Tėvai: Jonas Krikštopaitis ir Ona Gabrytė-Krikštopaitienė – valstiečiai žemdirbiai.

1902 m. balandžio 7 d. Vadoklių bažnyčioje jį pakrikštijo jos vikaras Juozapas Velaniškis, krikštatėviai buvo Jurgis Gabrys ir Morta Krikštopaitytė.

Apie 1920–1941 m. K. Krikštopaitis dirbo Aukštaitijos pradžios mokyklose mokytoju, daugiausiai eidamas mokyklų vedėjo pareigas.

Iki 1925 m. rudens jis buvo Laviškio (Anykščių r.) pradžios mokyklos vedėjas.

Atvykęs 1926 m. rudenį, 1926–1928 m. jis buvo Traupio (Anykščių r.) pradžios mokyklos mokytojas ir šios mokyklos vedėjas.

Paskirtas 1928 m. lapkričio 1 d., 1928–1940 m. jis dirbo Siesikų (Ukmergės r.) pradžios mokykloje mokytoju, buvo šios mokyklos vedėjas.

Gyvendamas ir dirbdamas Siesikuose, K. Krikštopaitis buvo Lietuvos šaulių sąjungos narys, nuo 1937 m. – VI Ukmergės šaulių rinktinės 5-ojo Siesikų šaulių būrio vadas.

Vėliau K. Krikštopaitis 1940–1941 m. gyveno ir dirbo Vileikiškiuose (Širvintų r.), buvo Vileikiškių pradžios mokyklos vedėjas.

Vedė 1932 m. sausio 5 d. Kavarske, žmona Marija Dedelytė-Krikštopaitienė (1908–1996) – pedagogė pradinių klasių mokytoja, visuomenininkė, tremtinė ir politinė kalinė. Vaikai: Rimantė Marija Krikštopaitytė (1933–2012) – 1941–1947 m. tremtinė Altajaus krašte, medikė, Alvydas Krikštopaitis (1934–1952) – 1941–1947 m. tremtinys Altajaus krašte, miręs jaunystėje nuo ligos, ir Daiva Krikštopaitytė-Rimšienė (g. 1940 m.) – 1941–1947 m. tremtinė Altajaus krašte., gydytoja pediatrė.

1941 m. birželio 14 d. Krikštopaičių šeima patyrė sovietines represijas. K. Krikštopaičio žmona M. Krikštopaitienė su vaikais buvo ištremta į Altajaus kraštą (Rusija) ir tremties sąlygomis 1941–1947 m. gyveno Kokšio kaime (buv. Griaznuchos, dab. Sovietskio r.) iki 1947 m.

Nuo šeimos atskirtas K. Krikštopaitis buvo suimtas ir įkalintas Rešotų lageryje (Žemutinio Ingašo r., Krasnojarsko kraštas, Rusija).

Mirė 1942 m. balandžio 21 d. Rešotų lageryje (Žemutinio Ingašo r., Krasnojarsko kraštas, Rusija). Palaidojimo vieta nežinoma.

1943 m. sausio 20 d., jau po jo mirties, Ypatingasis pasitarimas skyrė K. Krikštopaičiui penkerių metų laisvės atėmimo bausmę.