1918–1921 m. lankė Plaštakos pradžios mokyklą, 1921–1929 m. mokėsi Ukmergės gimnazijoje. 1924–1929 m. kaip gimnazistas jis priklausė ateitininkų ir skautų organizacijoms, ėjo įvairias pareigas. 1929–1934 m. baigė Telšių kunigų seminariją. Seminarijoje jis visus penkerius metus buvo literatų būrelio sekretorius, Telšiuose subūrė futbolo mėgėjus ir įsteigė futbolo klubą "Mastis".

1934 m. S. Šantaras buvo įšventintas kunigu.

1934–1937 m. S. Šantaras buvo Plungės parapijos vikaras ir Plungės gimnazijos kapelionas.

Paskirtas 1934 m. rugsėjo 6 d., 1934–1935 m. jis buvo ir 4-ojo artilerijos pulko, dislokuoto Plungėje, vicekapelionas. Perkeltas 1935 m. lapkričio 1 d., 1935–1936 m. jis tarnavo 6-ojo pėstininkų Pilėnų kunigaikščio Margio pulko vicekapelionu, kol 1936 m. lapkričio 1 d. iš karo tarnybos buvo atleistas.

1937–1943 m. jis dirbo Renavo (Mažeikių r.) Šv. Izidoriaus bažnyčios klebonu, buvo Užvenčio (Kelmės r.) Šv. Marijos Magdalietės parapijos klebonas, 1944 m. buvo Tryškių (Telšių r.) Švč. Trejybės bažnyčios klebonas. Tryškiuose jis iškilmingai palaidojo žuvusius žemaičių pulkų karius.

Dirbdamas parapijose, S. Šantaras aktyviai būrė katalikiškas jaunimo organizacijas, 1934–1937 m.  buvo Plungės pavasarininkų ir ateitininkų dvasios vadas, 1937–1938 m. – Telšių pavasarininkų ir angelaičių dvasios vadas.

1944 m. S. Šantaras pasitraukė į Vakarus ir iki 1950 m. gyveno Vokietijoje, tarnavo Oberelsbacho, Viurcburgo (Wuerzburg), Zėlingenštato (Seligenstadt), Darmštato (Darmstadt) lietuvių pabėgėlių stovyklose klebonu. 1945–1946 m. jis studijavo Viurcburgo universiteto Teologijos fakultete teologiją, 1948–1949 m. buvo Zėlingenštato ir Dormštato lietuvių pabėgėlių stovyklų komiteto pirmininkas ir skautų kapelionas-dvasios vadovas.

1950 m. pavasarį S. Šantaras išvyko į JAV ir įsikūrė Čikagoje (Ilinojaus valstija), tarnavo Čikagos Dievo Apvaizdos parapijoje vikaru.

Jis aktyviai dalyvavo JAV Lietuvių bendruomenės veikloje, nuo 1951 m. buvo Tremtinių bendruomenės 18-osios apylinkės kasininkas ir Baltijos Amerikos Lietuvių fondo reikalų vedėjas. 1955–1960 m. S. Šantaras buvo Baltijos Amerikos Lietuvių fondo Čikagos apskrities pirmininkas, 1961–1964 m. – JAV Lietuvių bendruomenės tarybos narys ir Centro valdybos vicepirmininkas, Kultūros fondo pirmininkas. 1973 m. jis buvo išrinktas Baltijos Amerikos Lietuvių fondo direktorių tarybos nariu.

Jis bendradarbiavo spaudoje: "Žemaičių prieteliuje", "Drauge".

Mirė 1976 m. birželio 19 d. Čikagoje (Ilinojaus valstija, JAV). Palaidotas Čikagos Šv. Kazimiero lietuvių kapinėse.

S. Šantaro biografija pateikta enciklopedinio žinyno "Lietuvos kariuomenės karininkai : 1918–1953" 7-ajame tome (2007 m.).