo Lietuvos Respublikos Seimo narys, išrinktas pagal Liberalų demokratų partijos sarašą, buvo Liberalų demokratų frakcijos seniūno pavaduotojas.

Nuo 2000 m. lapkričio iki 2001 m. vasario mėnesio E. Maldeikis buvo vienuoliktosios Vyriausybės ūkio ministras.

2003–2004 m. E. Maldeikis buvo Europos Parlamento narys-stebėtojas, Europos konvento pakaitinis narys.

2004–2005 m. jis buvo Privatizavimo komisijos narys, 2005–2006 m. dirbo Mykolo Romerio universiteto Ekonomikos ir finansų valdymo fakulteto Ekonomikos katedros docentu. 2006 m. jis buvo koncerno "Achemos grupė" žiniasklaidos holdingo "Balto media" generalinis direktorius.

E. Maldeikis dalyvavo mokymų programoje "Ekonominė politika: kūrimas ir įgyvendinimas" Švedijoje (1992 m.), projekte "JAV ekonominė politika ir verslo vystymas" JAV (1993 m.), seminare apie privataus sektoriaus vystymą Baltijos valstybėse Pasaulinio banko ekonomikos vystymo institute Vienoje (Austrija, 1995 m.), mokymuose Harvardo universitete (JAV) apie ekonomiką ir bankininkystę (1997 m.), Europos verslo fondo studijų programoje Briuselyje ir Strasbūre (Belgija, Prancūzija, 2003 m.).

2006–2009 m. E. Maldeikis buvo Lietuvos atstovas Europos Parlamente, išrinktas partijos "Tvarka ir teisingumas" (liberalų demokratų) sąraše, Europos Parlamento Sąjungos už tautų Europą frakcijos narys.

Europos Parlamente jis buvo Pramonės, mokslinių tyrimų ir energetikos komiteto Europos Parlamente (ITRE), Europos Parlamento delegacijos ryšiams su Centrinės Amerikos šalimis (CAD) narys, Tarptautinės prekybos komiteto Europos Parlamente (INTA), Europos Parlamento delegacijos ryšiams su MERCOSUR, delegacijos Europos ir Lotynų Amerikos šalių parlamentinėje asamblėjoje (eurolat) pavaduojantis narys, Vidurio Rytų darbo grupės Europos Parlamente narys.

Kaip ITRE narys E. Maldeikis parengė pranešimą "Europos atominės energetikos politikai – 50 metų" Europos Parlamente dėl Euratomo sutarties įvertinimo. Kaip INTA pakaitinis narys jis parengė komiteto nuomonę dėl veiksmingesnės ES politikos Pietų Kaukazo regiono atžvilgiu. Jis buvo ir III energetikos paketo šešėlinis pranešėjas Europos Parlamente, inicijavo ir rengė Europos Parlamento rezoliucijų projektus.

E. Maldeikis buvo Europos Parlamento specialiųjų delegacijų narys Nepale (2006 m.), Toge (2007 m.), Siera Leonėje (2007 m.), Nikaragvoje (2007 m.), Afrikos, Karibų ir Ramiojo vandenyno (AKR) – Europos Sąjungos (ES) parlamentinėje Asamblėjoje Ruandoje (2007 m.), Izraelyje-Palestinoje (2008 m.). Jis aktyviai domėjosi besivystančių šalių raida, jų ekonomine, socialine vystymosi padėtimi. Tai sritis, kuri ekonomistui įdomi profesine prasme, galimybe gilintis ir ieškoti šalies vystymuisi, jos ekonomikai palankių sprendimų ir būdų.

Konferencijoje Kipre jis skaitė pranešimą "Europos Sąjungos energetikos politika – strategija, tiekimo saugumas ir konkurencingumas" (2007 m.).

2010–2014 m. E. Maldeikis buvo viešosios įstaigos "Prorenata" (konsultacijų paslaugos) steigėjas ir direktorius.

E. Maldeikis paskelbė apie 30 straipsnių ekonomikos klausimais, tarp jų – anglų kalba įvairiuose tarptautiniuose leidiniuose: "Economic Reform Correction and Radicalization Programme" (su kitais autoriais, 1992 m.), "Privatization in Lithuania: Expectations, Process and Consequences" (1995 m.), "Structure and Impact of Foreign Investment" (1995 m.), "Privatization in Lithuania: Expectations, Process and Consequences" (su kitais autoriais, 1996 m.), "Estonia, Lithuania, Latvia: Way to Europe" (su kitais autoriais, 1996 m.), "Lithuania,s Economy During Transition Period" (1996 m.). 

Jis išleido mokslinius ir mokomuosius leidinius: "Socializmo politinės ekonomijos klausimai Marksizmo leninizmo klasikų darbuose : metodinės rekomendacijos studentams" (1985 m.), "Kapitalo Lietuva. Sprendimų technologija : ekonominės reformos korekcijos ir radikalizacijos programa" (su kitais autoriais, 1992 m.), yra vadovėlio "Ekonominis visuomenės gyvenimas. Visuomenė ir kultūra" (1989 m.) bei kelių knygų anglų kalba bendraautoris: "Estonia, Lithuania, Latvia: Way to Europe. In Pursuit of Europe. Transformation of Post-Communist Countries" (kartu su Gediminu Rainiu, 1996 m.), "Structure and Impact of Foreign Investment, Industrial Restructuring in the Baltic States" (1995 m.).

Jis globoja viešąją įstaigą "Mažoji Guboja" – organizaciją, kuri padeda vaikams ir suaugusiems su įvairiomis negaliomis lavinti praktinius kūrybinius bei darbinius įgūdžius. E. Maldeikis inicijavo projektus-konkursus: "Mano idėja Europai" (2006–2007 m.), "Mano idėja Afrikai" (2007–2008 m.) kaimo bibliotekoms Šiaulių apskrityje, Lietuvos senjorams. Savo veiklą ir sumanymus jis plačiai pristatė savo asmeninėje interneto svetainėje www.maldeikis.lt (šiuo metu svetainė nebeveikia). 

E. Maldeikis buvo apdovanotas už nuopelnus Lietuvai stojant į Europos Sąjungą.

Moka anglų, rusų kalbas. Domisi ekonomikos istorija, ekonomikos teorijomis, istorija. Laisvalaikiu skaito grožinę, istorinę ar filosofinę literatūrą, keliauja, mėgsta vairuoti ir buriuoti.

Susituokė 1979 m., žmona Aušra Seibutytė-Maldeikienė (g. 1958 m.) – ekonomistė, pedagogė, Europos Parlamento narė. Išsiskyrė 2018 m. Sūnūs: Matas Maldeikis (g. 1980 m.) – valstybės tarnautojas, politikas Lietuvos Respublikos Seimo (2020–2024 m.) narys, Mykolas Maldeikis (g. 1987 m.) – vadybininkas.