Tėvai: Chrizostomas Žagrakalys (1819–?) ir Viktorija Petrauskaitė-Žagrakalienė (apie 1815 – ?). Broliai ir seserys: Matas Žagrakalys (1856–1927), Agota Žagrakalytė-Grincevičienė (apie 1864 – ?), Jeronimas Žagrakalys, Ona Žagrakalytė-Krivickenė, Jonas Žagrakalys.

1876–1879 m. mokėsi Liepojos (Latvija) gimnazijoje. 1879–1883 m. baigė Kauno Žemaičių kunigų seminariją.

1883 m. pabaigoje K. Žagrakalys buvo įšventintas kunigu.

1883–1886 m. jis buvo Klovainių (Pakruojo r.) parapijos vikaras.

1886–1888 m. K. Žagrakalys tarnavo Kavarsko (Anykščių r.) Šv. Jono Krikštytojo parapijos vikaru, talkino klebonui Petrui Legeckui.

1888–1890 m. jis buvo Vainuto (Šilutės r.) parapijos vikaras.

1890–1909 m., beveik du dešimtmečius, K. Žagrakalys buvo Pajūralio (Šilalės r.) Šv. Joakimo bažnyčios kuratas, kunigas filialistas. 1893 m. Pajūralyje sudegus bažnyčiai, carinės Rusijos valdžia neleido jam statyti laikinos, todėl K. Žagrakalys įrengė laikiną bažnyčią klebonijoje. Už altoriaus įrengimą be leidimo jis buvo nubaustas 250 rublių pinigine bauda, bet caro manifestu ši bausmė jam buvo dovanota.

K. Žagrakalys XIX a. pabaigoje prašė valdžios leidimo statyti naują medinę Pajūralio bažnyčią, bet Kauno gubernatorius nusprendė, kad Pajūralyje ji nereikalinga. Tik 1903 m. buvo suprojektuota mūrinė, o dvarininkas Vladislovas Pliateris 1905 m. gavo leidimą statyti bažnyčią savo lėšomis. Bažnyčia buvo pastatyta iki 1908 m.

1909–1930 m., iki gyvenimo pabaigos, K. Žagrakalys tarnavo Andriejavo (dabar – Endriejavas, Klaipėdos r.) Šv. apaštalo Andriejaus parapijos klebonu.

Endriejave jo rūpesčiu buvo pastatyta nauja klebonija. Kai Pirmojo pasaulinio karo metais vokiečiai kleboniją sudegino, K. Žagrakalys pastatė antrąją naują, sutvarkė ir naujais stogais perdengė kitus parapijos trobesius. Jo rūpesčiu bažnyčios šventorius buvo aptvertas mūrine tvora, sutvarkytos kapinės. 1928 m. už parapijiečių aukas Vokietijoje jis nupirko ir atgabeno naują plieninį bažnyčios varpą, kuris buvo pašvęstas Šv. Andriejaus vardu ir skamba iki šiol.

K. Žagrakalys domėjosi vyndaryste, paruošė ir išleido pirmąją lietuvišką knygelę vyno gamybos tema "Midus ir vaisvyniai : jų išdirbimas" (1907 m.), kuri vėliau tapo svarbiausiu lietuviško vyno gamybos pradžiamoksliu.

Amžininkų atmintyje jis liko kaip ramus, kuklus ir labai pareigingas dvasininkas.

Mirė 1930 m. sausio 17 d. Endriejave (Klaipėdos r.). Palaidotas Endriejavo kapinėse.